中草藥在生長發育過程中，因細菌、真菌、病毒、害蟲或雜草為患，可直接影響中草藥植株的生長發育，造成品質變壞和產量降低，甚至喪失藥用價值或致植株死亡。農藥防治病蟲害具有作用快，效果好、應用方便、能在短期內消滅或控制大量發生的病蟲害、受地區性或季節性限制比較小的優點，但長期使用某些有機合成農藥，害蟲易產生抗藥性，同時天敵被殺傷，造成害蟲猖獗，同時還會產生農藥殘留等問題，有的農藥還可使某些中草藥的有效成分含量降低而影響藥材質量，所以如何正確施用農藥是中藥材GAP種植中一個值得關注的問題。
一、農藥的種類
凡用於防治植物病、蟲、草害及調節植物生長的各種藥劑均可稱為農藥，按用途農藥分殺菌劑、殺蟲劑、殺螨劑等，按農藥的來源又可分為生物源農藥、礦物源農藥，有機合成農藥三種。
一、生物源農藥
生物源農藥，指直接利用生物活體或生物代謝過程中產生的具有生物活性的物質，或從生物體中提取出的物質作為防治病、蟲、草害的農藥。
1、植物源農藥。
1殺蟲劑。如魚籐酮、除蟲菊素、茼蒿素、煙鹼、植物油乳劑。
2殺菌劑。如大蒜素。
3驅避劑。如苦楝、印楝素、川楝素。
4增效劑。如芝麻素。
2、動物源農藥。
1昆蟲信息素(或昆蟲外激素)。如性信息素。
2活體制劑。如寄生性、捕食性的天敵動物。
3微生物源農藥。包括農用抗生素和活體微生物農藥。
1農用抗生素。防治真菌病害的有滅瘟素、春雷黴素、多抗黴素(多氧黴素)、井崗黴素、農抗120等；防治螨類的有瀏陽黴素、華光黴素。
2活體微生物農藥。真菌劑有綠僵菌、魯保1號；細菌劑如蘇雲金桿菌、乳狀芽孢桿菌；拮抗菌劑如「5406」、菜豐寧B；線蟲如昆蟲病原線蟲；原蟲如微孢子原蟲；病毒有核多角體病毒、顆粒體病毒。
二、礦物源農藥
有效成分來源於礦物的無機化合物和石油類農藥。
1、礦物油乳劑。由天然礦物質中提取的油乳劑。如低磺酸值機油乳劑、蒽油乳膏、煤油乳膏等。
2、無機殺螨殺菌劑。
1銅製劑。如硫酸銅、氧氯化銅、氫氧化銅、波爾多液。
2硫制劑。如硫懸浮劑、可濕性硫磺、石硫合劑。
三、有機合成農藥
由人工研製合成，並由有機化學工業生產的商品化的一類農藥，包括殺蟲劑、殺螨劑、殺菌劑、除草劑。
二、中藥材GAP生產中的農藥使用原則
一、禁止使用劇毒、高毒、高殘留或具有三致(致癌、致畸、致突變)的農藥(見表1)。
二、可限量使用一些高效低毒、低殘留農藥。表2中，我們列出了一部分可以限量使用的有機化學農藥，但在使用時要注意以下四點：
1有機合成農藥在作物產品中的最終殘留量應從嚴掌握，採用國際上最低殘留限制標準或國家標準。
2最後一次施藥距采收間隔天數不得少於表2中規定的日期。
3嚴格控制各種遺傳工程微生物制劑的使用。
4根據國家生產二級綠色食品農藥使用準則，每種有機合成農藥在一種藥材作物的生長期內只允許使用一次。但目前藥材生產尚未統一標準，可參考表2中所列使用次數，並在可能的情況下，盡量減少使用次數。
三、鑒於生物源農藥對環境和人畜危害很小，而且使用靈活、經濟、效果持久、有預防性，故在中藥材GAP生產中提倡使用生物源農藥。礦物源農藥中硫制劑和銅製劑也應提倡使用。
三、合理用藥
合理用藥就是在使用農藥時要對所使用的藥劑、病蟲草和寄主中草藥之間的關係作一個全面的分析，做到對症下藥，從而達到省藥省工、防治效果好、不產生藥害、對人畜安全、藥材增產的目的。
一、根據病蟲種類及其為害方式，選用適當的藥劑。
如防治蟲害用殺蟲劑，防治病害用殺菌劑，防治刺吸式口器的害蟲，要用樂果等內吸劑等。
二、根據病蟲的發生特點和氣候變化適時用藥。
大多危害中草藥的害蟲，在幼齡階段抗藥力較弱，如菜青蟲、銀紋夜蛾等，在發生蟲害的初期用藥效果好。高溫時用藥雖防治效果好，但易產生藥害。雨天則不宜施藥，避免浪費。
三、避免發生藥害。
中草藥因品種和發育期的不同，對藥劑的種類和濃度的抗藥能力差別很大。如瓜類和豆類中草藥對六六六粉、波爾多液等比較敏感。因此，對某些抗藥力弱的中草藥或正處於藥劑敏感期的中草藥，用藥時要選擇不易發生藥害的農藥或降低農藥使用濃度。
四、合理混用和交替使用農藥。
農藥的混合使用不僅可以提高藥效，防止病菌和害蟲產生抗藥性，還能兼治多種病蟲害。但並不是所有的農藥都可以互相混合，應根據藥劑特性合理混用，否則會致藥劑失效，或造成藥害等不良後果。農藥還應經常交替使用，經常使用同一種農藥，容易孳生病菌和使害蟲產生抗藥性。
四、農藥的施用方法
一、噴粉
直接用噴粉機具將粉劑噴撒施用。噴粉在缺少水源的地方應用較多且省工。噴粉宜在早晨露水未乾或小雨後進行，以利於粉劑在植物體上黏著，提高防治效果。噴粉量通常掌握在每畝1.5～2kg左右。
二、噴霧
是將乳劑、乳油、可濕性粉劑、膠體劑加水稀釋成懸液，用噴霧機具噴霧施藥的方法。此法使用效果較好、藥效長。但噴霧要做到均勻周到，噴施量以植株充分濕潤為度，一般每畝噴50～125kg，具體用量依植物大小而定。
三、拌種
即將藥劑和種子充分拌勻後播種。此法省工、省藥，方法簡便，效果好，用於防治地下害蟲及種子帶菌的病害。
四、浸種
用藥液浸泡帶菌的種子和種苗以防止病害。藥液濃度和浸種時間應通過試驗摸索，以免產生藥害。
五、毒餌
是用胃毒劑與餌料配成毒餌，以誘殺地下害蟲和獸害的方法。常用餌料有麥麩、谷糠、餅肥、鮮草等。若用乾燥的餌料需加水至拌勻後用手輕握指縫見水為度。撒施毒餌宜在傍晚進行，用藥量隨藥劑種類不同而定。
六、毒土
將農藥和細土混勻撒於地面或播種溝內，用以防治病蟲或除草。此法使用簡便。撒於地面的毒土要求濕潤，以免被風吹散，每畝混細土20～30kg。與種子混合播種的毒土要求疏鬆乾燥，便於播種。為免產生藥害，每畝混細土5～10kg。
七、土壤處理
用噴粉、噴霧、毒土等方法將農藥施於地面後再翻耕土地，將農藥分散在土壤耕作層內，以防治地下害蟲和土壤傳染的病害或雜草。
八、澆灌
將藥液澆灌於植株根際，或在灌水時於進水口施藥，以防治地下害蟲、根腐病等。此法應控制好施藥量。
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