中藥炮製的目的是多方面的，往往一種炮製方法或者炮製一種藥物，同時具有幾方面的目的，這些雖有主次之分，但彼此之間又有密切的聯繫。
1. 有毒中藥炮製均可降低毒性
如川烏、半夏、馬錢子等；有些毒性藥物炮製除降低毒性外，還可緩和藥性，如甘遂、芫花醋炙，巴豆制霜均可緩和瀉下作用。
2. 有副作用的藥物炮製均可消除或減弱副作用
有的藥物雖有較好的療效，但因毒性或副作用太大，臨床應用不安全，需炮製後使用。
如草烏：生用大毒，多外用，制草烏：毒性降低，可供內服。
常山：生品有嘔吐的副作用酒炙常山：可消除此副作用，用於截瘧。
3. 改變藥性
生品、製品藥性不同，臨床應用各異。如蒲黃生用性滑，活血化瘀，炒炭後性澀，止血；生甘草性涼，清熱解毒，蜜炙後性溫，能補中益氣；生地黃性寒，清熱涼血，熟地黃性溫，滋陰補血；何首烏生用。
4．藥性峻烈的藥物經炮製可緩和藥性
如麻黃生用辛散解表發汗作用較強，蜜制後辛散作用緩和，發汗力減弱，而止咳平喘作用增強；蒼朮、枳殼麩炒緩和燥性；槐花炒黃、黃連酒炙、大黃酒炙緩和苦寒之性；牛蒡子炒黃緩和寒滑之性等。
5. 增強藥物療效
可通過炮製後改變藥物質地，使其質地酥脆、易於粉碎、利於成分的煎出而提高療效。如種子類藥物炒黃；質地堅硬的礦物藥、貝殼類鍛制。還可借助輔料的作用增強療效，如蜜炙款冬花、紫菀等，由於蜂蜜的協同作用，可增強其潤肺止咳作用；羊脂炙淫羊藿可增強其治療陽痿的效能；膽汁制南星能增強其鎮驚作用。
6．改變或增強藥物作用的部位和趨向
通過炮製可引藥入經，改變作用部位及趨向。如大黃酒炙能引藥上行；柴胡、香附等經醋制後有助於引藥入肝；小茴香、橘核等經鹽制後，有助於引藥入腎。
7．便於調劑和制劑
礦物類、貝殼類及動物骨甲類藥物，必須經過鍛、鍛淬、砂燙等，使其質地變為酥脆，易於粉碎及煎出有效成分。
8．有利於貯藏及保存藥效
（1）藥物經過乾燥處理，使藥物含水量降低，避免霉爛變質，有利於貯存。
（2）一些昆蟲類、動物類藥物經過熱處理，如蒸、炒等能殺死蟲卵，防止孵化，便於貯存，如桑螵蛸等。
（3）植物種子類藥物經過蒸、炒、燀等的加熱處理，能終止種子發芽，便於貯存而不變質，如蘇子、萊菔子等。
（4）加熱處理可殺酶保甘，如黃芩、杏仁等。
9．矯味矯臭，利於服用
動物類藥物或其他有特殊臭味的藥物，炮製後均能起到矯味矯臭的效果，如酒制烏梢蛇、紫河車、麩炒殭蠶、椿根皮，醋制乳香、沒藥，長流水漂洗人中白等。
10．提高藥物淨度，確保用藥質量
這是藥物炮製的共同目的。如種子類藥物要去沙土、雜質，根類藥物要去蘆頭，皮類藥物要去粗皮等。
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