中藥材在貯藏過程中，主要應避免蟲蛀、發霉、變色、氣味散失、枯朽、風化、融化粘連等變異現象。
一般造成藥物變質的因素主要是：
溫度：藥材在溫度方面都有一定的適應範圍。溫度過高過低都會使藥材質量發生變化。當溫度在35度以上時，含脂肪的藥物就會因受熱而使油質分離，從而少油;含揮發油多的藥物也會因受熱而使芳香氣味散失;動植物膠類和部分樹脂類藥物，受熱後又易於發軟、粘連成塊或融化。
溫度在20～35度時，由於有利於蟲害、黴菌等孽生繁殖，而使某些藥物生蟲、發霉以至變質。
濕度：濕度是指空氣中水蒸氣含量多少的程度，也就是空氣潮濕的程度。藥物本身能否保持正常的含水量，與空氣的濕度有密切關係。一般藥物的正常含水量約10~20%。如空氣中水蒸氣多，藥物大量地吸收水分而使含水量增加(受潮)，就容易發生霉爛變質現象。
空氣：空氣含有多種成分，其中以氧氣最容易與藥物的某些成分發生化學變化，而影響其質量。通常所見到的丹皮、黃精等的顏色變深，就是因為它們所含的鞣質、油質及糖分等與空氣中的氧氣接觸發生變化而形成的。
日光：日光對某些藥材的色素和葉綠素有破壞作用，能使藥材變色。所以紅色和綠色的藥材，不宜在陽光下久曬。
各類藥材的保管養護工作的主要方法：
易生蟲藥材： 對易生蟲的藥材，在保管過程中除了要勤檢查以外，還必須從杜絕害蟲來源、控制其傳播途徑、消除繁殖條件等方面著手，才能有效地保證其不受蟲害。因此，貯存這類藥材，如黨參、款冬花、薏苡仁、烏梢蛇等，首先要選擇乾燥通風的庫房。庫內地面潮濕的，應加強通風，並可在地面上鋪放生石灰、爐灰、木炭等;架底墊木高到40cm以上，在墊木上最好銷上木板蘆席或油氈紙等以便隔潮。另外，對不同藥材可以採取密封、冷藏、熏蒸、對抗等適當的養護措施，以保證藥材不蟲蛀。
易走油發霉藥材： 藥材走油發霉，直接影響藥效，特別是發霉嚴重的，能完全失去療效。藥材發霉，是指在藥材上寄生和繁殖了黴菌，稱為「霉變」。對這類藥材的保管，最忌悶熱。如牛膝、天冬、白朮等保管不善，都可產生走油或霉變，故應置於通風乾燥處，嚴防潮濕。
易變色及散失氣味藥材 ： 部分花、葉、全草及果實種子類藥材，由於所含的色素、葉綠素及揮發油等，受溫度、濕度、空氣、陽光等的影響，易失去原有的色澤和氣味，如蓮須、紅花、丁香等。在貯存保管中應根據藥材的不同性質以及具體條件，進行妥善養護。貯存場所要乾燥陰涼，嚴格控制庫的溫、濕度。貯存時間不宜過長，並要做到先進先出。最好單獨堆放，以免與其它有特殊氣味的藥材串味。
易融化、怕熱藥材： 易融化、怕熱藥材主要指熔點比較低，受熱後容易粘連變形，或使結晶散發的那些藥材，如阿膠、兒茶、樟腦等。對這類藥材必須選擇能經常保持乾燥陰涼的庫房，並將藥材包裝好或裝容器裡。
易潮解、風化藥材： 含有鹽類物質的結晶體藥材，在潮濕的地方或空氣中濕度大，都會受影響而逐漸融化。當開始融化時，一般稱為「返潮」或潮解，如芒硝等。對這類藥材應選擇陰涼、避風和避光的庫房，或在室內適宜的地方保管;包裝物以能防潮不通風為宜。
需要特殊保管的藥材： 對毒劇麻藥、易燃性藥材及貴重藥類應根據各自的特殊性質和有關管理辦法進行保管。
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