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中醫學理論體系可區分為中醫學科群的理論體系與中醫基礎理論專門學科的理論體系。前者是指由中醫基礎理論、中醫診斷學、中藥學、方劑學等中醫基礎學科構成的理、法、方、藥有機結合的知識體系。後者指以元氣說為基石，陰陽五行學說為研究方法，藏象經絡理論為核心的知識體系。這裡所要介紹的中醫學理論體系專指後一種情況而言。
中醫學理論體系的形成與發展，大致可以劃分為先秦、秦漢時期、晉隋唐時期、宋金元時期、明清時期，以及近代與現代五個階段。
1．先秦、秦漢時期─—孕育、奠基階段
春秋戰國時代，中國社會急劇變化，政治、經濟、文化都有顯著發展。諸子蜂起，百家爭鳴，學術思想空前活躍，儒、道、陰陽、墨等對後世影響巨大的學術流派相繼誕生，元氣論自然觀和陰陽五行學說等在戰國末年也已顯露雛型或幾臻成熟；天文、歷算、氣象、物候、生物、心理、邏輯等自然科學知識也取得了長足的進步。這些為古代醫家總結醫學經驗，建構醫學理論，提供了思想武器和方法工具。同時，從殷商始，醫師專業分化，醫療經驗迅速增多，又為理論的總結準備了充分的素材和資料。一些理論雛型，如病因學的「六氣說
」等已相繼出現。因此，先秦時期可以看作是中醫理論體系的孕育期。
秦、漢大一統社會文化格局的形成，為中醫理論體系的建構提供了思想文化基礎。創作於戰國、秦、漢之際，大約彙編成書於西漢中後期的《黃帝內經》，總結了西漢及以前的醫學成就和臨床經驗，並吸收了當時的哲學、天文學、地理學、歷算學、物候學、生物學、心理學、邏輯學等多種學科的重要成就，系統地闡述了人的生理病理及疾病診斷、防治等問題，確立了中醫學的理論原則，奠定了中醫學的理論基礎。《黃帝內經》由《素問》和《靈樞》兩部分組成，除系統闡述醫學問題外，還涉及哲學與其他自然科學的知識。就醫學內容而言，包括人體解剖、藏象、經絡、氣血津液、體質、病因病機、診法、辨證、養生、治則、運氣、醫學心理、時間醫學、地理醫學、氣象醫學、針灸學，以及臨床各科的部分內容，因此，成為中醫理論發展及中醫學科分化的母體。直至現代，《黃帝內經》的許多理論知識仍有重要的指導意義，故一直被奉為中醫學之圭臬。
東漢時期托名為秦越人所撰的《難經》，是一部以問難方式探討醫學理論的專著，許多問題或答案源自《內經》，可視為《內經》之輔翼。《難經》的內容也較豐富，涉及生理、病理、診斷、病證和治療等多個方面，尤其對脈學有較詳悉而精當的論述和創見，對經絡學說以及藏象學說中命門、三焦的論述，則在《內經》的基礎上有所發展，是繼《內經》之後的又一部中醫經典著作。
東漢末年著名醫學家張仲景在《內經》、《難經》的基礎上，進一步總結前人的醫學成就，並結合自己的臨證經驗，寫成我國第一部臨床醫學專著《傷寒雜病論》，後世分為《傷寒論》和《金匱要略》兩書。《傷寒論》著重探討外感疾病的診治問題，它歸納了外感疾病發生、發展的大致規律，分析了疾病不同階段的變化特點及診療要點，提出了外感疾病的六經辨證綱領，並載方 113首。《金匱要略》著重探討內傷雜病的診治問題，書中以病分篇，論述了40多種疾病的因、機、證、治，貫穿著內傷雜病的臟腑辨證方法，並收載方劑 262首。所以說，張仲景確立了中醫診治的辨證論治體系和理、法、方、藥等運用原則，從而使中醫理論與臨床融貫成一體，為臨床醫學的發展奠定了堅實的基礎。
總之，秦漢時期出現的上述醫著，從不同方面奠定了中醫理論體系的基礎，形成了中醫學的學術範式，確定了中醫學理論體系發展的基本路徑。
2．晉、隋、唐時期——繼承、提高階段
[FS:PAGE]晉、隋、唐時期，中醫學的發展呈現出分支學科在分化中日趨成熟、臨床各科大發展及中外醫學交流廣泛等特點，在對病證及其原因和機理的認識、診斷技術、醫方創製、新藥發展及臨床各科等方面，均取得了較大成就。就中醫理論的發展而言，一方面是通過對古醫籍的整理與註釋，繼承與發展中醫理論，如齊梁間人（一說隋人）全元起的《內經訓解》、唐初楊上善的《黃帝內經太素》、唐 ·王冰的《重廣補注黃帝內經素問》，以及王叔和、孫思邈對《傷寒論》的整理與研究，對中醫理論的繼承與發展都作出了重要貢獻。特別是王冰在《重廣補注黃帝內經素問》的第七卷，首載《天元紀大論》、《五運行大論》、《氣交變大論》、《五常政大論》、《六微旨大論》、《六元正紀大論》、《至真要大論》等七篇有關五運六氣的篇章，不僅首倡五運六氣學說，而且對中醫病因病機、辨證、治則治法等理論都有精闢闡述，其對中醫理論的貢獻功不可沒。另一方面是醫學理論的創新與提高，如隋代巢元方等人的《諸病源候論》，是我國第一部探討病因病機理論和臨床證候學的專著，對疾病的病候、病機進行了新的探討，對中醫病理學說的形成，作出了傑出貢獻；唐 ·孫思邈的《千金要方》、《千金翼方》和王燾的《外台秘要》，是綜合了基礎理論和臨床各科的醫著，在臟腑辨證方面有長足的進步。此外，養生學發展至隋唐，已基本形成了以中醫學理論為基礎，以養精、調氣、蓄神為中心的一系列防老益壽的經驗和理論。
