清宮御藥房主要為「宮眷近臣」服務，編製近百人，其職責為「掌詳慎供用藥料，和合丸散之事」，並由太醫院監視其成藥修合。根據檔案文獻，康熙帝服用過肺胸舒丸、龍涎香露等，雍正帝修合過龜齡集、金雞丹藥（濟吉丹）等，乾隆帝常用八珍糕、蟠桃丸、松齡太平春酒等，光緒帝服用過葆真固本丸、長春益壽廣嗣丹等，慈禧太后用過漚子方、玉容葆春酒等。御藥房修合成藥的記錄形成配方與治方配本，現保存在中國第一歷史檔案館的有御藥房丸散膏丹配方、藥庫丸散膏丹配方檔、丸藥配方檔、修合成方、上用丸散膏丹配方簿等；晚清亦有多個清宮配方與治方手抄本從宮廷傳出。
經過近一兩年較為全面地收集與整理，清宮成藥配方約有1300多首，包括風痰、傷寒、暑濕、燥火、補益、脾胃、痰嗽、氣滯、瀉痢、眼目、瘡科、婦科、小兒、咽喉、口齒、雜治等門類，居多的是瘡瘍方（159首）、補益方（157首）、婦科方（140首）、脾胃方（122首）等。劑型按數量多少依次為丸劑、膏劑、散劑、丹劑、酒露劑、錠劑、餅劑、糕劑等。總結清宮配方的命名方法，典型的方名是組成藥物-功效主治-劑型，如黃連上清丸等；更多的是以組成藥物命名，如益母草膏等；最多的是以功效主治命名，如補益延齡露等；也有根據制劑、服用特點命名的，如紫雪、八厘散等；還有一些較特別的方名，如諸葛行軍散、打老兒丸等，蘊含歷史與文化典故。
清宮配方與治方對於醫理的論述頗為豐富，多為精當之論。如沉香化氣丸下論及氣血，另可見論脾胃、小兒、婦科、眼科、痰飲、瘡瘍、暑濕等證治的方論，在古庵心腎丸、金匱種子丸、萃仙丸、孔聖枕中丹等配方中論及補益之理。至於清宮成藥的配伍，在檔案文獻中很少談及，僅在七寶美髯丹、瓊玉膏、二味枳術丸中說明了配伍情況；而梁會大津丹、代天宣化丸根據五運六氣學說，在不同年份採用不同的藥物為君，表明清宮成藥修合時還是很在意君臣佐使配伍的。
清宮成藥對藥物的炮製極為講究。修合成藥之前先要對各個藥味進行炮製，但如法制半夏、法制貝母、法制檳榔、法制黑豆、法制杏仁、九制黃芪、七制香附丸、九制大黃丸、四制楝實丸、九轉黃精丹等如法炮製後即可作為成藥使用。藥味炮製後修合諸藥也是不憚其煩，如秘傳壬水大金丹、龜齡集等的修合過程可謂極其繁瑣。清宮成藥的服用方法多種多樣，內服媒介除了白開水，還有鹽湯、米湯、薑湯、酒、茶、蜜水、棗湯、梨湯、藕湯等；常常需要配合其他湯藥引經報使；隨症調引的配方也很多。註明「孕婦勿服」的成藥有56種，丸藥配方檔中有近一半的成藥說明了注意事項與禁忌，強調需要調節心情、飲食、生活方式等。
清宮成藥配方中小方與大方並見，含一味藥物的配方有24首，二味44首；含30味以上藥物組成的配方有22首，其中用於內服的回天再造丸含55味中藥，活絡丹含52味中藥，外用的金不換膏含86味中藥，為最大的成方。清宮成藥中含有毒藥材的配方很多，其中含砒石、水銀的13種，含川烏的38種，含雄黃的93種，含硃砂的167種；梅花點舌丹、紫金錠等含有多種有毒成分，但現代臨床報道它們可以治療多種疾病，其抗腫瘤的作用值得進一步驗證與研究。清宮配方約有三分之一的方劑可被認為是通治方。
根據方名考察丸藥配方檔中方劑的來源，其原始出處以金元時期的居多佔26.5%，其次來源宋代占26.3%，明代占25.6%，唐代占8.5%，清代占5.7%。具體來說，出自宋《和劑局方》的最多（12.7%），其次出自明代龔廷賢（9.2%）、元代朱丹溪（8.8%）、明代王肯堂（8.3%）、元代李東垣（6.6%）的方也很多，唐孫思邈、金劉河間、宋嚴用和、宋錢乙、明張景岳的方也引用不少，經驗方占6.3%。因此清宮成藥配方可謂「博采眾方」，擷取歷代中成藥經驗的精華。建國以後，以丸藥配方檔為代表的清宮配方有30%（128首）被納入《中華人民共和國藥典》，說明清宮配方相應的成藥得到了繼承與發展。
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