1、種子的收穫
育苗移栽的當歸到10月中下旬植株枯黃時即可采收。選留無病蟲害、生長良好的地塊不挖，翌年早春拔除雜草，加強肥水管理。8月中旬種子由紅色轉為粉白色時即可分批采收。每畝可收穫種子40kg～100kg。將采收的果序紮成把兒放在屋簷下晾乾，以免種子受潮和陽光長期暴曬而影響種子發芽率。
2、根的收穫
10月上旬植株葉片變黃，割去地上部分，使陽光曬到地面，促使根部成熟。10月下旬～11月上旬採挖當歸。採挖不宜過早或過遲，過早根內營養物質積累不足，根條不充實，產量低，質量差。過遲氣溫下降，根內營養物質分解消耗，產量、質量均下降。採挖時小心挖起全根，抖去泥土，從地的一端盡量挖全，挖後結合犁地再撿一次漏挖的當歸。
3、當歸的貯藏
當歸易遭蟲蛀、發霉、泛油，其末端易吸潮變軟，表面有油狀物溢出並散發出異味。因此，當年收穫的當歸要貯於陰涼乾燥處，溫度在28℃以下，相對濕度70%～75％，商品安全水分為13%～15%。為害的倉蟲有細脛露尾甲等。貯藏期間定期檢查，發現吸潮或輕度霉變、蟲蛀，要及時晾曬，或加溫60℃進行烘乾。有條件%地方可用密封抽氧充氨技術養護。
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