針灸理論在繼續發展。晉朝時皇甫謐類集黃帝三經——《靈樞》、《素問》、《黃帝明堂經》而編成《針灸甲乙經》，成為最早的針灸學專著，也成為黃帝針派之正脈。另一方面，針灸名醫諸家也不斷總結前人和自己的臨證經驗，新的「明堂」著作（如《扁鵲針灸經》、《華佗針灸經》、《龍銜素針經》、《金騰灸經》、《釋僧匡針灸經》等）不斷問世。這些腧穴著作在定位、歸經、主治以及刺灸方法上均有不同特點而各自成一家之言。
針灸治療方面，有倡導「針不可灸」、「針灸並用」，更有「針可以殺生人，不可起死人」而棄針言灸者。就針刺而言，又有「火針」與「白針」並舉，「氣針」與「血針」並重；而灸療方面，則出現了隔蒜、隔鹽等多種隔物灸，灸法得到很大地發展；另外，這一時期，在某些專病如癆病、黃病、癲狂的針灸治療上有較大進展，出現了針灸治療專病的專書或專篇。
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