中藥材采收加工後，必須及時進行科學的包裝、貯藏，才能保持其藥效、質量和價值。否則，若包裝貯藏不當，使其出現蟲蛀、霉爛、變質、揮發和變味等現象，不僅失去藥效，而且用後還會產生毒副作用。
1、含揮發油類藥材的貯藏
如細辛、川芎、白芷、玫瑰花、玳玳花、佛手花、月季花、木香和牛膝等多含揮發油，氣味濃郁芳香，色彩鮮艷，不宜長期暴露在空氣中。因此，此類藥材宜用雙層無毒塑膜袋包裝。袋中放少理石灰明礬、乾燥的鋸木屑、穀殼等物。紮緊後貯藏於乾燥、通風、避光處。
2、果實、種子類藥材的貯藏
如郁李仁、薏苡仁、柏子仁、杏仁、芡實、巴豆、木鱉子和蓮子肉等藥材多含澱粉、脂肪、糖類和蛋白質等成份。若遇高溫則其油易外滲，使藥材表面出現油斑污點，引起變質、酸敗和變味。因此，此類藥材不宜貯藏在高溫場所，更不宜用火烘烤，應放在陶瓷缸、壇、玻璃缸、瓶內或金屬桶等容器內，貯藏於陰涼、乾燥、避光處，可防蟲蛀和霉爛變質。
3、澱粉類藥材的貯藏
如明黨參、北沙參、何首烏、大黃、山藥（淮山）、葛根、澤瀉和貝母等多含澱粉、蛋白質、氨基酸等多種成分。因此，宜用雙層無毒塑膜袋包裝紮緊後放在裝有生石灰或明礬、乾燥鋸木屑、穀殼等物的容器內貯藏，可防蟲蛀、回潮、變質和霉爛。
4、含糖類藥材的貯藏
如白芨、知母、枸杞子、玉竹、黃精、何首烏、地黃、天冬、黨參和玄參等含糖類較高的藥材，易吸潮而糖化發粘，且不易乾燥，致使霉爛變質。因此，這類藥材首先應充分乾燥，然後裝入又層無毒的塑料袋內包好所緊，放在乾燥、通風而又密封的陶瓷缸、壇、罐內，再放些生石灰或明礬、乾燥且新鮮的鋸木屑、穀殼等物覆蓋防潮。
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