根據果園地理環境套栽 乾旱地區果園只適合套栽耐旱藥材，如柴胡、黃芩、黃芪、知母等，或不耐寒的藥材，如元胡、附子、北沙參等；山區則應選擇套種喜濕、怕熱的黃連、黨參、麥冬、三七、西洋參等。
根據果樹的物候期套栽 棗樹、柿樹等發芽較遲果樹，可套栽喜光但有夏眠習性的藥材，如貝母、元胡等；對桃、杏 、櫻桃、枇杷等成熟期在最熱季節到來之前已結束的果園，可套栽喜熱、怕踐踏的菌類藥材，如茯苓、天麻、豬苓等，還可利用此階段樹冠的保濕、遮陰作用種植木耳和銀耳。
根據樹齡套栽 幼齡果園因尚未封行，可在行間栽培1～3年收穫的藥材，如地黃、遠志、黃芩、菊花、黃芪、牛膝、板藍根、草決明、白朮、柴胡等，老齡果樹園則應選擇喜陰或耐陰的藥材品種，如半夏、三七等。
根據樹冠情況套栽 樹冠及樹葉較稠密的果樹，如桃、櫻桃、杏、萄葡、柿子等，可套栽半夏、天麻、靈芝、黃連等喜陰濕環境的藥材；樹冠較稀疏的果樹，如蘋果、梨、山楂等可套栽丹參、百合、天冬等稍耐陰濕的藥材。
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