中醫古籍，尤其是《內經》，在傳承過程中亦經歷過秦漢之際的文字變革，在理論上亦與漢代經師一樣同講陰陽五行。董仲舒是儒家最早言說五行者，強調「天人合一」，順應自然的規律。中醫學也非常強調「天人合一」思想，其具體表現為《黃帝內經》中的「天人相應」學說。
「君臣佐使」學說也是封建等級制度在中醫學中最明顯的體現，體現儒家思想對於封建等級秩序的推崇，明顯帶有儒家對於秩序的強調。
經學的產生與分類
經學產生於西漢。由於秦始皇採納李斯的建議焚書坑儒，將全國圖書以及學術集中到咸陽城，秦亡後，項羽焚燒咸陽，致使大量先秦典籍消失於歷史舞台，六經除了《易經》之外，其他幾未能倖免於難。漢代之初，高祖劉邦並不重視這些儒家經典，從「文景」時期開始展開了大量的獻書和古籍收集工作，部分年長的秦博士和其他儒生，或以口述方式默誦已遭焚燬的經典，或把秦時冒險隱藏的典籍重新拿出，使之傳世。
經學的繁榮本質上是為順應封建統治，在漢武帝時期發展尤為輝煌，因為從儒士的地位可以看出統治者對於儒學的推崇。公孫弘是個獄吏出身的儒生，漢武帝為了提倡儒學，公元前124年，讓他擢升丞相，封平津侯。公孫弘前，丞相皆為列侯貴族，公孫弘出身貧士，竟得封侯拜相，《公羊》學因此成為最時行的學術。凡是士人和官吏，必須學習儒經，才能得到任用或陞遷，儒學獨尊的地位更加鞏固了。
經學有古今之分
漢代經學分古文經學和今文經學。其中，「文景」時期從部分老年秦博士、儒生等處收集來的經學書籍，因為文字、傳述和解釋體系的不同，產生了不同的學派，但其版本則基本相同，後來統稱為今文經。今文經學的特點是微言大義地闡發說明孔子的思想，繼承和發揚儒家學說。
古文經學所依據的經書一般都是西漢中期以後在民間發現的古書，因其是用戰國及以前的古文字所書寫，故稱之為古文經。漢景帝末年魯恭王興建王府，壞孔子宅，從舊宅牆中發現一批經典；漢武帝時，河間獻王劉德從民間收集了大批的古典文獻，其中最重要的就是《周官》，皆收入秘府（即官方皇家圖書館）；漢宣帝時又有河內女子壞老屋，得幾篇《尚書》。這些出土的文獻都是用戰國古文字書寫，與通行的五經相比，不僅篇數、字數不同，而且內容上也有相當差異，此後即統稱為古文經。
學者在研習的過程中形成了兩種思想派別，後經相互爭辯、互相滲透和整合，初步實現了經學的統一。漢朝是經學發展最為繁榮和昌盛的時期，在這一過程中，儒生通過對經學進行闡述發展的過程，使經學的思想深深滲透到普通民眾之中。
經學的流變與經學大家
經學的流變是儒士對於儒家經典不斷解釋註疏的過程，因此隨著時代的發展，經學也經歷不斷發展流變的過程。儒家經典起源於孔子編著的六經《詩》、《書》、《禮》、《易》、《樂》、《春秋》，六經作為儒家經典的最早成果，也是經學研究最早的範本。西漢初年《樂》失傳，儒家經典留存《詩》、《書》、《禮》、《易》、《春秋》，因此被稱為「西漢五經」。到了東漢年間，除上述五經外，另外二經究竟為何一向聚訟紛紜，據王國維《漢魏博士考》，應為《孝經》與《論語》。
漢唐兩個朝代是中國歷史上經濟發展最為富庶的時代，也為經學的發展提供了良好的土壤和環境。唐朝開始，儒家經典中將五經中的《禮》拆為《儀禮》、《周禮》與《禮記》，《春秋》拆做《左傳》、《公羊傳》與《谷梁傳》，形成「唐九經」。
唐文宗開成年間，儒家經典在九經上添《爾雅》、《論語》、《孝經》，刻做石經，由此形成「開成十二經」。北宋時，承繼唐代九經定制，但是《孟子》的地位有所上升；南遷以後，《孟子》的地位已經不可動搖，升格為經，與開成石經合做十三經，被稱為「宋十三經」。
經學發展的高峰以及奠定經學最終構架的是「四書五經」，這一構架為朱子所定，與五經上增設「四書」，隨著朱子學的繁盛，這也成為了儒家經典最為著名的編訂方式，為後世的發展奠定了良好的基礎。
經學大家對經學發展有影響
一項學問的發展需要代表人物的思考和推動，經學的發展正式得到大儒董仲舒的推動才走上正確的發展軌跡。孔子以後董仲舒以前的儒學是漢人稱為樸學的原始儒學，其特點是，一方面，思想上還拘泥於殘餘的領主制度，不能完全符合新的地主統治的需要；另一方面，儒家還是各種學派中的一派，不能吸收各種學派，使統一到儒學裡面來。
董仲舒生於漢景帝、漢武帝時候，西漢政治上統一的條件已經成熟了，學術上統一的條件也成熟了。儒學經董仲舒的加工，因此擺脫了原始階段，成為陰陽五行化的、完全適合地主統治的西漢今文經學。某些漢儒把董仲舒當作孔子的繼承者，因為他創造了今文經學。董仲舒根據他的哲學觀點，提出許多影響甚大的建議。這些建議，極大部分被漢武帝採納並得到實行。
