百合病蟲害發生的種類較多，但對百合收成有影響的主要是百合枯萎病、灰霉病、葉枯病、病毒病、根腐病、蚜蟲、地老虎、螻蛄等，其中危害損失最嚴重的是百合枯萎病和百合灰霉病。
病蟲防治原則：預防為主，綜合防治。對百合生產威脅最大的是百合枯萎病和灰霉病。尤其是百合枯萎病，一定要從輪作、選種、消毒等環節入手做好預防工作，以農業防治為主。當百合枯萎病剛剛刀：始表現症狀時，立即用對路藥劑刀：展防治，防效也只有70-80%，加之其發生為害時正是4-5月多雨水季節，又不利開展藥劑防治，所以做好預防工作在無公害栽培技術中顯得極為重要。同時，還應該選擇高效、低毒、低殘留農藥，切實按照農藥安全間隔期使用。
1、枯萎病
是一種真菌性的土傳病害，由尖孢鐮刀菌和茄腐皮鐮刀菌侵染所致，以尖孢鐮刀菌分離頻率和致病率最高，為主要病原菌。
枯萎病發生的過程為：最初底部葉片變黃，莖頂端變淺紫色，輕度彎曲；其次病株底部葉片枯黃或枯萎四分之一至一半，莖上部變紫彎曲；再次病株葉片枯萎一半以上，莖上部嚴重彎曲；最後全株表現症狀，整株枯死，鱗莖盤變褐腐爛。
防治方法：在百合枯萎病剛剛開始表現症狀時，立即用綠亨一號5克對水10-15公斤或5%菌毒清水劑300倍液，或50%甲霜銅可濕性粉劑400倍液，或60%百菌通可濕性粉劑500倍液，均應每株灌藥液200-250毫升，不能太少，也不宜過多。每隔5-7天續灌1次，視病情輕重續灌2-4次。
2、灰霉病
是百合栽培生產中常見的病害，主要危害葉片，也侵染莖、花等，葉片上最初出現圓形或橢圓形的病斑，大小不一，周圍呈紅褐色，內部呈灰白色，病菌在為害部位(表面)密生灰色霉層，通過風雨、氣流傳播。一般在4-5月開始發病，遇高溫、高濕天氣迅速蔓延危害。病菌生長適宜的環境條件：喜潮濕，溫度為20-25℃，病菌在被害部越冬。
防治方法：可選用1：1：100的波爾多液，或86．2%銅大師或53．8%可殺得1000倍液噴霧，隔7-10天噴1次，連續噴藥2-3次，藥劑要交替使用，噴霧要均勻透徹。
3、葉枯病
也是百合栽培的常見病害，病害最初的症狀是葉片上出現紅棕色的小斑點後，斑點發展連成橢圓形，病斑中央變成黃褐色，嚴重的擴展至整個葉片，壞死部位在天氣潮濕時可形成黃色的暈環，龍牙百合老葉片上的病斑有時出現黃色的斑紋。
防治方法：發病初期噴1：1：100的波爾多液或65%的代森鋅600倍液，或50%多菌靈800倍液。
4、病毒病
以葉片出現症狀最為常見，一般葉片縮小變斜，葉正面出現大小不規則圓形斑紋，葉片密生；病株明顯矮小，花蕾畸形，色澤變淡，被害嚴重的鱗莖變小。
防治方法：噴藥除蚜蟲，可畝用10-20克高興龍大功臣或蚜虱通殺10-20克，或一遍淨20克，或撲虱蚜20-30克對水40公斤均勻噴霧。
5、根腐病
最初表現為植株下部葉片死亡，而後向上發展，造成上部葉片乃至莖稈死亡。症狀表現為根淡棕色，部分根腐爛，嚴重時造成整個鱗莖腐爛，當鱗莖腐爛後，引起莖根腐爛。
防治方法：發病初期可用50%代森銨200液或70%百菌清500倍液灌根，每株灌液200升，隔7-10天重複灌2-3次。
6、蚜蟲
主要是危害百合的嫩葉、莖稈，特別是葉片展開時，蚜蟲寄生在葉片上，吸取汁液，引起百合植株萎縮，生長不良，花蕾畸形；同時還傳播病毒，造成植株感病。
防治方法與防治病毒病相同。
7、其他病蟲害
主要是地老虎、螻蛄啃食幼苗(莖)、螞蟻、蚯蚓、線蟲等為害地下鱗莖及鱗莖盤，造成根腐死苗。
防治方法：１種植前、在定植溝(穴)中畝撒施生石灰30-50公斤。２種植前一定要清除雜草，使用農家肥必須充分腐熟。３用茶枯或少量桐枯放到種球根部。４用敵敵畏500-600倍液澆灌根部，防治螻蛄和地老虎。
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