3．宋、金、元時期——學派湧現、理論突破階段
宋、金、元時期的醫家們在前代的理論和實踐基礎上，結合自己的閱歷和臨證體會，提出了許多獨到的見解。在各抒己見、百家爭鳴的氛圍中，中醫理論在某些方面取得了突破。宋代陳無擇的《三因極一病證方論》，在中醫病因學方面提出了著名的「三因學說 」。他在梁·陶弘景《肘後百一方·三因論》的基礎上，確立了「外因、內因、不內外因」的病因分類說，使中醫病因學說更加系統化和理論化。宋·錢乙的《小兒藥證直訣》，豐富了臟腑辨證論治的內容。
金元時期，中醫學術界湧現了各具特色的醫學流派，理論的爭鳴大大促進了中醫理論的發展。其中最具代表性的是劉完素（河間）、李杲（東垣）、張從正（子和）和朱震亨（丹溪），後世合稱為「金元四大家 」。
劉完素在系統研究《內經》運氣學說和病機學說的基礎上，形成了以「主火論」為特點的學術思想，倡「六氣皆從火化」和「五志過極皆為熱甚」之說，認為百病多因於火，治療疾病以寒涼為主，後世稱之為「寒涼派」。劉氏的學術思想和臨床經驗，為後世溫病學說的產生開創了先河。
張子和精研仲景《傷寒論》汗、吐、下三法，認為凡病皆因邪而生，「邪去則正安 」，故治療疾病多以汗、吐、下三法攻逐邪實為主，反對濫用補藥，後世稱之為「攻邪派」 (「攻下派」 )。
李東垣著重研究脾胃元氣的理論，提倡「人以元氣為本」，「內傷脾胃，百病由生 」之說，主張治療疾病以調補脾胃為主，善用益氣升陽方藥，後世稱之為「補土派」（「脾胃學派
」）。另外，李氏還提出了內傷發熱的獨特見解，認為它既不同於外感發熱，又不同於陰虛發熱，多因陽氣不升，谷氣下降，陰火上衝等所致，對中醫學術的發展亦頗有影響。
朱震亨集河間、子和、東垣之學，善治雜病，創見頗多。他受理學影響較大，並結合江南地土特點，倡言「陽常有餘，陰常不足 」，認為濕熱相火為病，十之八九，治病以滋陰降火為主，後世稱之為「養陰派」（「滋陰派 」）。另外，朱震亨提出了「氣血沖和，萬病不生，一有拂郁，諸病生焉。故人身諸病，多生於郁 」的觀點；他還認[FS:PAGE]為痰是重要的致病因素，提出「百病多因痰作祟」之說。
金元四家之論，雖各有不同，但都以一定的實踐經驗為基礎，各有發明與創見，從不同的角度充實和發展了中醫學理論。
4．明、清時期——綜合匯通、深化發展階段
明、清時期，中醫學的發展出現了對前期理論學說進行分析評價、綜合匯通的總趨勢。在集古代中醫基礎理論大成的基礎上，結合該時期醫家的臨床經驗和哲學研究成果，經過反覆探討，提出了許多創見，使中醫理論體系得到進一步的發展。如趙獻可、張介賓等致力於探討生命的本質和原動力，探索調節人體全身臟腑陰陽的樞紐所在，由對《難經》的「左腎右命門說」的爭論，發展形成了「命門學說 」，為藏象學說增添了新的內容，為調整陰陽提供了理論依據及具體的治療方法。李中梓則在前人對臟腑認識的基礎上，提出了「腎為先天本，脾為後天本」的論斷。
明、清時期對外感熱病的認識，在前人的基礎上進一步深化。明 ·吳又可通過細緻的觀察和反覆實踐，撰成《溫疫論》，提出「溫疫」的病源「非風、非寒、非暑、非濕，乃天地間別有一種異氣所成」，其傳染途徑是從口鼻吸受，確立了感染「戾氣」為傳染病發病主因的新觀點。清代葉天士、吳鞠通等溫病學家，在臨床實踐的基礎上，創立了衛氣營血和三焦的溫病病機傳變規律及其辨證論治方法，促使溫病學說日趨成熟，成為在病因、病機傳變、辨證論治等方面自成體系的一門學科。
此外，清代王清任重視解剖，改正了前人有關「內景圖說」中的人體解剖方面的錯誤，著成《醫林改錯》，並致力於人體氣血運行的研究，發展了瘀血致病的理論，倡導活血化瘀的治法，對中醫理論的發展也作出了重要貢獻。辨證施治（或辨證論治）常被看作中醫學的特點之一，其思想早在《黃帝內經》中已有充分體現，並為後世歷代醫家所遵循，但作為專門術語，辨證施治則為明代周之斡《慎齋遺書》所倡，辨證論治則為清代章楠在《醫門棒喝》中所提出。
5．近代與現代——系統化、[FS:CONTENT_END]
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