優良的種子、種苗是中藥材質量優質穩定的基礎，中藥材良種的選育、繁育、使用是中藥材規範化生產的「源頭工程」，我國中藥材種子種苗的繁育、使用還處於相對落後的階段，大部分農戶是『自繁自育』或交換使用，嚴重制約了中藥材GAP的發展。
由於我國中藥材品種選育工作落後，中藥材種子種苗生產經營體系尚未建立。優良品種是藥材質量穩定的基礎，只要種質混雜的問題存在，藥材質量穩定問題就不可能得到有效解決。據統計，我國人工栽培的中藥材近200種，培育出優良品種並在生產上推廣應用的藥材種類不足10%。雖然我國對中藥材種質資源的收集評價的研究工作日漸增多，但以選育優良和推廣應用為目標的研究較少，針對性不強。由於新品種選育滯後，我國中藥材種子種苗的繁育基本還處於農戶「自繁自用」階段，在市場上少量流通的種子，既沒有質量標準，也沒有有關部門的鑒定。對藥材產量提高和質量改善很難保證，品質性狀遺傳研究幾乎空白。
近年來涉及藥材種子質量問題的事件特別多。截至目前，我國沒有制定專門針對中藥材種子的管理條例或辦法，也沒有明確的管理機構；在中藥材新品種審定或認定方面，沒有相應的組織或辦法，品種隨意使用。可以自行生產，任意經營，質量及產量退化嚴重。種植戶權益得不到切實保護。
目前我國中藥材生產還處與初級原始階段，農業部門和醫藥系統還沒有統一的管理職能。老版《中國藥典》中很多中藥材指標的制定比較落後，仍停留在顏色、氣味、外觀性狀、顯微特徵等較落後的評價指標，很多連成分指標都沒有。沒有國家級標準，就無法評價品種的優劣，也沒有選育優良中藥材種子種苗的基礎。菏澤華海航天育種有限公司制定科學的育種計劃，由主管部門牽頭，加大投入，分層次分步驟地研究那些栽培歷史悠久、地域特徵明確和栽培區域廣泛、已有優良農家品種、大量使用的重點藥材，要大量栽種歷史短，野生變家種的品種。凡是能夠人工種植的都分期計劃、加快研究。成熟一個，鑒定一個；規範一個，推廣一個。取得良好的經濟效益和社會效益。
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