病因，是指引起人體發生疾病的原因。《醫學源流論·病同因別論》說：「凡人之所苦，謂之病；所以致此病者，謂之因。」中醫學又稱病因為致病因素。病因學說，主要是研究各種致病因素的來源、性質、致病特點及其所致病證臨床表現的理論，是中醫理論體系的重要組成部分。掌握中醫病因理論，對臨床審證求因、據因施治具有十分重要的意義。
中醫病因學的起源很早，遠在春秋時代的秦國名醫醫和即指出：「陰淫寒疾，陽淫熱疾，風淫末疾，雨淫腹疾，晦淫惑疾，明淫心疾」（《左傳·昭公元年》）。將陰、陽、風、雨、晦、明視作引起疾病的「六氣」。《黃帝內經》將病因與發病部位結合起來，以陰陽為總綱，把病因明確分為陰陽兩大類，即來自於自然界氣候異常變化，多傷人外部肌表的屬陽；凡飲食不節，居處失宜，起居失常，房事失度，情志過激，多傷人內在臟腑精氣的屬陰。另外，《黃帝內經》還提出了病因的三部分類法，如《靈樞·百病始生》說：「夫百病之生也，皆生於風雨寒暑，陰陽喜怒。喜怒不節則傷髒，風雨則傷上，清濕則傷下。三部之氣，所傷異類。」
東漢張仲景在三部分類法的基礎上，依據不同病因的致病途徑、發病特徵和傳變規律，將其歸納為內所因、外皮膚所中、其他等三類，即《金匱要略·臟腑經絡先後病脈證》所說：「千般疢難，不越三條：一者，經絡受邪入臟腑，為內所因也；二者，四肢九竅，血脈相傳，壅塞不通，為外皮膚所中也；三者，房室、金刃、蟲獸所傷。以此詳之，病由都盡。」其病因歸類體系，已初步形成了中醫病因學說的框架，為後世「三因學說」的形成奠定了基礎。晉代陶弘景在《肘後百一方》中提出「三因論」，即「一為內疾，二為外發，三為它犯」。隋代巢元方的《諸病源候論》首次提出了「乖戾之氣」的病因，將傳染病的病因與氣候因素加以區別，豐富了病因學的內容。
宋代陳無擇在前人對病因分類研究的基礎上，把病因與發病途徑結合起來，創立了「三因學說」。其在《三因極一病證方論·三因論》中說：「六淫，天之常氣，冒之則先自經絡流入，內合於臟腑，為外所因；七情，人之常性，動之則先自臟腑郁發，外形於肢體，為內所因；其如飲食饑飽，叫呼傷氣，盡神度量，疲極筋力，陰陽違逆，乃至虎狼毒蟲，金瘡踒折，疰忤附著，畏壓溺等，有背常理，為不內外因。」陳氏將病因分為內因、外因、不內外因，並認為這三種致病因素，既可以單獨致病，又能相兼為病，彼此並非完全割裂。「三因學說」使中醫病因學理論更趨完善，對後世影響較大。
另外，明代吳又可在《瘟疫論》中提出「戾氣」有別於一般的外感六淫，並注意到每一種疾病都有其特定的病理特徵，故推測由不同的邪氣所致，首次提出「一病一氣」之說，這在中醫病因學發展史上有重要的意義。此外，南宋朱丹溪的「百病皆由痰作祟 」和清代王清任的瘀血說等，補充了體內病理產物可轉化成致病因素的內容，現代學者提出的熱毒說、痰瘀同源說、環境毒邪致病說等，進一步充實和完善了中醫病因學理論。
中醫病因理論貫穿著整體觀念的思想，具有以下三個特點：一是通過發病的客觀條件認識病因。如感受自然界的風雨寒暑，外部刺激引起情志的變化，飲食損傷脾胃致病，房事或其他勞傷，跌仆、金刃、蟲獸傷等，這些都是可直接感知的病因。二是借助取象比類的方法來推測病因。如自然界的風，善行數變，輕揚上行，並能動搖樹木；當人體感受外邪，出現頭痛、惡風、汗出、遊走性關節痛、遊走性瘙癢等與自然界風的特性相類似的症狀時，就認為是感受了風邪的緣故。又如自然界的濕性類水而屬陰，重濁黏滯；當人體感受外邪，表現出頭身困重、體內氣機阻滯，或有濕濁物排出，或下肢浮腫等現象時，就認為是感受了濕邪的緣故。凡此種種，都是借助類比的方法來認識病因的。三是辨證求因，又稱「審證求因」，即以疾病的臨床表現為依據，應用各類致病因素的性質和致病特點，通過對各種症狀和體征的綜合分析來推求病因，為治療用藥提供依據。
中醫的病因說，是古代醫家在中醫理論的影響下，在大量臨床實踐觀察的基礎上，借助類比等方法溯因而形成的，與西醫沿「實體中心論」的思路，用還原方法去尋找各種疾病的特異性病因，並通過科學實驗去發現和驗證這些病因，有著本質上的差異。中醫學的病因，是在對患者發病時證候的辨別、分析、綜合的基礎上，結合發病前患者生活狀況及生活環境中的某些動態變化，對發病原因的回歸性考察，偏重於宏觀的、功能的、綜合的、定性的研究。西醫學的病因涉及疾病發生的外界因素、機體內部因素、自然環境及社會心理因素等多個方面，其中外界因素包括生物性因素、物理性因素、化學性因素和營養性因素等；內在因素包括神經內分泌因素、免疫因素、遺傳因素、先天性因素和年齡、性別、種族因素；自然環境因素如季節、氣候、大氣、土壤和水等生態環境因素；社會心理因素包括社會制度、社會經濟情況、社會文化變遷、社會結構、生活方式或行為、社會性災害、社會心理狀態等，另外還涉及醫源性疾病。其對病因的認識主要依賴於多種檢測的結果，偏重於微觀的、形態的、分析的、定量的研究。
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