在傷寒的治療中，先表後裡是很重要的治療原則之一。陽明病的治療中，表邪未解，是不可以使用承氣湯攻下的。如《傷寒論》189條：「陽明中風，口苦咽干，腹滿微喘，發熱惡寒，脈浮而緊，若下之，則腹滿小便難也。」
但對於伏氣溫病的治療，使用承氣湯則不可以仍然恪守先表後裡的原則。吳又可在《溫疫論》中指出：「邪發於半表半里，一定之法也。至於傳變，或出表，或入裡，或表裡分傳。醫見有表復有裡，乃引《經》論，先解其表，乃攻其裡，此大謬也……凡見表裡分傳之證，務宜承氣先通其裡，裡氣一通，不待發散，多有自能汗解。」（吳又可筆下的溫疫，實屬伏氣溫病的範疇）
吳又可在《溫疫論》中反覆強調下法在溫疫治療中的重要性，並謂「溫疫可下者，約三十餘證」。下法的代表藥物為大黃，代表方劑是三承氣湯。
《溫疫論》中大承氣湯的組成是：「大黃五錢，厚樸一錢，枳實一錢，芒硝三錢。」硝、黃量大而枳實量輕，與《傷寒論》中的大承氣湯組成有所不同。吳又可明確指出，腑氣不通緣於邪毒壅滯而非本氣自郁，故治療重在瀉下邪毒，不可妄投破氣之品：「溫疫心下脹滿，邪在裡也，若純用青皮、枳實、檳榔諸香燥破氣之品，冀其寬脹，此大謬也今疫毒之氣，傳於胸胃，以致升降之氣不利，因而脹滿，實為客邪累及本氣，但得客氣一除，本氣自然升降，脹滿立消。若專用破氣之劑，但能破正氣，毒邪何自而洩？脹滿何由而消？治法非用小承氣勿愈。既而腸胃燥結，下既不通，中氣鬱滯，上焦之氣不能下降，因而充積，即膜原或有未盡之邪，亦無前進之路，於是表裡上中下三焦皆阻，故為痞滿燥實之證。得大承氣一行，所謂一竅通，諸竅皆通，大關通而百關盡通也至是邪結並去，脹滿頓除，皆借大黃之力。大黃本非破氣藥，以其潤而最降，故能逐邪拔毒，破結導滯，加以枳、樸者，不無佐使云爾。若純用破氣之品，津液愈耗，熱結愈固，滯氣無門而出，疫毒無路可洩，乃望其寬胸利膈，惑之甚矣。」
三承氣湯大黃用量獨重，謂「三承氣功效俱在大黃，余皆治標之品也。」
吳又可在《溫疫論》中提出「承氣本為逐邪而設，非專為結糞而設也」的著名論斷：「大凡客邪貴乎早逐，乘人氣血未亂，肌肉未消，津液未耗，病人不至危殆，投劑不至掣肘，愈後亦易平復。欲為萬全之策者，不過知邪之所在，早拔去病根為要耳。但要諒人之虛實，度邪之輕重，察病之緩急，揣邪氣離膜原之多寡，然後藥不空投，投藥無太過不及之弊。是以仲景自大柴胡以下，立三承氣，多與少與，自有輕重之殊。勿拘於下不厭遲之說，應下之證，見下無結糞，以為下之早，或以為不應下之證，誤投下藥，殊不知承氣本為逐邪而設，非專為結糞而設也。必俟其糞結，血液為熱所搏，變證迭起，是猶養虎遺患，醫之咎也總之邪為本，熱為標，結糞又其標也。能早去其邪，安患燥結耶！」
應該說，吳氏此論是完全符合外感熱病的，結糞因於邪滯，承氣著眼於攻邪。此論的臨床意義在於：面對外感熱病中的承氣湯證，用方的著眼點在於攻下實熱而非通便，對療效的判斷也主要取決於邪熱的去留而不是大便的瀉下與否。《長沙方歌括》中大承氣湯方下陳蔚有一段按語：「承氣湯有起死回生之功，惟善讀仲景書者方知其妙。俗醫以滋潤之脂麻油、當歸、火麻仁、郁李仁、肉蓯蓉代之，徒下其糞而不能蕩滌其邪，則正氣不復；不能大瀉其火，則真陰不復，往往死於糞出之後，於是鹹相戒曰：潤腸之品，且能殺人，而大承氣湯更無論矣。甚矣哉！大承氣湯之功用，盡為那庸耳俗目所掩也。」體會這段文字，則知治療時著眼於逐邪和著眼於通便是有差別的。
「承氣本為逐邪而設」，吳又可又進一步指出：「凡下不以數計，有是證則投是藥」，總以邪去為宜。《溫疫論》中載一屢用承氣攻下始愈案，從案中我們可以體會到承氣「非專為結糞而設」。
「李海疇者，年四十五歲，患疫得下證，四肢不舉，身臥如塑，目閉口張，舌上苔刺，問其所苦不能答，因問其子：兩三日所服何藥？雲進承氣湯三劑，每劑投大黃兩許不效，更無他策，惟待日而已，但不忍坐視，更祈一診。余診得脈尚有神，下證悉具，藥淺病深也。先投大黃一兩五錢，目有時而小動，再投，舌刺無芒，口漸開能言。三劑舌苔少去，神思稍爽。四日服柴胡清燥湯，五日復生芒刺，煩熱又加，再下之。七日又投承氣養榮湯，熱少退。八日仍用大承氣，肢體自能少動。計半月，共服大黃十二兩而愈。又數日，始進糜粥，調理兩月平復。」
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