《三易洞璣》作者黃道周為明末閩海大儒，《三易洞璣》為其主要代表作之一。所謂「三易」，是指伏羲之《易》、文王之《易》和孔子之《易》；「洞璣」是說璣衡為古人測量天文的儀器。按照《易經》所載歷數以測天文，可以洞悉天地乃至人事之玄機。全書共16卷，其中4~6卷為《文圖經緯》，黃氏對中醫基礎理論的有關論述集中體現在這一部分論述裡。
獨特的見解
明末是理學從巔峰走向衰退的時期，儒家學人消化吸收佛道兩家乃至西洋學術思想，獨樹一幟，頗有建樹。在其當時，黃道周的學術，並不以醫學著名，但是其有關傳統生命科學的認識，特別是有關中醫理論的見解，頗有亮點內容。
關於藏象
藏象學說是研究人體各個臟腑的生理功能、病理變化及其相互關係的學說，是在象數易學的指導下，概括總結而成的，是中醫學理論體系中極其重要的組成部分。《內經》無疑是多個不同時代作者的醫學論文彙編，所以對於藏象的認識，各篇也不盡相同。總括來說，大概有六節藏象、九宮八風藏象和五行藏象等不同內容，其中，取得後來學術主流地位的是五行藏象，其主要內容是肝木、心火、脾土、肺金、腎水的分配方法。《三易洞璣》對此提出了兩種不同的藏象理論來彌補《內經》的不足。
一為「五德三極」模式。也就是說，肺配元氣，為最重要的臟器；心腎配日月，為陰陽太極；胞與清腸合辰星、氣海與溷腸合太白、脾胃合填星、肝膽配歲星、心包和三焦配熒惑。肺的地位和作用非常突出，黃道周認為肺有左右中三蓋與其他各臟器相連貫，又能通達上中下三門（咽門、賁門、會門），所以肺主氣，能夠主導心腎水火和其他臟腑的功能。
二為「河圖洛書藏象」模式。原文大意是陰藏系背，為洛書之象，肺九腎一、肝三脾七，胃五在中，交通衝脈和陰陽維脈，此為五臟。心為五臟之主，都統於膻中。陽腑繫於腹，為河圖之象，鬲、包絡二七在上，胞、膀胱一六在下，小腸、闌門三八在左而交於前，大腸、氣海以四九在右而交於後，此為四腑四房。胃以十治於中央，膽為四腑之主，都統於胞中。在此體系中，心、胃、膽三者作用特別突出。而《內經》以心為五臟六腑之大主，胃為中焦樞機，十一髒取決於膽等，似可佐證相通。
關於經絡和子午流注
在該卷中，作者首先對人體腧穴、解剖部位與天文星象之間進行了一一對照。對於人體骨度、經脈陰陽屬性、絡脈和經別的象數特徵進行了全面的整理，很多內容和傳統中醫學有很大不同。傳統中醫學十二經絡分屬三陰三陽，而黃氏又將其配屬六十花甲和卦象，書中特別重視奇經八脈和星象度量和卦象度量之間的關係，足以見天人合一並非妄談。這一部分的內容極其複雜詳細，乃至於落實到具體的穴位和卦象的對應關係，為歷代中醫古籍所未載。宋代以來論針灸之學，必候四時八風之氣，故有子午流注學說，而黃道周的經絡流注之學，大大超越了子午流注學術內涵，將研究的對象和深度都進行了出人意料的擴展。
關於五運六氣
傳統中醫學利用五運六氣理論及其推論，對疾病進行預測、運籌和評估，產生了系統、複雜的各家學術流派，運氣理論作為象數的根源，歷來受到中醫學研究的高度推崇。與運氣理論標榜其學源自《太始天元冊》，十干化運和十二支化氣來自所謂的「五氣經天圖」不同，黃氏根據自己對於該圖的歲差計算，認為運氣理論的天文學依據是春秋時期，而不可能是黃帝時期的理論。他認為運氣之學出自周禮，由天官所掌管，有嚴格的計算和考察方法，而且中醫學所傳的運氣學說並不吻合實際。他根據自己的研究，闡發了鮮為人知的獨特運氣推步方法。《內經》的運氣理論是主客之間相剋的六步推算法，而黃氏所提倡的易序運氣理論是五步相生的推法。一卦主12日，符合古曆法十月曆的節氣長度，而72卦自然就是864日，這是一個主氣間氣的週期；五運週期是六氣週期的五倍，也就是4320日，稱之為歲運週期；如果再以干支乘倍，暗合太陽和北辰的週期。運氣與人身相合，《內經》依據的是傳統經絡學的理論，以六氣配合三陰三陽經脈，以五運配合五臟。其實這其中暗藏著細微的矛盾。黃道周十分犀利地指出這種理論的不足，提出了六氣之中，不但火有二，其餘五氣也各自有二。火氣不但有相火，還有游火，在五運六氣裡流動不居。黃道周的運氣理論重視對歲、日的觀察。
黃氏運氣理論的推算方法和《內經》相比非常獨特，不但天運的算法不同，年內週期和超年週期都是按照七十二卦來推演，而且人身的象數理論依據也不同。傳統的運氣理論以九星為中心，重視對七政的天文觀察，著重考察日月的運行規律。黃道周的運氣理論在這一點上根本拋棄了《內經》的思想，直接以日（太陽）、歲（木星）二者為陰陽樞紐，此論與現代天文學暗合。
意 義
除了上述內容以外，黃氏《三易洞璣》等書中論述的中醫基礎理論，還涉及三部九侯、脈診、夢診等內容，也有很多創新之處。這些有關中醫理論的論述，不但在明末，乃至在當代也都有重要的啟發意義。
一是在傳統學術體系的基礎上去認識和理解中醫學。中醫學在傳統上被稱為方技，其主要的科學方法就是象數。所謂學究天人，天人合一，是由於天文因素對地球生命系統的決定性影響，明確了首先需要建立天文學的術數系統。這是黃氏所處的時代，傳統中醫學學術範式所決定的研究思路。這一點，啟發我們今天的中醫學界對於傳統學術的繼承，應該自覺補課，特別是應該開展醫易研究，在傳統學術體系的基礎上去認識和理解中醫學。
二是中醫學基礎理論需要去偽存真。黃道周對於中醫學的經典理論描述，具有獨特的視角。根據自己對於天文學和象數的研究，作者認為《黃帝內經》等中醫古籍有不當之處，不能盲從。這和大多數中醫學者自宋以來的遵經學風大有不同。宋人校書，於醫經功過兼有，並且是功大於過。至於後人尊經乃至死於句下，並非前人之過。中醫學的基礎理論的確需要去偽存真，堅持實踐的理性，這啟發我們中醫基礎理論的研究工作應該把醫經放在一個既崇高，需要標榜，又理性，可以修訂的合理的位置上。
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