中藥藥效物質基礎研究是中藥現代化研究的基礎和關鍵。而目前中藥(包括中藥材、飲片、中成藥)有效物質基礎不清，導致中藥炮製原理不統一，有效成分易流失；中藥質量難以控制；中藥藥理機制不明確；缺少以中醫理論指導的藥理模型，因此不能正確評價中藥藥效；對照品供應嚴重缺乏。這其中最關鍵的原因是，支撐相關研究的「中藥藥效物質基礎」研究太薄弱。
傳統中藥作用機理研究方法背離了中醫藥核心思想, 割裂了中藥眾多成分之間的有機聯繫, 不能體現出中藥多成分、多靶點協同作用特色。對中藥複雜體系的研究應該由分子生物學轉變為系統生物學，再進一步發展新的組學技術，定性與定量相結合，發展多種數據挖掘技術，建立大規模數據庫，整合多組學數據。
因此，建議關注中藥成分－藥性－生物學功能－疾病的關聯性；重視中藥活性成分生物合成途徑的研究；關注經典中藥成分生物活性的再認識；從組學的角度探討中藥成分的協同作用；重視活性中藥成分的分子作用機制研究；鼓勵具有原創性的研究，特別是理論上的突破和方法學創新；加強基礎與臨床的結合，加強應用上的轉化。要重視學科交叉，將化學與生物學研究緊密結合；建立各實驗室共享生物活性篩選模型的機制；建立中藥樣品庫，促進我國創新藥物的發展。
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