為了提高種子的品質，防治種子病害，打破種子休眠，促進種子萌芽和幼苗健壯成長，中藥材種子在播種前要進行處理。其主要常規處理方法歸納如下：
一、選種：選取顆粒飽滿、發育完善、大小均勻一致、不攜帶病蟲卵細菌、生命力強的種子。數量小時可手工選種，數量大時可用水選或風選。
二、曬種：播種前曬種能促進某藥材種子的生理後熟，促進種子內部新陳代謝，增強種子成活力，提高發芽率，並起到殺菌消毒的作用。曬種一般選晴朗天氣曬2-3天。在水泥地上曬種時，注意不能攤工巧匠得太溥，以防燙傷種子，一般以5-10厘米為宜。每隔2-3小時翻動一次，使種子受熱均勻。
三、浸種：用冷水或40度左右溫水直接浸種或冷、熱水變溫交潛浸種24小時，可使種皮老化、透性增強，並能殺死種子內外所帶病菌，防止病害傳播，促進種子快速、整齊地萌發。若浸種時採用一些化學物質直接進行種子處理，可得到更好效果。
1、根據種特性，選擇適宜的化學藥劑和適當的濃度處理種子。如黨參種子在0.1%小蘇打、0.1%溴化鉀深液中浸30 秒，撈起立即播種，一般發芽可提早10~12天，發芽率高10%左右。
2、用生長激素處理。常用激素有吲哚乙酸、赤黴素等。如黨參種子用0.005%的赤黴素深液浸6小時，發芽率提高11.5%。
3、 在水中加入微量元素浸種。常用的微量元素有硼、鋅、錳、銅、鉬等。如桔梗種子用0.3-0.5%高錳酸鉀溶液浸一天，種子和根的產量可分別提高30-50%。
4、 擦傷和破殼處理：有些藥材種子皮堅硬，富含蠟質，不透水，影響種子的萌發。採用人工破殼、搓擦等方法操作種皮，可增強透性，促進萌發。如杜仲可採用剪破翅果，取出種仁直接播種，黃芪、穿心連的種子種皮有蠟質，可先用細沙磨擦，再用溫水浸種，可顯著提高發芽率。
5、 層積處理：即一層濕砂，一薄層種子，再蓋一層濕砂，再撒一薄層種子，如此重複堆積處理的方法。此法可打破種子休眠，促進後熟和萌發。如芍葯、黃連、銀杏種子常用層積處理來促進萌芽。
6、 拌種：一般用藥劑拌種，可起到殺菌消毒、促進生長吸收的作用。如每500克種子加3-4克50%多菌靈拌種，可殺死種子表面及土壤中病菌，防止幼苗猝倒病。此外，採用細菌肥料拌種，可增加土壤中有益微生物，把土壤和空氣中植物不能直接利用的元素變成植物可吸收的養料，從而促進中藥材和生長發育。現常用的菌肥有根瘤菌劑、固氮菌劑等。
除以上常用的方法外，還可用射線、超聲波處理藥材種子，有促進發芽、生長旺盛，早熟增產等作用。
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