一、把好水分關。貯藏前選擇晴天反覆晾曬，使含油類多的藥種水分控制在8%～9%，一般的藥種水分控制在12%～13%。
二、把好純度關。藥材良種要單收、單打、單曬、單獨儲存。晾曬時要單場晾曬，不要與其他品種同曬一場，以防混雜。結合晾曬，徹底清除其中的莖、葉、雜草、泥沙及秕籽、蟲破籽、霉變籽等雜物。貯存庫房間應常規消毒，嚴防藥種受到污染。貯存時標上標籤，標明種子名稱、重量、純度、入庫時間等。
三、把好存放關。藥種儲存量大時，要選擇清潔、乾燥、隔熱、通風、防潮條件好的專庫儲存。藥種入庫前，將庫內其他種子、垃圾等雜物清理乾淨，用10%石灰水消毒，用農藥殺滅庫內害蟲和老鼠。藥種存放要遠離火爐，也不能在粉坊、油坊等場所存放，可在存放其他糧食品種、棉花種子、農具等物的庫房內設專位存放。藥種用麻袋包裝。不要將種子與碳酸銨、尿素等氨態氮肥或農藥混存一室。
四、把好溫度關。藥種不宜暴曬過度，切忌在水泥地面和鐵板上曬種。晾曬過的種子，在傍晚降溫後入庫。貯存藥種的倉庫溫度保持在20℃以下，散裝種子應在種子中間插放通風草把。
五、把好濕度關。藥種應存放在乾燥通風處。地面上用磚頭或圓木等墊高50厘米以上，將成藥種的容器依次放上。不能把種袋直接放在地面上，並要遠離牆壁30厘米，避免潮濕。種子貯藏過程中應經常晾曬，適時通風換氣。
六、把好防鼠防蟲關。貯存的種子如數量不大，可選用水泥缸、瓷缸貯藏。貯存期間，定期檢查。如發現害蟲，每200千克種用磷化鋁1片，用布包好，放入種袋內，密封7天即可。也可用菊酯類殺蟲劑噴霧，或在種子裝袋時每袋放入1～2粒磷化鋁顆粒。
七、把好管理關。儲存期間重點檢查溫度和濕度。入庫初期，每週檢查1次，中期每10天檢查1次，後期每20天檢查1次。發現種子吸潮或溫度過高時，及時通風防濕散濕。如不能解決問題，必須出庫晾曬，達到含水量標準時再入庫。整個儲存期間注意防火。
如果無庫房條件，種子於室外露天存放，地面圍好塑料布，用繩子綁結實，壓住四角，防止雨雪淋濕及大風吹壞。
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