（三）註釋
註釋，是對古籍中出現的冷僻費解或具有特定含義的字詞及名詞術語等，用通俗的語言進行解釋，為讀者提供方便。具體工作包括注字音、釋通假、正字形、解詞義、詳出處及分析句讀等方面。
註釋工作既有利於保存文獻、服務後代，也有助於利用文獻、服務當下。
對於側重文獻保存的註釋工作，可以進行必要的考證，考證的過程要有簡略體現，必要時要舉出相似的例證。採用前人、他人的註釋時應明確註明文獻出處。有多解難於取捨時可並列各種解說，並適當表明注者的傾向態度。
需要註釋的字詞有時同時有多個義項，在註釋時只保留與文句最貼切的義項。如繆希雍《梓行〈本草經疏〉題辭》：「下根人讀之，如盲人譚五色，總不能別。」 譚，本義同「談」，作為動詞，作談話、談論解；又有「綿延相及」之義，作為形容詞，具有「宏大、廣大」之義；作為名詞，可作言論解；又作為古國名、姓等解。義項很多，此處作動詞「談論」解，只須標注此義即可。
有些比較冷僻生疏的義項，為了便於理解還要適當地加上例句。如《植物名實圖考》人參：「我朝發祥長白山，周原膴膴，菫荼如飴。固天地之奧區，九州之上腴也。」（卷之七人參）奧區，為「腹地」之義。除註釋義項外，最好加上例句，如《後漢書·班固傳》：「防禦之阻，則天下之奧區焉。」李善註：「奧，深也。言秦地險固，為天下深奧之區域。」這種例句在側重文獻保存的註釋工作中具有積極的意義，而對於側重今人利用的註釋工作中就顯得累贅了。因為一般讀者只需要知其然，不需要知其所以然。
對於側重今人利用的註釋工作應該省略考證過程，甚至省略考證，直接表明今義。對於一些古今不同的語法現象、修辭行為和字義區別應著力闡述，因為這類整理本讀者主要是中醫藥工作者，對於常見醫學術語不需過多筆墨，力求簡單明瞭。
（四）今譯
今譯，即將古文翻譯為現代文，方便今人的閱讀、學習和利用。高質量的今譯，不但可以解釋疑難詞句，而且能全面反映文章的思想內容、邏輯關係、風格特點等，對於中醫學術的傳承和學習有重要意義。
對於側重文獻保存的今譯工作，要以直譯為主，要與原文的詞性、詞義、語法結構和邏輯關係一一對應，不能隨意改變與增減。好的直譯甚至應該把原文的修辭特點和語言風格保留下來。同時，必須與註釋相結合，注意有一些不能翻譯的內容如醫學術語、地名、人名、職官名、年代、書名等專有名詞要輔助註釋，一些可以翻譯但會丟失原意的雙關語、褒貶反義、引申、形容、比喻等要輔以註釋，一些引用的典故、詩詞、經文要輔以註釋。如：《本草綱目》卷三十二椒紅附方：「損瘡中風：以面作餛飩，包秦椒，於灰中燒之令熱，斷開口，封於瘡上，冷即易之。（孟詵《食療》）」可翻譯為：「損瘡中風：孟詵《食療本草》附方：以面作餛飩，以秦椒為餡，放置在炭火灰堆中燒熱，斷開缺口，敷在創口上，涼了再換。」古時的「餛飩」與現今不完全相同，是一種麵食。用薄面片包餡做成。類似今天的水餃。這種情況在翻譯時難以譯出，只能用加注的方法解釋。冷僻的成語典故更需要注出，如《植物名實圖考》卷之八通草：「朝廷雖以儉德風天下，然以樸而華，如益薪爨火；以華而樸，如逆阪走丸。」意為從簡樸到奢華容易，從奢華到簡樸困難。其中的逆阪走丸為成語，應當出註：逆阪走丸，出《後漢書·皇甫嵩傳》：「若欲輔難佐之朝，雕朽敗之木，是猶逆阪走丸，迎風縱桌，豈雲易哉！」比喻事情難於辦到。
對於側重今人利用的今譯工作可以直譯也可以意譯，可靈活掌握使用。無論直譯還是意譯，都必須準確，要忠實於原文，正確地表達原文的含義。再好的今譯也會丟失很多信息，需要通過註釋盡可能彌補。
