1、把好水分關
含油類多的藥種水分應控制在8-9%，一般的藥種水分應控制在12-13%。如果數量多，可分期分批進行晾曬，每隔一段時間翻動1次，待種子含水量降到安全線以下後再裝缸入庫。
2、把好純度關
藥材良種要單收、單打、單曬、單獨貯存，確保淨度達到99%以上。貯存時應貼上標籤，標明種子名稱、重量、純度、入庫時間等。要一個容器盛放一個品種。
3、把好存放關
藥種入庫前，要將庫內雜物清理乾淨，然後用10%石灰水消毒，用農藥殺滅害蟲和老鼠。藥種存放要遠離火爐，不能存放在廚房裡，以免煙氣熏蒸。藥種要放入麻袋、編織袋、布袋內，不可用塑料袋包裝貯存。不要將種子與碳酸銨、尿素等氨態氮肥及農藥混存一室。
4、把好溫度關
藥種不宜曝曬，同時切忌在水泥地面和鐵板上曬種，要在傍晚降溫後再入庫。貯存藥種的溫度最好保持在20℃以下。散裝種子應在種子中間插放通風草把。庫內要留出30%的空間，以利通風換氣。室外存放的種子，受凍後不要再轉到暖室內，暖室內的種子也不要突然移到室外。
5、把好濕度關
藥種應存放在乾燥通風處，切忌放在封閉、潮濕的倉庫中，尤其是存放之前，要在地面上用磚頭或者木頭墊高50厘米以上，再將盛藥種的容器依次放上，不能把種袋直接堆放在地面上，並要遠離牆壁30厘米。室外存放的種子，不要讓雨淋濕，以免發生霉爛。此外，在貯藏過程中應經常晾曬，適時通風換氣。
6、把好管理關
貯存期間要定時檢查，檢查的重點是溫度和濕度。入庫初期，每週檢查1次，中期每10天檢查1次，後期每20天檢查1次。發現種子吸潮或溫度過高時，要及時通風降溫散濕，如通風仍不能解決問題時，就必須出庫晾曬至達到安全含水量標準時再入庫。發現害蟲應立即採取有效防治措施。
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