本草文獻整理是中醫藥學研究的重要組成之一，要深入開展其相關工作，必須明確整理工作的目的，從而制定相應的方案。本文試就此問題展開討論，討論之前要明確界定本文中的若干基本概念。
首先，「本草文獻」，本文所指包括我國歷史上標明為「本草」的古籍、未標明但實際為本草內容的古籍，以及某些綜合性古籍中獨立的本草章節，還有近現代一些以中藥為主要內容的著作。
第二，「整理工作」，本文是指以文獻文本為基礎進行的文案工作，不包括實驗、臨床、教學內容，也不包括旨在保護古籍的圖書館保管工作及數字化工作。
第三，「本草文獻整理工作的目的」，本文所指不是一般意義的「本草文獻整理工作的意義」。有關本草文獻整理工作的意義，以往的書籍與文章多有闡述，故不贅述。本文所說的目的，嚴格來講是指「本草文獻整理工作的服務對像」。
第四，「本草文獻整理工作的方案」，也可稱為「本草文獻整理工作的對策」，是指針對不同的服務對象，本草文獻整理工作採用的不同的工作對策。
名正則言順，在明確基本概念的基礎上，筆者將本草文獻整理工作的目的與方案作一闡述。
本草文獻整理工作的目的
如前所述，「本草文獻」包括我國歷史上標明為「本草」的古籍、未標明但實際為本草內容的古籍，以及某些綜合性古籍中獨立的本草章節，還有近現代一些以中藥為主要內容的著作。然則，何為「本草」？許多學者都試圖對其作一科學的定義，但總有不盡人意之處。
「本草」一詞，其來也久，從其發展歷史來看，《神農本草經》是其元典。《神農本草經》的問世，奠定了本草的基石，在此之前的相關論述，不論是大到著作，還是小到隻言片語，均在此書中得到整理、融合；後世的本草，則以《神農本草經》為基礎，不斷發展，如同衝出三江源的黃河不斷彙集各個支脈，最終形成了波瀾壯闊的巨流。歷代本草以《神農本草經》為楷模，進行補充、修訂、增刪，雖然各個時期多有創建，但都不離其根本——古代學者講究學問的其來有自，從一個側面體現出中華民族敬畏權威、崇尚正統的性格。
基於上述的發展歷史，筆者認為，本草是著作，是關於藥物的著作，是以《神農本草經》為核心、以中藥理論框架為指導、為中醫臨床服務的著作。近現代，傳統本草格局雖遭瓦解，但仍有具備上述要素的本草著作問世。
既然本草是有關中藥的著作，則本草文獻整理工作的目的亦即服務對象，主要有兩個：一是保存文獻，把本草作為文物收藏，把前代的遺產原封不動地完整保存下去，即服務於後代；一是利用文獻，把本草作為工具使用，使前代的智慧服務於先進社會，即服務於當下。兩者之間既有區別，亦有聯繫。
（一）保存文獻，服務於後代
除圖書館、博物館和收藏家外，文獻整理工作者同樣也承擔著保存文獻的責任——保存文獻，是文獻整理的目的之一。
保存文獻體現在兩個方面。一是文獻本身的保存。古代文獻在千百年的流傳過程中，不可避免地要經歷各種天災人禍，古人有所謂「五厄」（隋代牛弘）、「續五厄」（明代胡應麟）之說；而文獻整理工作者，正是通過收藏、保管、影印等手段，達到保存文獻的目的，使之能夠繼續流傳後世。二是文獻內容的保存。文獻的價值在於其承載的內容，如果其內容無法理解，則縱使流傳萬代，也只不過故紙而已；而文獻整理工作者通過點校、註釋、輯佚、翻譯等工作，將古籍文獻的內容加以發掘，讓後人能夠理解、接受、學習前人的思想並加以利用，真正使文獻在流傳後世的過程中體現出應有的價值。
（二）利用文獻，服務於當下
一切歷史都是當代史，本草文獻亦是如此，其同樣服務於當下。前文述及，文獻的價值在於其承載的內容，文獻整理工作者通過點校、註釋、翻譯等工作將古籍文獻的內容加以發掘，一方面保證後人能夠理解、接受、學習前人的思想並加以利用，另一方面也是更為重要的方面，即有力促進了今人對於古籍文獻的理解、接受、學習與利用，使古籍文獻在當代即能體現出應有的價值。具體到本草文獻，其文獻整理工作對於當代中藥開發研究、臨床應用都具有重要的意義。