（五）輯佚
輯佚，是指對亡佚古籍（即佚書，指見於前代書目著錄、文獻徵引、古籍標記而未流傳下來的古籍）的輯復，將現存文獻中散見的佚文（即佚書的見存之文，指散見於現存各種書籍中的屬於佚書的文字）進行搜集摘錄、考校整理、匯聚編排，輯復成冊（篇），最大限度地恢復亡佚古籍的原貌。
輯佚工作是對已經遺失的古籍的一種嘗試性的補救工作，對於工作人員的要求極高，否則不但不能恢復古籍，還會生產出一堆垃圾。輯佚將原已亡佚的古籍重新恢復，使之得以再度流傳，不僅方便了今人的學習、利用，更為後人提供了寶貴的文獻版本，有利於古籍文獻的保存和流通。
對於側重文獻保存的輯佚工作，必須進行必要的考證，考證的過程要有簡略體現，必要時要舉出相似的例證。採用的佚文必須有明確清晰的文獻出處（不僅說明出自某書、某卷，還要註明版本，甚至頁碼）。佚文引用要完整，不能斷章取義。輯佚的原則要明確，排列依據要有說明。
對於側重為今人利用的輯佚本，其嚴肅性一同於側重文獻保存的輯佚工作，但並不需要列出詳細的考證過程，重在最後的輯佚成果。
（六）節選
節選，是指為一定目的從完整的古籍中節取部分段落、章節。這種文獻整理方法，主要是便於今人的專題研究，方便研究人員的閱讀、理解。節選工作看似簡單，實則要求甚高，節選者必須對古籍具有全面的把握與較深的瞭解，同時需要對專業知識非常精通，才能恰當地進行節選，從而達到既突出重點、又避免割裂原文的宗旨。古籍知識和專業知識，二者缺一不可。比如我們要從歷代本草中選取有關炮製的內容進行節選，首先必須熟知本草的朝代、原著特點、內容形式等等，還要熟知本草中哪些內容與炮製直接相關和間接相關，才能順利地將相關內容分離出來，還要依據一定的規則將這些內容有機地結合在一起，這樣才有可能成功地作出節選，否則就會出現斷章取義、張冠李戴、掛一漏萬等錯誤。
節選是側重於今人利用的整理工作，主要是為當下的科研、臨床、教學、生產等社會服務的，因此力求於既準確反映古人原有精神，又與現實工作相接軌。
（七）彙編
彙編，是指將不同古籍的同類內容的零散資料集中起來，按照一定主題，採取一定方式，遵循一定體例，加以編排的一種方法。古籍彙編的實質是在不改動原文的前提下對古籍進行某種形式的改編；以題為主，分題採摘群書，匯而編之；突出特點在於資料匯總。這種文獻整理方法，能夠為今人的專題研究提供豐富而集中的寶貴資料；同時，也有利於這類文獻的集中保存與流傳，一定程度上也為後人提供了方便。
彙編與節選雖然一個是整合，一個是剖取，但卻異曲同工，都是以對本草原書動手術形式而為當下實踐服務的。
（八）學術研究
是指對古籍進行的專題性研究整理，可以是針對一部書、一個作者的，也可以是針對一類古籍的。這類工作主要也是服務於當代的。以臨床工作者為服務對象的，如某種疾病的學術研究、醫案的學術研究、用藥方法的學術研究等；以中藥工作者為服務對象的，如炮製、劑型、藥性理論、方劑等研究；以醫史文獻工作者為服務對象的，如本草史、文獻研究等等。
古籍的整理，因其最終目的的不同，所採取的方案亦應有所不同；即使運用同一種方案，在具體的操作方法上也有所側重。本草著作如此，其他中醫藥古籍的整理工作亦是如此。
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