董仲舒的主要觀點有：首先是「大一統」。董仲舒認為孔子修《春秋》，把一統當作首要的大事，因為這是天地的常道，古今的通義。現在學士們各持異說，朝廷無法一統，法制屢變，臣民不知所從。應將不屬於《六經》、不合於孔子的學說，一概廢絕不用，專用儒術。這事實上順應了封建專制統治的需要，迎合和封建統治者對於皇權至高無上的追求。
其次是「更化」。漢初基本沿襲秦朝的制度，因此有「漢承秦制」之謂，郡縣制優秀。但是秦行法家政治，刑罰慘刻，因此董仲舒主張更化，要求以仁德代替嚴刑，也就是要求以儒家學說代替法家學說。
再次是「推陰陽災異」。在落後社會裡，占卜術常是人們行動的指南。董仲舒取《春秋》所記天變災異廣泛地予以附會穿鑿，使《公羊》學徹底的陰陽五行化。自從董仲舒開出這一條道路，《公羊》家以外各家的經師，都認為這是一條最合時的道路，把大量迷信成分加入到經學裡，藉以取得朝廷的信任。經學陰陽五行化，成為西漢今文經學的基本特點。
此外還有「斷獄」。儒家談德治，向來與法家刑名之學對立。董仲舒據《春秋》經義附會漢朝法律，決斷了許多疑難大獄，儒法兩家合流了。他的判詞集合成《公羊董仲舒治獄》十六篇，流傳久遠，至東晉時還有人引用它來辯護自己的冤獄。
兩漢經學對中醫學的影響
經學的傳承牽繫著中國學術的大脈，經學自孔子刪訂六經之後，又經歷了秦漢兩代相接的特殊歷史變革時期，演變為今文經學與古文經學兩支風格迥異的經學派別。這兩種經學派別之爭一經肇始，便一發而不可收，自漢時起綿延至今。
章太炎先生曾言：「講國學而不明派別，將有望洋興歎、無所適從之感。」中醫古籍，尤其是《內經》，在傳承過程中亦經歷過秦漢之際的文字變革，在理論上亦與漢代經師一樣同講陰陽五行，在兩千餘年經學統領中國傳統學術核心的背景下，今古文經學對中醫學的傳承產生重要影響。
中醫典籍地位確立與經學關係
漢武帝時期罷黜百家，獨尊儒術，儒學開始成為2000多年來封建主義的主導思想。對於儒家思想的推崇主要通過對儒家典籍的推崇和註疏來體現的。從孔子編訂六經，到西漢五經、東漢七經，一直到宋代確立的四書五經，經學不斷發展變遷，雖然在數量上變化，但主體內容仍然是儒家典籍。
受經學影響，中醫對於典籍也很是推崇。中醫典籍《黃帝內經》類似於經學中的五經，享有至高無上的地位。中醫界有先賢曾說:「不讀醫經，縱成倉扁，終為技術之流。」蔡陸仙也講:「醫書之有經，亦猶儒家之有六經也。六經所以載道，『辨治亂與興衰之軌轍。醫經所以昌明學術，莫不由是焉……』」
經學傳承模式影響中醫典籍傳承
經學強調注不破經、疏不破注，株守家法、烙守師法，形成了信而好古、言必稱堯舜的價值取向。董仲舒《春秋繁露》雖然自成一說，但並沒有突破儒家確立的價值理念；朱熹的《四書章句集注》也是對儒家經典的註疏，是對儒家理念的一脈相承。
中醫典籍《黃帝內經》類似於經學中的五經，享有至高無上的地位。歷代對中醫進行註疏，中醫典籍《黃帝內經》標誌著中國醫學由經驗醫學上升為理論醫學的新階段的醫學典籍。
《難經》是闡發《黃帝內經》的疑難和要旨的第一部書；《傷寒明理論》是對《傷寒論》的註解之作；明代著名醫家張景岳《類經》，是對黃帝內經進行全面研究的著作。歷代醫家經過臨床實踐，提出各自理論，或者自成流派，但是核心離不開《黃帝內經》等典籍。
春秋戰國，中醫有用針、用藥和重切脈的三大派。西漢時代已匯合為醫經和經方兩大派別。在金元時代有被稱為「四子學派」的四大醫家，即劉完素、李東垣、張子和、朱丹溪；劉完素創立火熱論；李東垣師承於張元素，主補脾，著《脾胃論》；張子和立論邪之法而主攻下；朱丹溪則撰著《陽有餘陰不足論》、《相火論》而創立了滋陰學派。
經學推動中醫學理論範式的作用
天人合一理念
儒家宣揚的價值理念在中醫學中同樣能尋找到明顯的印記。董仲舒對儒學的新解釋一方面是為順應封建專制統治，倡導「君權神授」，宣揚皇權至高無上的地位，得到漢武帝的推崇；另一方面，新儒學對各家思想的融合，即包括對道家思想的融合，董仲舒是儒家最早言說五行者，強調「天人合一」，順應自然的規律。
中醫學也非常強調「天人合一」思想，《黃帝內經》主張「天人合一」，其具體表現為「天人相應」學說。《內經》反覆強調人「與天地相應，與四時相副，人參天地」（《靈樞·刺節真邪》），「人與天地相參也」（《靈樞·歲露》、《靈樞·經水》），「與天地如一」（《素問·脈要精微論》）。認為作為獨立於人的精神意識之外的客觀存在的「天」與作為具有精神意識主體的「人」有著統一的本原、屬性、結構和規律。
因此，《內經》的天人合一觀是天道觀的表現所在。《內經》「天人相應」學說，可以從兩方面來探討：一是從大的生態環境，即天地（大宇宙）的本質與現象來看「天人合
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