人參健脾丸與人參歸脾丸均屬補益藥劑。兩者均含人參、茯苓、白朮、黃芪以益氣健脾；含木香理氣健脾、調理中焦氣機；含酸棗仁、遠志安神定志；含當歸活血養血。
但兩藥也有差別：人參健脾丸還含有山藥、陳皮、砂仁加強健脾和胃作用；人參歸脾丸另有龍眼肉、炙甘草補血和營。另外，同樣藥物的用量也有所不同：人參健脾丸重用黃芪、山藥，意在健脾益氣；人參歸脾丸重用當歸、人參養血益氣。以上用藥的不同決定上述兩藥的功用也不同：人參健脾丸健脾益氣，和胃止瀉。主要用於脾胃虛弱引起的飲食不化，噁心嘔吐，腹痛便溏，不思飲食，體弱倦怠。人參歸脾丸益氣補血，健脾養心；主要用於心脾兩虛，氣血不足所致的心悸，失眠健忘，食少體倦，面色萎黃所致的便血、崩漏、帶下諸症。
需要提醒的是，無論服用人參健脾丸還是人參歸脾丸，均應在醫生指導下對症用藥，不可隨意濫服，以免並發他症。同時，把「二丸」作為保健品長期服用的做法也是不可取的。
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