清胃散方出自李東垣的《脾胃論》，原方組成：「真生地黃、當歸身（以上各三分），牡丹皮（半錢），黃連（揀淨,六分，如黃連不好更加二分，如夏月倍之，大抵黃連臨時增減無定），升麻（一錢）。右為細末，都作一服，水一盞半，煎至七分，去柤，放冷服之。」用於治療「因服補胃熱藥而致上下牙痛不可忍，牽引頭腦滿熱，發大痛（《蘭室秘藏》為「牽引頭腦，滿面發熱，大痛」），此足陽明別絡入腦也。喜寒惡熱，此陽明經中熱盛而作也。」《蘭室秘藏》和《東垣試效方》中都載有該方。
李東垣書中未言何藥為君。「為君者最多」，從原方用量上看，升麻用至一錢，用量最大。吳昆在《醫方考》中對每味藥的分析為：「升麻能清胃，黃連能瀉心，丹皮、生地能涼血。乃當歸者，所以益陰，使陽不得獨亢爾。」方名清胃散，方中升麻清胃，量獨大，似可為君藥。但，升麻 「氣平。味苦甘。微苦微寒。」（《湯液本草》）似不足以為清胃之主藥。
有以生地黃為君藥者。《古今名醫方論》中，羅美明確指出：「方中以生地涼血為君；佐以牡丹皮，去蒸而疏其滯；以黃連徹熱燥濕為臣，和之以當歸，辛散而循其經；仍用升麻之辛涼升舉，以騰本經之清氣……」當代醫家焦樹德在《方劑心得十講》中也認為「方中以生地涼血益陰為主藥。」但《湯液本草》中對生地黃是這樣認識的：「《象》云：涼血補血，補腎水真陰不足。此藥大寒，宜斟酌用之，恐損胃氣。」「東垣云：生地黃治手足心熱及心熱，入手足少陰、手足厥陰，能益腎水而治血。」生地黃不入陽明經，也不足以為君藥。
李疇人在《醫方概要》中指出「此方全籍石膏之平胃熱，乃生地、丹皮得力……」但石膏並非原方中固有，只是《醫方集解》中提到「一方加石膏」。臨證中重用石膏、以石膏為君藥，取效也多，但已屬清胃散的變方，並非原方本意。
方書中有認為黃連為君者。汪昂在《醫方集解》中指出：「此足陽明藥也。黃連瀉心火，亦瀉脾火，脾為心子，而與胃相表裡者也。」似以黃連為君。初讀這段文字，黃連瀉脾，有所不解。後讀《湯液本草》，見有如下論述：「（黃連）《液》云：入手少陰，苦燥，故入心，火就燥也。然瀉心其實瀉脾也，為子能令母實，實則瀉其子。」始知汪氏有所本。只是強分脾與胃似有牽強，不知李東垣常以脾和胃互稱，此處瀉脾實指瀉土。
黃連為方中君藥，當為李東垣立方之本意。李東垣在《脾胃論》中對「君臣佐使法」有過論述，基本觀點為「主病者為君，佐君者為臣，應臣者為使。一法，力大者為君。」「君藥分兩最多，臣藥次之……」王好古在《湯液本草》中錄有「東垣先生《用藥心法》」，「心法」中提到「主病者為君。……治中焦熱，黃連為君。」黃連清胃瀉火，治胃火牙痛，為主病者，為方中君藥順理成章。當然，黃連大苦大寒，也屬「力大者」。至於「分兩」，原方中黃連僅用六分，似較升麻一錢為少，但方中有「如黃連不好更加二分，如夏月倍之，大抵黃連臨時增減無定」之說。如「夏月倍之」則黃連當然為方中用量最大者。考清胃散所治胃火牙痛，四季皆可見，但以夏月（及其前後）天熱時較為多見。原方主治病症為「因服補胃熱藥」所致，而「服補胃熱藥」以天涼之秋冬季節多見，故東垣原方僅用六分或為「隨時用藥」之列。
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