中藥的分類，就是根據中藥同和異將其分成不同的類別，從而達到掌握藥物特性和更好地利用藥物的一種方法。不同的學科根據不同的目的，採用切合實際的分類方法，將眾多無緒的藥物進行系統的分門別類，對於中藥的認識、掌握和利用，可以提高效率和提供許多的便利。
中藥的分類，有著悠久的歷史。早在《周禮•天官》就有「以五味、五穀、五藥養其病」的記載，對於其中的「五藥」，漢代鄭玄注曰「五藥：草、木、蟲、石、谷。」可見在漢代已有對藥物進行分類的論述。在本草書籍中，分類的記載始見於《神農本草經》，書中根據其藥性、功效、毒性等特性，將365種藥物分別歸納為上品、中品、下品三類。此後，梁代陶弘景在其所著的《本草經集注》中，在「五藥：草、木、蟲、石、谷」的基礎上，進一步將730種藥物分為玉石、草木、蟲獸、果、菜、米食及有名無實等七類，從而確立了中藥按自然屬性的分類方法。越到後世，不僅分類的方法越來越多，越來越完善；而且分類的理論也越來越豐富。
中藥分類的方法雖然很多，但傳統的分類方法，概括起來可分為兩大系統：即藥性分類法和自然分類法。
藥性分類法，是根據中藥藥性、功效等特性進行分類的一類分類方法。因為它有利於醫家掌握藥物性能，故為歷代醫家所習用。性能是藥物有別於其他物質的最大特性，因此大多數本草書籍的分類，都少不了用它來進行歸納。這也是多數按自然屬性分類的本草書籍，仍保留了三品分類方法的原因。
藥性分類法，首創於《神農本草經》，它的三品分類法，以「上藥……為君，主養命以應天，無毒，多服久服不傷人」，「中藥……為臣，主養性以應人，無毒有毒」，「下藥……為佐使，主治病以應地，多毒，不可久服」 為其分類的理論依據。雖然分類比較簡略，但對臨床有一定的指導意義。在本草典籍中，三品分類開創了藥物分類的先河，因此對後世影響深遠。雖然梁代陶弘景創立了按自然屬性分類的方法，但一直到唐宋金元，歷代修訂本草，仍然保存了三品分類的屬性，並以之作為分類的依據。即使是李時珍的《本草綱目》徹底打破了三品分類的方法，但仍在藥名下對《本經》、《別錄》藥物的三品屬性作了註釋。然而由於藥物的日益增多和對藥物認識上的不斷深化，這種分類方法的局限性便日見暴露出來，單憑三品分類的方法已不能適應客觀需要。後世醫藥學家，結合臨床實踐不斷總結出了更為切用的分類方法。如唐代陳藏器在《本草拾遺》中，首創了「十劑」分類法，根據藥物功效歸納為「宣、通、補、洩、輕、重、澀、滑、燥、濕」十類。它的分類理論是：「宣可去窒，……通可去滯，……補可去弱，……洩可去閉，……輕可去實，……重可去怯。……澀可去脫，……滑可去著，……燥可去濕，……濕可去枯」。這對於臨床用藥具有很好的指導作用。金元期間的李東垣，將臨床常用的100餘種中藥，根據升降浮沉的理論，將其分成五類。又署名為李東垣而實為後人所托的《藥性賦》，則按藥物四性(寒、熱、溫、平)進行分類。尤其是明、清以來，醫藥學家們相繼總結了不少臨床實用的功效分類方法。如明代王綸在其所著的《本草集要》中，將藥物按功效分列為治「氣、寒、血、熱、痰、濕、風、燥、瘡、毒、婦人、小兒」等12門。每一門中又分若干小類，如治氣門分「補氣清氣溫涼藥、行氣散氣降氣藥、溫氣快氣辛熱藥、破氣消積氣藥」4類等。這種分類比較具體而詳細，無疑是一大進步。