為了提高中藥材種子品質，防治種子病蟲害，打破種子休眠，促進種子萌芽和幼苗健壯成長，中藥材種子在播種前要進行處理。其主要常規處理方法歸納如下：
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一、選種：選取顆粒飽滿、發育完善、不攜帶病蟲卵細菌、生活力強的種子。數量少時可手工選種，數量大時可用風選。
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二、曬種：播種前曬種能促進某些藥材種子的生理後熟，使種子內部新陳代謝，增強種子成活力．提高發芽勢和發芽率，並起到殺菌消毒的作用。曬種一般選晴朗天氣曬2—3天。在水泥地上曬種時，注意不能攤得太薄，以防燙傷種子，一般以5-10厘米為宜。每隔2-3小時翻動一次，使種子受熱均勻。
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三、浸種：用冷水或40℃左右溫水直接浸種，可使種皮老化、透性增強，並能殺死種子內外所帶病菌，防止病害傳播，促使種子快速、整齊地萌發。若浸種時採用一些化學物質直接進行種子處理，可得到更好效果。
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1、用生長激素處理。常用激素有吲哚乙酸、赤黴素等。
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2、在水巾加人微量元素浸種。常用的微量元素有硼、鋅、錳、銅、鉬等。
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3、擦傷和破殼處理：有些藥材種子應堅硬，富含蠟質，不透水，影響種子的萌發。採用人工破殼、搓擦等方法損傷種皮，可增強透性，促進萌發。如杜仲可採用的破翅果，取出種仁直接播種；黃芪、穿心蓮的種子種皮有錯質，可先用細砂磨擦，再用溫水浸種，可顯著提高發芽率。
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4、層積處理：即一層濕砂、一薄層種子、再蓋一層濕砂，再撒一薄層種子，如此重複堆積處理的方法。此法可打破種子休眠，促進後熟和萌發。如芍葯、黃連、銀杏等種子常用層積處理來促進萌芽。
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5、拌種：一般用藥劑拌種，可起到殺菌消毒、促進生長和吸收的作用。如每500克種子加3-4克50％多菌靈拌種，可殺死種子表而及土壤中的病菌，防止納菌猝倒病。此外，採用細菌肥料拌種，可增加土壤巾有益微生物，把土壤和空氣中植物不能直接利用的元素變成植物可吸收的養料，從而促進中藥材的生長發育。現常用的菌肥有根瘤菌劑、固氮菌劑等。
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除以上常用的方法外，還可用射線、超聲波處理藥材種子，有促進發芽、生長旺盛、早熟增產等作用。
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