一、含有毒害作用的肥料
主要是農作物生產中使用最多的尿素。尿素在農作物生產過程中，常生成少量的縮二尿，該物質的含量超過2％，對種子和幼苗就會產生毒害。另外，含氮量高的尿素分子也會透入藥材種子的蛋白質分子結構中，使蛋白質變形，影響種子的發芽。
二、含有害離子的肥料
一類是氯化鉀、氯化銨。此類化肥含有氯離子，施入後會產生水溶性的氯化物，對種子發芽和幼苗的生長不利。另一個類是硝酸銨、硝酸鉀。因含有硝酸根離子，對種子發芽影響很大。
三、含有腐蝕作用的肥料
如碳酸氫銨和過磷酸鈣。若用此類化肥作中藥材栽培時的種肥，對種子的發芽和幼苗都會產生嚴重危害。若土質差，一定要此類肥料，可將其施在溝下或底層，上面覆蓋一層細土後再撒播藥材種子；也可將過磷酸鈣與土雜肥混合均勻後施用。在種植中藥材時應避免此類化肥與藥材種子的幼苗直接接觸。
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