《內經》中有關髒與腑的配屬問題，主要是運用五行學說、經絡、臟腑系統等理論，把臟腑對應進行配屬，主要有五臟配五腑、五臟配六腑、六髒配六腑等幾種學說。現將有關學說分別表述如下。
五臟配五腑說
《靈樞·本輸》云：「肺合大腸，大腸者，傳道之府。心合小腸，小腸者，受盛之府。肝合膽，膽者中精之府。脾合胃，胃者五穀之府。腎合膀胱，膀胱者津液之府也。少陽屬腎，腎上連肺，故將兩髒。三焦者，中瀆之府也，水道出焉，屬膀胱，是孤之府也，是六腑之所與合者。」上述《靈樞·本輸》篇對五臟配屬五腑的問題表述的很明確。這一種學說屬於臟腑相合說，五臟分別一一對應配屬的五腑，一髒一腑，表裡相合，內外相應。即肺與大腸相表裡，心與小腸相表裡，肝與膽相表裡，脾與胃相表裡，腎與膀胱相表裡。可如果按照這種工整的一髒一腑的模式進行配屬，勢必多出一腑，《靈樞·本輸》篇將這多出的一腑「三焦」命名為「孤之府」，並且進一步通過經脈關係將三焦與膀胱聯繫起來，如張介賓云「三焦下腧出於委陽，並太陽之正入絡膀胱約下焦也」，因而「屬膀胱」。
五臟配六腑說：關於五臟配六腑說《內經》中主要有以下兩種觀點。
其一，《靈樞·本髒》云：「肺合大腸，大腸者，皮其應；心合小腸，小腸者，脈其應；肝合膽，膽者，筋其應；脾合胃，胃者，肉其應；腎合三焦膀胱，三焦膀胱者，腠理毫毛其應。」《靈樞·本髒》篇所云臟腑配屬關係與《靈樞·本輸》篇肺合大腸、心合小腸、肝合膽、脾合胃均一致，所不同的就是「腎合三焦膀胱」。在上述「五臟配五腑說」中提到，三焦為孤之府，屬膀胱。而本篇醫家則認為三焦與膀胱在主氣、主水的功能上有相通之處，「氣本相依，體同一類」，並均受腎的制約，於是將「三焦膀胱」合稱，便出現了「腎合三焦膀胱」的觀點。後世醫家對此觀點也多有發揮，如明代馬蒔云：「腎合三焦者，左腎合膀胱，右腎合三焦也。」張介賓云：「然三焦為中瀆之府，膀胱為津液之府，腎以水髒而領水府，理之當然，故腎得兼將兩髒。將，領也。兩髒，腑亦可以言髒也。《本髒》篇曰：腎合三焦膀胱，其義即此。」日本醫家丹波元簡云：「《本輸》篇曰：三焦者，中瀆之府也，水道出焉，屬膀胱。蓋三焦膀胱，但是指下焦膀胱，膀胱為太陽經，主週身之表，腎與膀胱合，所以應腠理也。」清代章楠云：「蓋上明腑生於髒，故同髒氣之應，而腎之腑本是膀胱，乃又合三焦者，以明一髒兩腑，相合而生化氣血，出陳入新也。」
可見，此種認識與五臟配五腑說雖為兩種不同的學說，但是之間關係密切，可以說「腎合三焦膀胱」的觀點是參考了「腎合膀胱」中三焦「屬膀胱」之說。這種臟腑配屬理論，配合工整，又宜用五行闡述，且較符合經脈絡屬關係，故一直被後世所重視。
其二，《素問·六節藏象論》云：「心者……通於夏氣。肺者……通於秋氣。腎者……通於冬氣。肝者……通於春氣。脾胃大腸小腸三焦膀胱者，倉廩之本，營之居也，名曰器，能化糟粕，轉味而入出者也，其華在唇四白，其充在肌，其味甘，其色黃，此至陰之類，通於土氣。凡十一髒取決於膽也。」《素問·六節藏象論》將這十一臟腑的功能與四時陰陽結合起來論述，其中心通夏、肺通秋、肝通春、腎通冬，而脾胃大腸小腸三焦膀胱「能化糟粕，轉味而入出」，同屬一家通於土氣，膽則因主決斷、主升發而與各臟腑關係密切。