植保工作在中藥材全年管理中起著舉足輕重的作用，病蟲害猖獗與否直接影響著藥材的產量和質量，選擇良藥和適期防治是其成敗的關鍵。做到了良藥選擇和適期防治，可以起到事半功倍的效果，忽視了它將遺誤戰機，前功盡棄，造成巨大損失。
1、根部病害（含根腐病、莖腐病、黃枯萎病、青枯病、猝倒病、白絹病、菌核病等）。
根部病害是藥材最主要的病害，易感病品種依次為：白朮、南星、黃芪、半夏、荊芥、山藥、生地、川芎、北沙參、丹參、桔梗、菊花、遠志、防風、白芷、牛膝、柴胡、毛知母、黃芩、瓜樓、附子等。
防治根病特效藥為：40%枯黃回春、甲基立枯磷、萎康靈、枯黃120、申秦黴素、藥材專家、白朮秘方、藥材必治、不死苗、四特靈、703剋威、枯黃急救等。土壤處理消毒劑有：藥材地康、五硝多菌靈。生物類菌劑：大地回春、重茬剋星。
根病被稱為植物的癌症。由於長期單一用藥，病菌已產生抗性，防治效果不佳，應用時要選擇含2種以上殺菌成份的藥劑混合使用。選用新型特效藥，淘汰防效差的老牌殺菌劑，加大用藥量，重點根莖部著藥，必要時灌根處理。土壤板結透氣性差、低溫高濕、高溫高濕是其發病的主要因素。務必加強雨後防治工作。莖腐病防治適期為各種藥材的苗期、發病初期；根腐病為全生育期；猝倒病為暴雨後驟晴時；黃枯萎病為中後期。根病綜合防治措施：選排水良好的沙壤土種植，選禾本科作物為前茬，不重茬，防止土壤積水，多中耕，增施磷、鉀肥，種子土壤殺菌消毒，發病初期及時噴特效藥防治，做到無病早防、有病早治。
2、葉斑病（含斑枯病、褐斑病、灰斑病、黑斑病、葉枯病等）。
葉斑病是藥材莖葉的主要病害，發生廣、危害重。易感病品種：白朮、生地、牛膝、南星、丹參、白芷、防風、板藍根、桔梗、柴胡、蘇葉、射干、黃芩、紫苑、荊芥、蒲公英、薄荷、瞿麥、紅花、雞冠花、菊花、金銀花、半夏、毛知母、山藥、川芎、雲木香、甘草、元參、附子、枸杞等。
防治葉斑病的特效藥：斑擊、錳鋅烯唑醇、多抗黴素、苯醚甲環唑、丙環唑、戊唑醇、80%代森錳鋅、波爾多液等及 其成份復配劑。
防治葉斑病應於發病初期和雨後及時噴藥，著重噴中下部莖葉，上下打透，不留死角。
3、霜霉病：南星、附子、板藍根、蒲公英、桔梗、菊花為易感病品種。近年來選出的特效藥有：西安美邦48%甲霜靈錳鋅、48%瑞毒錳鋅、霜怕（80%烯酰嗎林）、金霜疫（苯塞菌胺 烯酰嗎林）、氟嗎林、異菌尿。氣溫較低、濕度大、多雨季節、大霧天、露水大時極易發病。噴藥時應均勻周到、雨後必噴。發病初期連續防治1-2次，控制住病情發展。
4、疫病：主要危害北沙參。特效藥同「霜霉病」。雨後高溫高濕、光照不足、通風不良有利病害發生。發病初期重點噴中下部莖葉。
5、白粉病：易感病品種：防風、黃芪、枸杞、芍葯、板藍根、甘草、蒲公英、黃芩、荊芥、附子、當歸、川芎、金銀花。防治時選用乙嘧酚、醚菌酯、戊唑醇、已唑醇、丙環唑、苯醚甲環唑、腈菌唑、氟硅唑等特效藥。植株過密田間高溫高濕有利病害流行。採用全株噴淋式防治法，噴勻噴細不漏噴。混合用藥、交替用藥，防止產生抗藥性。
6、銹病：貝母、甘草、北沙參、射干、黃芪、白芍、黨參、紫苑、菊花、蘇葉、薄荷發病最重。特效藥：醚菌酯、丙環唑、腈菌唑、烯唑醇、三唑酮乳油。
