1912年7月，北洋政府舉行教育會談，參照日本學制，制訂了《王子癸丑學制》。1912年11月北洋政府教育部頒布了《醫學專門學校規程》。1913年1月，北洋政府教育部公佈了《大學規程》醫學、藥學兩門，完全沒有中醫藥學方面的規定，這就是民元的所謂教育系統「漏列」中醫事件。
教育系統「漏列」中醫藥案，引發了近代醫學史上首次抗爭救亡運動。上海神州醫藥總會余伯陶等人，立即和各地醫學團體進行聯繫，至1913年10月有19個省市醫學團體響應。並派代表參加「醫藥救亡請願團」推舉惲薇蓀(北京)、葉晉叔(上海)為代表。此外尚有藥業方面，同仁堂、西鶴年堂等參加。代表於1913年11月23日起程赴京請願。《神州醫藥總會請願書》是一份非常珍貴的近代中醫教育史資料。現文摘如下：
「為請求建議，呈為懇請提倡中醫中藥，准予另設中學(註：指中醫學)醫藥專門學校，以重民命而順輿情事……」「今者民國肇始，力圖自強，我國醫藥人材，方將與世界各國競勝爭雄，教育部太部定章，於醫學課程獨取西法，不及中學，此雖迫於世界進化之大勢，別具苦心，然會員等愚以為醫藥為衛生強種之要素，與國計民生有絕大關係；速舉中醫中藥切實整頓則可，逐如淘汰則不可……」。
請願書全文很長，最後提出八條具體措施，即設立中國醫藥書編輯社；開設醫院；開設中醫補習學校；規定診察手續及立案程式；刪補丸散膏丹暨各種藥品；設立醫藥藏書樓、藥品陳列所；設藥品化驗所；編輯醫學報等。請願書結尾曰：「大部為全國教育總司，必能下順輿情，俯加采擇，當無畸輕畸重之虞。所有請求懇請建議提倡中醫中藥，准予另設專門學校各緣由，除向教育部懇請，議會請求外，理合抄具簡章，吳請俯充批示祗遵，不勝迫切待命之至。謹呈。」
北洋政府教育部在群眾輿論壓力下，1914年1月8日函復余德勳(余伯陶)請願書。該批示認為：「本部對於醫學，只期學術完備，求合於世界進化之大勢，然後檢疫，衛生諸政，冀可推行無礙，並非於中醫、西醫有所歧祝也。」
繼教育部批復之後，北洋政府國務院於1月16日也發下正式覆文：「查中國醫學，肇自上古，傳人代起，統系昭然，在學術固已蔚為專科，即民生亦資具利賴，前此部定醫學課程，專取西法，良以歧行不至，疑事無功。先其所急，致難兼采，初非有廢棄中醫之意也。來呈述理由五端，尚屬持之有故，擬辦各宰，亦均具有條理，除釐訂中醫學校課程一節暫從緩議外，其餘各節，應准分別籌辦。仍仰隨時呈明地方行政長官立案，俾資查考以便維持。此批。」。
教育部和國務院的答覆，明確表示並非於中醫有所歧視、廢棄之意，基本同意了全國醫藥救亡請願團要求，准予分別籌辦。雖然對中醫學校課程要暫緩議定。但原則上已表示准許不加反對。這次請願的初步勝利，為以後各地中醫學校立案成功奠定基礎。
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