這種五臟六腑配合的方法，是把心、肝、肺、腎單列，而把脾與傳化之五腑歸為一類，形成一個與眾不同的臟腑群，即稱為「倉廩之本」，歸屬「至陰之類」，用膽維繫著各臟腑的功能。這種學說在《內經》其他篇亦有體現，如《靈樞·本輸》曾有「大腸、小腸皆屬於胃」的論述，並非將大腸歸肺，小腸歸心，而是劃為脾胃系統。《傷寒論》曰「陽明之為病，胃家實是也。」這裡的「胃家」顯然包含有腸，舉凡承氣湯類、抵擋湯類也均是胃腸並治。實則，現今臨床「消化系統」疾病的診治思路與方法也是這一觀點的運用。但這種學說並沒有將一個髒一個腑地進行配屬，也未考慮臟腑經絡的絡屬關係，與傳統的臟腑陰陽五行系統理論有些差異，可謂是臟腑配屬的各家學說之一。
六髒配六腑說
《內經》有關臟腑學說的篇章中，有關於十二臟腑的記載，但並沒有明確提出六髒配屬六腑。十二臟腑說主要就用於十二經脈說。十二經脈表裡相應，有各自絡屬臟腑，由此形成了六髒配屬六腑說，正如《靈樞·海論》云：「十二經脈者，內屬於腑臟，外絡於肢節」。六髒配屬六腑除了大家熟知的心-小腸、肺-大腸、肝-膽、脾-胃、腎-膀胱外，《靈樞·經脈》又云：「心主手厥陰心包絡之脈，起於胸中，出屬心包絡，下膈，歷絡三焦。……三焦手少陽之脈，起於小指次指之端，上出兩指之間，循手錶腕，出臂外兩骨之間，上貫肘，循臑外，上肩，而交出足少陽之後，入缺盆，布膻中，散落心包，下膈，循屬三焦。」《靈樞·經別》亦云：「手少陽之正，指天，別於巔，入缺盆，下走三焦，散於胸中也。手心主之正，別下淵腋三寸，入胸中，別屬三焦，出循喉嚨，出耳後，合少陽完骨之下，此為五合也。」因此還包括心包絡與三焦。六髒配屬六腑說滿足了經脈表裡相配、臟腑陰陽五行相合的關係，並增加了「心包合三焦」，也解決了三焦為「孤之府」的矛盾。
值得注意的是，《素問·靈蘭秘典論》論十二臟腑，有膻中而無心包絡，《靈樞·經脈》論經脈，有心包絡而無膻中。後世醫家經考證認為，「按十二髒內有膻中而無包絡，十二經內有包絡而無膻中，乃知膻中即包絡也。」（李中梓《內經知要》）。另外，《難經·三十九難》又云：「經言腑有五，髒有六者，何也？然：六腑者，正有五腑也。五臟亦有六髒者，謂腎有兩髒也。其左為腎，右為命門。命門者，謂精神之所捨也；男子以藏精，女子以系胞，其氣與腎通，故言髒有六也。腑有五者，何也？然：五臟各一腑，三焦亦是一腑，然不屬於五臟，故言腑有五焉。」將腎分為兩髒，左為腎臟，右為命門，所以明代醫家馬蒔將其發揮為「左腎合膀胱，右腎合三焦」的觀點，亦為一說。
綜上所述，六髒配屬六腑說是作為十二經脈表裡相合所衍生出來的一派觀點，在經絡學說中逐步被接受並固定下來。筆者認為，從馬王堆出土的文獻及《內經》有關記載來看，經脈數目有十一經脈過渡到十二經脈的一個歷程，十一經脈兩兩配屬，勢必會多出來一條經脈這如何解決？於是促成十二經脈的形成，由此出現心包經脈與三焦經脈的配屬，由此產生了六髒配屬六腑說。
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