目前，隨著我國深化醫藥衛生體制的改革，公立中醫醫院的改革正在全面推進。《中共中央 國務院關於深化醫藥衛生體制改革的意見》提出 「進一步完善醫療服務體系。堅持非營利性醫療機構為主體、營利性醫療機構為補充，公立醫療機構為主導、非公立醫療機構共同發展的原則。」「堅持公平與效率的統一，政府主導與發揮市場機製作用相結合。強化政府在基本醫療衛生制度中的責任。」筆者運用經濟學理論對中醫醫療機構改革作如下思考：
從「經濟人假設」看，中醫醫院應屬於「經濟人」單位。公立中醫醫院是政府舉辦的中醫醫療機構，承擔國家辦中醫的職責，必須堅持公益性原則。同時，公立中醫醫院也是從事中醫醫療服務的經濟運行體，儘管不以營利為目的，但是公立中醫醫院必須按照經濟運行規律保證正常運行。取消藥品加成後，打破了「以藥養醫」傳統模式，醫院收入包括醫療服務收入、醫療檢查收入、藥事服務費、財政補助等。按照經濟學成本收益方法，公立中醫醫院經濟運行中需要用收入彌補成本。只要我們承認公立中醫醫院是經濟運行體，就不可否認有利益最大化傾向，只不過在保證公立中醫醫院正常運轉前提下獲得正當「利益」，醫院收益可以通過重新再投入，保持醫院的可持續發展，需要依靠政府規範公立中醫醫院運行機制，體現公立中醫醫院公益性。
從「資源有限假定」看，中醫藥是我國獨具特色的衛生資源，也是醫療服務中稀缺有限資源。中醫藥臨床療效確切、預防保健作用獨特、治療方式靈活、費用比較低廉，中醫藥越來越顯示出獨特優勢，人民群眾對中醫藥健康需求不斷提高。一方面，我們要看到中醫藥的衛生資源特殊性，需要政府扶持和保護；另一方面，要看到中醫藥服務受到經濟因素影響，需要通過市場機制調節價格均衡。2009 年《國務院關於扶持和促進中醫藥事業發展的若干意見》提出：堅持中西醫並重方針，充分發揮中醫藥作用，進一步扶持和促進中醫藥事業發展。國家從制度層面上實施扶持和保障性措施，在投入政策上予以傾斜，有利於將中醫藥資源優勢和知識優勢轉化為產業優勢和經濟優勢。國家發改委等發佈《改革藥品和醫療服務價格形成機制的意見》指出「從我國醫藥產業發展現狀和醫療服務特點出發，充分發揮價格槓桿調節作用，合理調控藥品和醫療服務價格。」按照經濟學的均衡分析方法，中藥和中醫醫療服務價格制定要體現市場供求規律，除國家基本藥物目錄中藥品種和基本中醫醫療服務項目實行政府指導價格外，應當由市場供求決定價格，促進市場競爭機制形成，提高中醫醫療機構運行效率和服務質量。例如，中藥飲片的價格隨著市場供求波動，專家特需門診醫療服務費體現知名中醫專家的服務和技術價值。公立中醫醫院應當充分利用中醫藥資源稀缺性，發揮中醫藥特色和優勢，探索中醫醫院建立小綜合大門診辦醫發展模式，一定能夠在公立醫院改革中立於不敗之地。
從「保護私有財產權假定」看，在法律上，民營舉辦的中醫醫院、門診、診所應屬於私有財產，受到法律保護。在政策上，國家鼓勵和引導社會資本舉辦醫療機構，消除非公立醫療機構發展障礙，形成多元化辦醫格局。隨著深化醫藥衛生體制改革不斷深化，民營中醫醫院不斷發展壯大，對於公立中醫醫院起到了有益的補充作用，非公立中醫醫療機構與公立中醫醫療機構共同構成了中醫醫療服務體系。按照經濟學帕累特標準，公立中醫醫院與非公立中醫醫院、診所等在衛生醫療服務體系中發揮著各自功能，按照區域衛生規劃和中醫醫療資源確定中醫醫療機構的功能定位，按照提供中醫醫療服務要素分配收益，各得其所，達到等價交換目的。由於中醫個性化治療方式，國家鼓勵有資質的中醫專業技術人員特別是名老中醫開辦中醫診所或個體行醫，非公立中醫醫療機構在醫保定點、科研立項、職稱評定和繼續教育等方面，與公立中醫醫療機構享有同等待遇，為等價交換提供了良好政策環境，為非公立中醫醫療機構的「私有財產」起到了保護和支撐作用。
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