機構設置
清代受清政府廢止針灸科及西學傳入的影響，針灸教育受到嚴重摧殘，這一時期的針灸教育與管理可分為兩個歷史時期，公元1644年～1822年是一個相對穩定和有所發展的時期，公元1822年，清政府下令「太醫院針灸一科，著永遠停止」，從此之後，針灸醫學便處於日趨衰落的境地。
清政府雖然不如前朝歷代政府那樣重視針灸，但在公元1822年以前太醫院中仍設立針灸科。醫藥教育(包括針灸)則分內教習與外教習兩種。內教習為教授內監之習醫學者，外教習為教授普通平民及醫官子弟之習醫學者。太醫院開始有十一科，包括針灸科在內，公元1797年，太醫院將十二科縮減為九科，其中仍有針灸科。清朝前半期的針灸教育仍有官方教育的成份，各府、州、縣設置醫學，主管地方醫學教育。公元1822年以後，由於清政府下令太醫院廢止針灸科，故針灸教育之責完全流入民間。
清太醫院 清太醫院印 清道光皇帝禁針詔
教材
清代與明代要求大致相同，但實際上所習課目主要是《醫宗金鑒》、張景岳《類經》及《類經圖翼》、《本草綱目》，而至晚清考試則多從《醫宗金鑒》出題。從清代的針灸文獻看，也是受《醫宗金鑒》、《類經圖翼》影響最大，許多針灸書實際上就是此二書化裁而來。
清初至民國時期，針灸醫學由興盛逐漸走向衰退。公元1742年吳謙等撰《醫宗金鑒》，其《醫宗金鑒?刺灸心法要訣》不僅繼承了歷代前賢針灸要旨，並且加以發揚光大，通篇歌圖並茂，自乾隆14年以後（公元1749年）定為清太醫院醫學生必修內容。
《醫宗金鑒》 《類經圖翼》
教學方法
清代醫學教育值得一提的是，光緒三十四年（1908年）太醫院使（最高行政官）張仲元奏請開辦太醫院醫學堂，以培養新型的中西醫高級人才。學生分為「中學班」、「高等班」兩班，每班各六十人。其中中學班五年制，學習科目以中醫傳統課目為主，兼學西醫基礎知識；高等班為八年制，主要學習西醫課目，兼學中醫臨床及中醫基礎。並且制定相應的《太醫院開辦醫學堂章程》，明確提出「智育、體育、德育三者並重」。在當時的歷史條件下，能夠提出培養智、體、德並重的中西醫學結合通才的培養模式的確是一個創舉。不過從時間上看，恐怕第一屆學生都沒能畢業。
考試方法
凡到太醫院學習者，通常要經六品以上同鄉官員推薦，滿人要經該管佐領推薦，並由本院醫官作保，由首領官而試，粗知醫理，且通曉北京話，合格者方可入學，稱之為醫生。入院學習後，稱為肄業生。一般肄業生學習3年期滿，由禮部堂官來主持考試，合格者標為醫士，不合格者繼續肄業，以待再考。凡肄業一年以上，經季考3次，名列一等者，遇糧生有缺，可呈報禮部遞補，不再考試。
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