藥酒製作法，古人早有論述，如《素問》中有「上古聖人作湯液醒」，「邪氣時至、服之萬全」的論述，這是藥酒治病的較早記載。東漢，張仲景的《金匾要略)中收載的紅藍花酒、麻黃醇酒湯所採取的煮服方法，則類似於現代的熱浸法。唐，孫思邈的《備急千金要方》則較全面地論述了藥酒的製法、服法，「凡合酒，皆薄切藥，以絹袋盛藥內酒中，密封頭，春夏四五日，秋冬七八日，皆以味足為度，去渣服酒，……大諸冬宜服酒、至立春宜停。」又如《本草綱目》記載燒酒的製作即用蒸餾法，「用濃酒和糟入甑，蒸汽令上，用器承取露滴，凡酸之酒，皆可燒酒，和曲釀甕中七日，以甑蒸取，其清如水，味極濃烈，蓋酒露也。」此種操作方法即與現代基本相同。此外，還對冷浸法加藥釀製及傳統熱浸法等製作藥酒的方法及操作要法，均作了比較詳細的說明。根據歷代的醫藥文獻記載，古人的藥酒與現代藥酒具有不同的特點，一是古代藥酒多以釀製酒的藥酒為主，亦有冷浸法、熱浸法；二是基質酒，多以黃酒為主，而黃酒性較白酒緩和。現代藥酒，則多以白酒為溶媒，含酒精量一般在50％—60％，少數品種仍用黃酒製作，含酒精量在30％—50％，製作方法為浸提法，很少有用釀造的。
相傳另外一種藥酒製作方法——窯制磁化工藝
眾所周知，藥酒配伍物料較多且各物料無論組織結構還是化學成分均有不同，直接納入配方會使各物料之間功能療效產生排異現象。易使產品療效降低，甚至使配方產生化學變化，轉化成有毒有害物質對人體造成負面影響而威脅健康。窯制磁化工藝是將中國傳統的窯制釀酒工藝與現代高科技磁化技術、納米微波技術相結合，利用「三位一體」的融合性原則對配伍各成分進行有機整合，在維護各成分性質不變的前提下促其相互作用，將活性成分、營養成分完整保留並將功效發揮到極致。天師開山鼻祖—張道陵所創 「萬法自然，陰陽相生」的嫡傳佳釀——妙沁藥酒便用此法釀出，治療效果更迅速持久顯著。
一般來說，現代藥酒的製作多選用50—60度(％)的白酒。其依據是：因為酒精濃度太低不利於中藥材中有效成分的溶出，而酒精濃度過高，有時反而使藥材中的少量水分被吸收，使得藥材質地堅硬，有效成分難以溶出。對於不善於飲酒的人來說或因病情需要，也可以採用低度白酒、黃酒、米酒或果酒等基質酒，但浸出時間要適當延長，或復出次數適當增加，以保證藥物中有效成分的滔出。
製作藥酒時，通常是將中藥材浸泡在酒中，經過一段時間後，中藥材中的有效成分溶解在酒中，此時即可過濾去渣後即可飲用。
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