為了保持品種的本性，要經常進行選種。選種有兩種方法，即株選和片選。株選就是選擇植株生長健壯，無病蟲害，不開花，具有本品種特徵的植株作為種株。主要目的是保持其種性，株選要細心根據本品種株型特徵選定植株。第二年將選定植株的球莖進行擴大繁殖，到第三年即可作為大田用種。片選就是在留種田生長期間，淘汰劣株，主要目的是為了第二年就有大田用良種，方法是選生長較整齊一致的大田，進行去雜、去劣，混合采收作第二年大田用種。株選或片選的慈姑采收後，還要選擇一次，去掉過大、過小和不具備本品種形態的球莖。選留良種，應專門建立留種田，實行球莖選、株選、片選相結合。
慈姑作種的球莖播前有3種處理方法：一是以整個球莖作種的，即以完整的球莖播種、育苗，這種方法好處是球莖能在發芽、生根和生長初期，提供所需營養，但不經濟。二是切除球莖2/3，留1/3球莖在頂芽上，這種方法，既可將切下的2/3球莖作為蔬菜食用，又可使幼根、幼芽在發生和生長前期有一定養分供給，要注意的是，必須將切口處洗乾淨，以免病菌侵入。三是用刀直接在芽的基部將頂芽挖下，作為種子育苗，整個球莖全供食用，這種方法，大大地節約了用種量，要注意的是在挖下頂芽時，仍要稍帶點球莖，這樣可以避免使頂芽基部生根和出葉節受到損傷。留種的數量都應以整個球莖作種計算，一般每公頃750～825千克。
貯存慈姑種分為種球和頂芽兩種。頂芽留種貯存，切取時要帶球莖組織，不要光切芽，切好排成薄層在陽光下略曬1～2小時，曬乾表面水分後貯藏。100千克種球可切取頂芽12～15千克。種球貯存要帶泥，不用洗淨。
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