木香味辛，苦，性溫，屬理氣藥範疇。木香能行腸胃滯氣，疏肝開郁，和胃健脾。是常用的行氣藥。氣行則痛定，故可治一切冷氣滯塞疼痛。
木香偏於行腸胃系統的滯氣。常用於腸胃氣滯而引致的胃脘痛，胃脘脹悶，脘膈間脹悶多噯、腹脹等症。可配合藿香，香附、良姜，檳榔、砂仁、草蔻、丁香等同用。兼有脅痛的，可加炒川楝子、枳殼，青皮等。本品又有芳香化濕的作用。對於腸胃氣滯，濕停不化所致的嘔吐，腹痛，瀉洩等也常以本品配合藿香、佩蘭、竹茹，半夏、茯苓、灶心土、木瓜，黃柏，黃連等同用。
木香配黃連，名香連丸，是治療痢疾的常用方。以木香行腸胃滯氣而除裡急後重，兼能芳香化濕，黃連燥濕清熱，涼血解毒而止大便膿血。故對腸胃濕熱積滯所致的痢疾，效果很好。臨床上常以香連丸方隨證加減，用於治療各種痢疾。例如濕重者可加茯苓，苡米，蒼朮、車前子，熱重者可加黃芩、黃柏、白頭翁、馬齒莧，食滯者可加焦三仙，檳榔、炒內金，有表症者可加葛根、荊芥，有寒者可加吳萸、肉桂，乾薑，腹痛重或大便膿血多者，可加白芍(重用)、當歸等等。
木香配砂仁可治脘腹痞滿，配檳榔可除裡急後重，配萊菔子可治腹脹，配小茴香可治疝痛；配烏藥可治小腹部氣逆作痛。
砂仁行氣偏用於和中消食除痞悶，兼能引氣歸腎。木香行氣偏用於行腸胃滯氣而消腹脹，兼能燥濕治洩、實大腸。檳榔破氣去滯消食，其性降，兼治腳氣。木香行氣消脹和腸胃，其性燥，兼能治痢。
烏藥偏用於順膀腎逆氣(小腹部氣脹、氣痛)木香可用於治衝脈逆氣裡急(從小腹兩側至臍旁的部位逆氣攻沖作痛)。
入行氣藥時，宜用生木香，入治洩，實大腸藥時，宜用煨木香(用紙襄煨過)。
補藥中，少佐一些木香，可以免除滋膩，呆滯的弊病而增強治療效果。例如香砂六君湯。歸脾湯中都用了一些木香。
用量一般為三分至三錢。特殊需要時也可用至四錢。
肺虛有熱、血分燥熱，及虛火上衝者均忌用。
據近代研究報導，木香對副傷寒桿菌及一些致病性黴菌有抑製作用，並對膽絞痛時的脘腹脹痛、逆氣攻痛等有效。
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