土壤是中藥材生長的基礎和場所，其環境質量是中藥材GAP生產的先決條件。現代中藥材生產必須充分重視地理環境、農業生態條件對產量品質的綜合影響，以中藥材GAP為核心指導，走中藥材GAP基地建設的道路，以確保中藥材質量的平衡穩定。
土壤環境質量指標是土壤和作物污染程度的硬性指標，包括地質、地貌、氣候、水質、土壤、植被、工農業結構各生態因子及其相關因素，其中土壤背景值和土壤環境容量是土壤環境質量評價和監測的重要依據。
地質狀況與GAP
中藥材具有地域性特點，講求道地性。地質、氣候及生物等各因子組合的「地質背景系統(GBS)」制約著中藥材的分佈、生長發育及其產量和品質，也就是說中藥材有效成分的形成和積累與地質背景系統有著密切關係，這是道地藥材具有較強地域性的本質。究其原因，土壤是以母質為基礎的，在氣候、生物等作用下，不斷地同外界進行著物質、能量、信息的交流，即通過「岩石(母質)-土壤-中藥材」系統，將物質、能量、信息流(如礦質元素、地下水、地熱等)，源源不斷地傳遞給中藥材，這從某種角度決定了中藥材的種類、地域分佈和內在成分含量。因此，中藥材的GAP生產首先必須考慮的就是地質狀況對中藥材的產地制約，必須遵循「產地區劃，講求道地」的原則。
地形地貌與GAP
中藥材主要分佈於山區、丘陵、平原等大陸地貌類型中，海拔高度、坡度、坡向及地形地貌等影響著中藥材的分佈、生長發育。因為地形引起母質在地表進行再分配，進而引起光、熱、水在母質和土壤中的再分配，各因子的綜合作用，導致中藥材隨土壤呈現出緯度、經度、垂直地帶性的「三向地帶性」結合規律。中藥材栽培在選擇合適的地勢類型的基礎上，必須遵循「三向地帶性」結合規律，在考慮經緯度、海拔的基礎上進行引種馴化，擴大資源的再生繁衍，增強其產量品質。
氣候因素與GAP
光、熱、水、氣是構成氣候條件的主要因子，它們決定了成土過程的水熱條件，是土壤環境系統中的重要因素，而且與中藥材生長發育唇齒相關。
光照是中藥材進行光合作用不可缺少的條件，不同類型的中藥材對光照的要求不同，根據對光照時間長短和生長發育所需日光量的不同，中藥材可分為陰生植物(如人參、細辛、黃精等)、陽生植物(如地黃、薏苡等)和中生植物；同時，中藥材個體的生長發育時期不同，光照強度對其影響亦不相同。在造地、間作、套作時，對植物種類的選擇和搭配以及間苗、整枝、合理密植等都要適應植物對光強度的要求。
溫度是干擾中藥材生產的最重要的環境因子，對土壤的發育主要表現在土壤風化作用上。植物的生長發育與溫度存在最低、最適、最高溫度「三基點」有著密切關聯，植物的發育階段不同，對溫度「三基點」的要求也不盡相同，這是植物進化過程中對溫度形成多樣化適應的結果。
水是中藥材生命活動過程中不可缺少的環境條件。從生物化學、生物物理學水平來說，水在生命系統中對有機體的熱量平衡有著重要作用；從植物生態學水平來說，水對氣候類型的形成與穩定起著重要作用。水分在植物體內含量最重，土壤水是植物根部吸收水分的主要源泉。不同植物對水分的需要量不同，這決定了物種的分佈範圍。根據中藥材對水分的適應能力和適應方式，一般將其分為旱生、濕生、中生、水生等不同種類，這是它們對水條件長期適應的結果。尤其值得提醒的是，水質的好壞和污染程度直接影響藥用植物產品的品質，因此，中藥材GAP生產過程中，對水質的要求(包括灌溉水)均應有其規範的標準，如灌溉水質執行農田灌溉水質量標準GB 5084-92等。
大氣由乾淨空氣、水氣和各種懸浮的固態雜質微粒組成，是環境的重要組成要素，為維持一切生命活動所必需。大氣的質量好壞，對整個生態系統及中藥材品質直接帶來影響。氧和氮是地球一切生物呼吸和製造營養的源泉，中藥材必須在通氣良好的土壤中生長；CO2對植物光合效應影響巨大；但污染的空氣(尤其是工業「廢氣」)對中藥材品質則會產生嚴重危害。因此，在中藥材GAP生產中，空氣環境質量須執行一定的標準規範，如「大氣環境」質量標準GB133095-82等。
土壤生態因子與GAP
中藥材栽培生產除了要求土壤能提供良好的生根立足條件外，還要求土壤提供充足的營養、水分和空氣(即土壤肥力)。品質純正、質量穩定的中藥材原料需要未受重金屬和農藥等污染的土壤條件。土壤質地、土壤有機質、土壤營養、土壤水分、土壤酸鹼度、土壤空氣及土壤微生物等均影響土壤肥力及中藥材生長發育和產量品質，土壤污染程度是中藥材品質好壞的重要影響因素，中藥材GAP生產要求的土壤環境質量須有一定的規範標準，如執行GB15618-1995。
土壤質地是土壤中大小不同的土粒組合比例，按砂、粉、粘粒的組成比例，可將土壤分為砂土、壤土及粘土類。不同中藥材要求的土壤類型均有較大的差異，一般保水保肥力強、疏鬆、團粒結構優良的砂壤土均能適應大多數中藥材的生長要求。
土壤有機質是中藥材和微生物的養料源泉，也是土壤肥瘦好壞的重要標誌之一，它在改良土壤結構，提高土壤肥力，充分協調水、熱、氣關係起著巨大作用。
土壤水分是土壤肥力的重要成分，是中藥材生長發育所需水分最重要的來源。
土壤酸鹼度(即「土壤反應」)對土壤肥力及植物生長影響很大，大多數中藥材喜在中性或微酸、微度域值。故中藥材栽培中應注意土壤酸鹼度並積極採取措施加以調控以適應中藥材生長及質量的要求。
土壤營養(氮、磷、鉀、微量元素、有機質等)是供中藥材生長發育的「糧食」，是創造優質高產中藥材必需的物質條件之一。植物的生長發育所需的營養均有其營養元素的平衡問題，土壤營養元素除碳、氫、氧來自大氣外，其餘元素基本上都來自土壤，而施肥和土壤自身的營養富集是土壤營養的重要來源。因此，合理施肥是中藥材產量水平的關鍵，高品位施肥是中藥材產品質量的重要保證。進行中藥材GAP產品生產時，結合中藥材生長發育規律和土壤營養的實際水平，尋求最佳的施肥模式，是中藥材能達到「高效優質豐產」的重要措施。
土壤微生物、土壤有機質或土壤腐殖質是土壤肥力水平的重要體現因素。有些中藥材必須借助土壤微生物的共生才能生長發育，同時土壤微生物又是土壤有機質的分解動力，這均為中藥材的生長發育提供了優良的土壤環境條件。
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