7、炭疽病：主要危害山藥、南星、枸杞、紅花、半夏、薄荷。咪鮮胺、炭特靈、戊唑醇、丙環唑、氟硅唑、波爾多液為特效藥。
8、輪紋病：生地、元參、芍葯、桔梗、大黃易感病。特效藥：氟硅唑、氯溴異氰尿酸、80%代森錳鋅、70%甲基托布津、波爾多液。
9、花葉病：北沙參、生地、白朮多發生。鹽酸金剛乙胺、鹽酸金剛烷胺、氨基寡糖素、嗎林瓜乙酸銅、三氮唑核甘特效。注意防治蚜蟲、白粉虱，發病初期連續防治2-3次，及時控制擴展是關鍵。
10、枸杞癭螨：目前發現為危害枸杞。可選用阿維菌素、達螨靈、石硫合劑於枸杞芽尖露綠越冬成蟲出蜇期、5月下旬至6月上旬枸杞展葉成螨產卵期和10月份成螨越冬期，三個出癭成螨外露期防治。
11、鑽心蟲：北沙參、白芷、川芎、防風、當歸、附子、射干、菊花、瓜樓、薏苡受害最重。可於北沙參種子田孕蕾期、6月20日至6月25日、7月20日左右三、四代卵孵化盛期噴藥防治。選用專殺鑽心蟲（三唑磷 氟蟲腈）、甲維鹽、甲維氟鈴尿、「抗寬」類防治。其它藥材鑽心蟲在卵孵化後未鑽蛀前防治。
12、菊花癭蚊：只危害祁菊。選吡林滅多威、乙酰甲胺磷、甲維鹽等內吸高滲性藥最好。祁菊現蕾期危害嚴重，必須加強防治。
13、斑潛蠅：紅花、菊花、白朮、南星、板藍根葉片上常見蟲斑。用阿維菌素、滅蠅胺防治。
14、根結線蟲：對山藥、北沙參、丹參、白朮、瓜樓、黃芪的危害逐年加重。土壤處理採用阿維菌素、阿維克線丹、線淨、菌線威。用菌線力克或阿維菌素灌根。無線D莖葉噴霧防治。
15、紅白蜘蛛：危害所有藥材。但以北沙參、南星種子田、柴胡、蘇葉、丹參、桔梗、生地、元參、當歸、白芷、甘草、黃芪受害最重。阿維菌素、阿維達、炔螨特、唑螨酯、達螨靈防效最高。
16、小菜蛾和菜粉蝶：這兩種害蟲是板藍根的主要食葉害蟲，危害重難防治。近幾年選出的特效藥有：甲維鹽、甲維氟鈴尿、甲維氟鈴毒死蜱、「抗寬」系列、氯蟲苯甲酰胺。應於5、6月和8月小菜蛾幼蟲兩個發生高峰期，5月上旬和秋季菜粉蝶幼蟲主要發生期噴藥防治。防治小菜蛾著重葉背面噴藥。
17、棉鈴蟲類（含棉鈴蟲、甜菜夜蛾等鱗翅目害蟲）：危害所有藥材。特效藥為:氯蟲苯甲酰胺、甲維鹽、高氯氟氰菊酯、氟鈴尿、聯苯菊酯、「抗寬」系列、壟歌TM。幼蟲低齡期防治，食心蟲未鑽蛀前防治。
18、蚜蟲：各種藥材受害。以白朮、北沙參、柴胡、板藍根、菊花、當歸、黃芪、防風為主。選擇吡蟲林、啶蟲脒、吡蚜酮、丁硫克百威、烯啶蟲胺防治。
19、小灰象甲：食性雜，危害多種藥材，主危害北沙參、白朮、黃芪、牛膝、白芷、桔梗、薏苡。幼苗出土時受害最重，常造成缺苗斷壟。防治重點在幼苗出土期，早10點前、下午4點後，撒施殺蟲顆粒劑或噴灑特效藥劑。馬拉硫磷、敵馬合劑、氟蟲腈防效最好。
20、地下害蟲（含螻蛄、蠐螬、金針蟲、土蠶等）：危害所有藥材。對根及根莖類藥材影響最大。毒辛顆粒劑及乳油、二秦磷土壤處理、隨水沖施效果均好。禁止使用甲拌磷、特丁硫磷、神農丹、克百威等高毒高殘留農藥。
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