銀杏在低溫濕潤條件下，可貯藏1年左右，種子的硬化率低於10%，如果濕度高，空氣乾燥，硬化率超過80%，基本上就失去了其商品價值。不論哪種方法貯藏，供貯藏的果子必須充分成熟，含水量不得超過20%，還要將嫩果破殼剔除。
方法一般有以下三種：
一、冷藏 將銀杏果裝在消毒過的麻袋或竹簍內放入1℃-3℃的冷庫中，每隔10-15天噴水一次，保持濕度50%，貯藏期間要定期檢查和翻動，如冷庫內濕度保持在2℃，5-6個月銀杏果仍潔白新鮮，貯存時間可過一年。
二、沙藏 層積沙藏，即可用於種子貯藏，也可作為食用果子貯藏的一種方法。但時間不宜長，一般為三個月左右，過長會影響皮色。沙藏果子出售前，對果子必須進行清洗，陰乾後要盡快出售。
三、水藏 將銀杏果子放在清水缸中，並經常換水。可貯藏4-5個月。
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