1、選藥要准，板藍根屬雙子葉植物，不同種類的植物對除草劑有不同的標準和要求，務必要注意專藥專用，以防殺死藥苗。
2、由於草藥對農藥殘留要求比較高，因此最好選擇芽前除草劑，盡可能控制在施藥的最佳時期，或者選擇草藥藥苗長到6厘米左右進行噴施，盡可能減少農藥殘留。
3、濃度要低，板藍根葉片平展，角質層和蠟質層薄，接觸到藥劑容易受害。因此，除草劑濃度不宜過高，一般取常用量的下限即可。嚴格掌握限用劑量。除草劑使用應根據具體土質、考慮農田小氣候，嚴格按藥品說明規定的劑量範圍、用藥濃度、用藥量使用。
4、合理混用藥劑。在使用混合藥劑的時候要嚴格參考藥品說明書，並按照相關噴施技術要領科學噴施。如果條件允許的話，應事先做好試驗，另外，不可以貿然將同種藥效的藥品復合使用，如殺草丹和敵稗混合劑除草功效比各單劑除草功效的總和要大，使用時要降低混合劑藥量(一般在各單劑藥量的一半以內)，嚴格監測施藥後的反應，絕對保證藥材的安全。
板藍根種植過程中對雜草的處理應合理選擇相關農業措施，根據當地條件，合理輪作，避免與十字花科作物連作。在進行人工除草時，應結合播前、播後苗前和苗後的田間管理，進行人工除草。在條件允許的情況下，盡可能減少化學除草，考慮到板藍根植株的安全性及質量，應盡量禁止使用化學除草劑除草。
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