本草文獻整理工作的方案
基於不同目的、服務於不同對象的文獻整理工作，所採取的方案也有所不同。
（一）影印
影印（古作「景印」），是指對古籍善本、孤本或名家手稿進行拍攝掃瞄後，在保存古籍原貌的基礎上，按一定比例（原大、縮小或放大）製版印刷的方法。影印是保存古籍原貌的最佳手段，能避免重新整理、文字排印過程中產生的新的錯誤，可信度高；同時，整理難度較低，整理和出版的週期較短，同樣規模的圖書，投入的人力、物力相對較少。
影印的主要作用在於保存文獻的原貌，主要讀者對象是具備一定古籍閱讀能力的文獻工作者及古籍愛好者，並服務於後代，但不適於臨床和實驗方面的中醫藥工作者閱讀。
為盡可能完整全面地再現古籍原貌，影印工作必須選擇最佳底本，並必須保證底本的純潔性，以及拍攝或掃瞄的完整性、清晰度。底本的選擇與技術處理非常重要，決定了影印本的質量。
1957年人民衛生出版社出版的《本草綱目》影印本是以1885年合肥張紹棠味古齋重校刊本為底本影印的。該版本刻印精良，直接吸收了歷代如錢蔚起本、太和堂本、張雲中本、張朝瞞本的校勘成果，訂正了很多錯誤，但同時在大量增改中所發生的錯誤也很突出，尤其是抽換了幾百幅圖，嚴重破壞了本書原貌。但在金陵本未被影印之前其影響甚巨。
1993年8月，上海科學技術出版社出版《本草綱目》「金陵本」的影印本，引起了中醫醫史文獻界的一片歡呼——「金陵本」是世間難得一見的善本，是連李時珍、王世貞二人或許都未曾謀面的《本草綱目》首刊本；但該影印本問世後不久，即有專家指出其存在較多的描改（對原本的文字空缺、筆畫殘缺及字跡模糊之處進行填寫描塗的改動）且錯誤不少，影響了金陵本原貌，令人扼腕。
不過，歷史上影響巨大的本草著作多有不同刊本流傳，多數刊本均有其價值所在，都具有影印保存的必要。仍以《本草綱目》為例，金陵本問世後，1603年，由夏良心、張鼎思序刊的江西本，刻印精良，更正了金陵本的不少錯誤，故同樣具有影印保存的價值；再如1640年由六有堂出版的錢蔚起本，是在江西本的基礎上經仔細校勘後精刻而成，且首次對《本草綱目》的附圖進行全面改繪，均由當時最有名望的畫工、刻工執筆，其文獻價值同樣不容忽視。
（二）點校
包括句讀和校勘。
句讀，是指給古書進行斷句。古代文獻缺少標點符號，不利於現代人閱讀，往往造成歧義。為求得正確達意和語氣順暢，必須要給古書添加標點，即判斷句詞的停頓。對於本草文獻而言，句讀即根據古籍的內容實際，恰當地劃分段落，正確地點斷句子，在完整的句子後和句子內部的停頓位置加上合適的標點符號，使原文的停頓、結構和語氣等清晰而準確地顯現出來，使文理通、醫理顯。
校勘，是指利用古籍的不同版本和其他相關資料，通過對比分析、考證推理，指出和糾正古籍在流傳過程中發生的各種字、句、篇、章上的不同和錯誤。
點校既有利於保存文獻、服務於後代，也能夠促進文獻的現時利用，服務於當下。
對於側重文獻保存的點校工作，最好採用豎排繁體字進行排版，以最大程度地保存古書的原有信息；同時應力求點校工作的精細、全面，使後人可以利用我們這個時代的研究成果，作出進一步的研究。如班貓（斑蝥）、恆山（常山）、人參（人參）、旋覆花（旋復花）等某些藥名，包含了一定的時代信息，在側重於今人利用的整理本中需要改動，而在側重文獻保存的整理中必須維持原貌。校勘力求準確，不要輕易否定或肯定某一觀點，不同版本出現不同之處且皆有一定道理時應當並存，並根據點校者的理解指出其最佳者。對於各種文獻依據必須保留。
對於側重今人利用的文獻點校，則應力求清晰明瞭、重點突出、方便閱讀，必須以簡體字橫排進行排版。校勘力求簡要、明確，避免繁瑣的考證。
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