1、農業防治
農業防治是通過調整栽培技術措施防治病蟲害。主要方法如下。
合理輪作和間作 合理輪作可提高藥材的可抗逆力。同科屬中藥材品種不能輪作或連作，如白朮和地黃、甘草和板藍根、丹參和北沙參等，不可輪作。
及時冬耕曬垡 很多病原菌和害蟲在土內越冬。採取冬耕曬垡可破壞害蟲的越冬巢穴，減少越冬病蟲源，使表層土內越冬的害蟲翻進土層深處。一般要求收穫後深耕40厘米，使害蟲不能羽化出土；同時土內病菌經日光照射，也可被殺死達到防病治蟲的目的。
徹底清潔田園 田間雜草是病蟲隱蔽及越冬的場所。清除田園雜草，在前茬作物收穫後要徹底清除田間殘株敗葉，對易感病害的，還要清除殘根，可有效防治病蟲害。
2、生物防治
以蟲治蟲 利用天敵昆蟲，如螳螂、草蛉幼蟲、步行蟲、石蟲椿象、食蚜蠅和各種寄生蜂等。這些天敵對抑制害蟲的密度起了重要作用，要保護這些益蟲，使其順利繁殖，控制害蟲的危害。
以微生物治蟲 利用細菌、真菌、病毒等昆蟲病微生物來防治害蟲，如蘇芸桿菌等各種制劑，都有著很好的防治作用。
利用天敵動物治蟲 有很多動物是害蟲的天敵，如各種蛙類和益鳥都可捕食大量的害蟲。調查研究表明，在一隻蛙的食料中，害蟲占70%以上。要積極保護自然界中的有益動物，進而對它們要加以引誘、繁殖和利用。
3、物理防治
利用溫度、光、電磁波、超聲波及核輻射等方法防治病蟲害，如用溫湯浸種可防治薏苡黑粉病、地黃線蟲病；夜晚採用不同波長和顏色的燈光誘殺黃鳳蝶和天蛾等鱗翅目害蟲的成蟲，均有一定防治效果。
4、化學防治
化學防治是當前對於中藥材病蟲害防治的主要方法，但是如果使用不當，將會造成農藥的殘留、環境的污染和病蟲的抗藥性。化學農藥的使用，能不用的盡量不用；可少量用藥的，盡量少用；能兼治的，盡可能兼治；能用其他防治方法的，盡量用其他防治方法。以減少用藥次數為佳，僅在必須用藥的關鍵時期再用藥。
同時要避開天敵或選擇對天敵較安全的農藥品種，如常用防治絞股藍等藥材的白粉病和防治金銀花等藥材的炭疽病的甲基托布津；防治黨參、延胡索、白芷、白芍等藥材的銹病、葉斑病、霜霉病的百菌清等藥物，在藥材的整個生育期內最多用藥次數不超過4次，最後一次用藥距采收不少於14天。治蟲用的敵百蟲、辛硫磷、溴氰菊酯等各類農藥，在藥材的全生育期內最多用藥次數不可超過3次，最後一次用藥距采收不可少於7天。
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