貯藏中藥材一定要與其他樹木、蔬菜、糧食和草種分開存放，避免混雜。在貯存前，要徹底清除其雜草和泥土等雜質。貯存房間要進行常規消毒，嚴防藥種受到污染。
控制好水分。含油類多的藥材種子水分要控制在8~9％，一般種子水分應控制在12~13％，因為水分過高種子容易霉變。
貯藏中藥材種子的環境最佳溫度應控制在10℃左右，溫度過高，種子呼吸旺盛，將消耗自身貯藏的營養，降低發芽率。
用磚木墊高，在離地50厘米以上的地方貯藏中藥種子，不可直接把中藥種子放在地面上，以免受潮而影響發芽率。貯藏室要注意通風換氣。
千萬不要用塑料袋密封中藥材種子。因為塑料不透氣，種子被迫進行無氧呼吸，會產生酒精和有機酸等有毒物質 ，失去發芽率。
不要把中藥材種子與農藥、化肥一齊存放，不可受到煙氣熏蒸。
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