人們常說中醫是經驗醫學，的確，中醫的早期是以經驗傳承學術的，到了秦漢時期，中醫就已經積累了豐富的經驗，有了大量的經驗，醫者不得不為自己的經驗提供一種合理的解釋，於是他們把思維的觸角伸向了當時的觀念世界，從中尋求合理的解釋。自從周人「天」的觀念戰勝了殷商的「帝」，中國思想的核心就一直是「天」，以後的各種思想無不在「天」的基礎上建構。「天人合一」成為了中國傳統文化的主旋律，中醫自然也不例外。
千百年來中醫在天人合一的思想指導下，發展出了龐大而且實用的理論體系，於是沒有誰再去追問她的合理性，因為，「天何言哉」，一切都是天經地義的，不言而自明的。
然而，鴉片戰爭改變了一切，「天崩地裂」，已經不再是杞人憂天！……
在明代利瑪竇等傳教士到中國傳教時，其實就已經帶來了西方文明，帶來了「地圓說」、「日心說」。但是，中國始終以天朝上國自居，對夷族文化不屑一顧；但是，在鴉片戰爭的堅船利炮前，天朝上國的優越感被炸得灰飛煙滅。一榮俱榮，西方列強軍事上的勝利，造成了西洋文明的優勝感，中國人不得不重新審諦這個蠻夷文明。一場文化上的侵略在悄悄進行。天文望遠鏡、「日心說」打破了傳統的「天」的觀念，「天」不再是「天圓地方」，中國的思想遭遇到了前所未有的打擊，「天」已經不是原來的「天」了，那麼凡是以「天」為根基的理論，也就失去了天然合理性，中醫自然也不例外。面對西醫格物至精，有條有理，中醫不得不回答自己的合理性是什麼，然而，這在以前是不可能的，也是多餘的。
時勢造英雄，反中醫的領袖應運而生。
余雲岫，一個令多少中醫師咬牙切齒的名字，又是多少西醫推崇備至的名字。但是不管怎樣，余雲岫還是余雲岫，他只是完成了他該完成的歷史使命。余雲岫年輕時，來到日本留學，在日本讀書期間以勤奮好學著稱。在日本，余雲岫看到，明治維新以後，漢醫遭到廢止，西洋醫學得到全面發展，國民身體素質大大增強，他受到了強烈的刺激。余雲岫把在日本學到的西洋醫學和早年學到的中醫兩相對比，發現中醫在理論上相形見絀，發出「長習新醫，服膺名理」的感歎，立志以醫學革命為畢生追求。1916年，余雲岫春風得意地從日本回國，開始了他雄心勃勃的「醫學革命」，革命的第一步就是拿中醫開刀。
余雲岫認為「不殲《內經》，無以絕其禍根」，於是首先撰寫了《靈素商兌》，意在「墮其首都也，塞其本源也」，成為全面批判和否定中醫的開山之作。他認為 「靈素之淵源，實在巫祝」，是占星術和「不科學的玄學」，「中醫無明確之實驗，無鞏固之證據……不問真相是非合不合也。」而中醫的一切臨床效果都應「歸納到『幸中偶合』四個大字裡」。
1929年2月23日至26日，南京政府衛生部召開了第一屆中央衛生委員會，余雲岫以中華民國醫藥學會上海分會會長的身份參加了會議。會議討論《廢止舊醫以掃除醫事衛生障礙案》(余雲岫提出)、《統一醫士登錄辦法》、《限定中醫登記年限》、《擬請規定限制中醫生及中藥材之辦法案》共四個廢止中醫提案。這四個提案最後合併為《規定舊醫登記案原則》，分三項：「甲：舊醫登記限至民國十九年底為止。乙：禁止舊醫學校。丙：其餘如取締新聞雜誌等非科學醫之宣傳品及登報介紹舊醫等事由，衛生部盡力相機進行。」這就是近代史上著名的「廢止中醫案」。雖然以上四案合併為一，實際上是用余雲岫提案概括了其他三案。余雲岫提出消滅中醫的四點理由是：（1）中醫理論（陰陽、五行、六氣、臟腑、經脈等）皆屬荒唐怪誕；（2）中醫脈法出於緯侯之學，自欺欺人；（3）中醫無能預防疫癘；（4）中醫病原學說阻遏科學化。
余雲岫 余雲岫《靈素商兌》
在《規定舊醫登記案原則》中，儘管沒有立即禁絕中醫，但通過限制中醫登記，聽任年老中醫老死，不准辦學而使中醫界後繼無人，以達到中醫自然消亡之目的，實際上採取了釜底抽薪的辦法。如果該案得到實施，那麼中醫的滅亡，就只是時間的問題了。所以此案一出，醫界鼎沸，社會震動，立即爆發了中醫近代史上規模浩大的抗爭風潮。數日之內全國各地中醫藥團、藥商團體、全國商會聯合會等團體質問南京政府的函電不可勝數。香港、菲律賓、新加坡等海外中醫藥團體也紛紛來電請願。面對國內外中醫界和各界人士的強烈反對，國民政府為了息事寧人，不得不取消廢止中醫提案。
然而，取消廢止中醫提案並沒有從根本上說明中醫的合理性，余雲岫為代表的西醫廢止舊醫的最重要理由，就是中醫不合近代科學。在科學主義肆虐的時代洪流中，只要沒有從根本上論證中醫理論的科學性、合理性，中醫就一天無法擺脫人們的質疑，中醫的生存危機便難以得到根本消除。這也是為什麼多年來「中醫不科學」的聲音不絕於耳的原因。
余雲岫等人以極端的方式指出了中醫的問題，但是問題的解決絕不應當是消滅中醫，中醫幾千年來一直佑護著中華兒女，在無數的與病魔作鬥爭的成功事實中，毫無疑問，必然蘊含著深邃的真理。鳳凰在烈火中重生，中醫經歷了懷疑與誹謗，目前已經面對前所未有的機遇與困境，科技的高度發達使得中醫深邃理論的現代詮釋成為可能，同時也時時面對著被最終宣判死刑的危機。中醫作為整個中華民族的寶貴遺產，如果要得到繼承，那麼用現代語言、現代科學的方式進行闡釋，已是當務之急。
「何方圓之能同兮，夫孰異道而相安」，中醫呼喚自己的理論家！
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