李時珍結合自己長期的臨床實際，在其《本草綱目》中總結了「臟腑虛實標本用藥式」，將藥物的功效結合臟腑受病的標本、寒熱、虛實進行綜合歸類。清代黃宮繡的《本草求真》，對藥物功效分類的貢獻最大，他首先將藥物分成「補劑、收澀、散劑、瀉劑、血劑、雜劑、食物」七大類；而在每大類下又分若干細類，如補劑分為「溫中、平補、補火、滋水、溫腎」；血劑分為「溫血、涼血、下血」等。李氏、黃氏的分類法，不僅對於臨床醫師辨證論治，遣藥組方具有很好的指導意義，而且對近代中藥功效分類也有深遠的影響。
清代以來，除上述分類之外，還出現了按經絡、臟腑以至脈象對藥物進行分類。以經絡分類的，有姚瀾的《本草分經》；以臟腑分隊歸類的，有凌奐的《本草害利》、江筆花的《筆花醫鏡》，他們先用臟腑分隊，各隊再按藥性分補、瀉、涼、溫，再分猛將、次將；按脈象分類的，有龍柏的《脈藥聯珠•藥性考》等。這些分類方法，雖以臟腑、經絡為綱，但仍以藥性為依據，故仍屬藥性分類法的範疇。這些方法，各有特點，由於它們與臨床實踐結合較緊，因而多為臨床醫家們所採用。
自然屬性分類，是根據藥物的自然屬性對其進行分類的方法。《周禮•天官》中的「五藥」,雖然漢代鄭玄注為「五藥：草、木、蟲、石、谷。」但沒有具體藥物的歸屬。因此按自然屬性分類的方法，仍應視為陶弘景所首創。他在《本草經集注》中，將《本經》、《別錄》730種藥物分為玉石、草木、蟲獸、果、菜、米食及有名無實七類，這種方法，雖然較為簡略，但卻成為後世修訂本草分類的基礎。如唐代的《新修本草》、宋代的《開寶本草》、《嘉祐本草》、《證類本草》等綜合性本草，都是以《本草經集注》的分類方法，加以擴充、增加而成的。直至明代李時珍的《本草綱目》，才對它作了全面和較大的改革。他提出了一套完整的分類理論。他採用「析族、區類、振綱、分目」的方法，以「各列為部，首以水火，次之以土，水火為萬物之先，土為萬物之母也。次之以草、谷、菜、果、木，從微至巨也。次之以服器，從草木也。次之以蟲、鱗、介、禽、獸，終之以人，從賤至貴也。」 作為他的分類理論基礎。將收載的1892種藥物，先按「析族振綱」，分為16部，然後「區類分目」，按藥物的形態、習性、生態環境和經濟用途等，再分為60類。如草部又分為山草、芳草、隅草、毒草、蔓草、水草、石草、苔類、雜草；木部又分為香木、喬木、灌木、寓木、苞木、雜木等。建立起當時最為先進、比較完整的分類系統。《本草綱目》自然分類體系建立後，就成為傳統中藥自然屬性分類法的典範。在其後問世的重要本草著作如《本草正》、《本草備要》、《本草綱目拾遺》、《本草從新》等，都基本上沿用它的自然屬性分類方法。
隨著現代科學技術的傳入，中藥新興學科的建立，一些現代科學的分類方法也被引進中藥的分類。諸如中藥功效分類、藥用部位分類、植物學分類、動物學分類、礦物學分類、中藥化學成分分類等方法。近年所編輯的有關教材及書籍，多根據其學科的性質不同，而分別採用不同的現代科學分類方法。如現代的臨床《中藥學》，採用中藥功效分類法；《中藥鑒定學》採用藥用部位分類法；《新華本草》、《中華本草》等綜合性本草，則採用植物學分類法、動物學分類法等；《中藥化學》就採用化學成分分類法。這些分類方法應用，都提高了它們的科學性和實用性。
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