兩種菖蒲應區分菖蒲藥用有石菖蒲和九節菖蒲兩種。石菖蒲因其屬於蒲類，綠葉昌盛，生於石旁而得名。九節菖蒲則屬於另一種草本植物，古代文獻稱「一寸九節者良」。
石菖蒲：又名水劍草、水蜈蚣、山菖蒲。為天南星科植物石菖蒲的根莖。其性味辛、苦，微溫。能祛濕化痰、芳香開竅、和胃安神。主治痰濕蒙蔽清竅、神昏譫語、憂鬱健忘、氣閉耳聾、心胸煩悶、神志不寧、胃脘腹痛、噤口痢疾等。凡陰虛陽亢者忌服。藥理證實石菖蒲有鎮靜及抗驚厥、促進消化液的分泌、抑制胃腸異常發酵、弛緩腸管平滑肌痙攣、擴張支氣管、鎮咳平喘祛痰，強身益智和增強腦區域性代謝功能的作用，對致病性皮膚真菌有抑製作用。
九節菖蒲：又名小菖蒲、京菖蒲、節菖蒲，為毛茛科植物阿爾泰銀蓮花之根莖。其性味辛，微溫。能溫化痰濕、開竅醒神、和中開胃。主治熱病神昏譫語、癲癇痰厥、多夢健忘、脘腹痞滿、嘔吐噁心等。
藥性比較：兩藥均有開竅醒神、和中開胃的作用；而石菖蒲偏於化痰安神，九節菖蒲偏於溫化痰濕，可以替代應用。
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