「三因制宜」是《內經》中重要的治療思想，分為因人、因地、因時制宜三個方面，主要見於《素問·五常政大論》、《素問·六元正紀大論》、《素問·異法方宜論》、《靈樞·五變》等篇。「三因制宜」治療思想是在長期的醫療實踐中形成的，強調了人與生存環境的協調統一，與《內經》學術原理中最具特色的整體觀念一脈相承。
產 生：因人制宜
《內經》體質學說是形成「因人制宜」治療思想的理論基礎。《內經》認為體質是一種生理、心理特性，其形成與臟腑、經絡、精氣神的功能有關。由於年齡、性別、社會因素、精神狀態等的差異性，導致了個體體質的不同。《素問·上古天真論》記載女子以七歲、男子以八歲為一階段，論述了各個年齡段的生理特徵和體質情況，還指出了男女成長髮育的差異。《靈樞·天年》還以十歲為階段對人的衰老過程進行了表述，如「四十歲……腠理始疏，榮華頹落，發頗斑白，平盛不搖，故好坐；五十歲，肝氣始衰，肝葉始薄，膽汁始減，目始不明；六十歲，心氣始衰，若憂悲，血氣懈惰，故好臥；七十歲，脾氣虛，皮膚枯；八十歲，肺氣衰，魄離，故言善誤；九十歲，腎氣焦，四髒經脈空虛；百歲，五臟皆虛，神氣皆去，形骸獨居而終矣」。《素問·疏五過論》雲經歷過貧賤、苦樂等急劇變化者，「身體日減，氣虛無精」，「精氣竭絕，形體毀沮」。《靈樞·本髒》曰：「意志和則精神專直，魂魄不散，悔怒不起，五臟不受邪矣。」若突然受到精神創傷必會影響臟腑經絡功能，精神刺激長期存在則會進一步引起體質改變。《素問·舉痛論》云：「怒則氣上，喜則氣緩，悲則氣消，恐則氣下，……驚則氣亂……思則氣結。」由辨體質的不同引申出辨證的概念，從而形成了中醫學個體化的診療思路和方法。
因地制宜
我國很早就已認識到地理環境可以影響人體，如成書於春秋戰國時的《大戴禮記·本命第八十》云：「堅土之人肥，虛土之人大，沙土之人細，息土之人美，耗土之人醜。」認為土質不同，人的體質有「肥、大、細、美、丑」的差異。《呂氏春秋·月令》曰：「輕水所多禿與癭人」，「重水所多尰與躄人」，「甘水所多好與美人」，「辛水所多疽與痤人」，「苦水所多尪與傴人。」《管子·水地》亦有云：「夫齊之水，道燥而復，故其民貪粗而好勇；楚之水，淖弱而清，故其民輕果而賊；越之水，濁重而洎，故其民愚疾而垢；秦之水，泔而稽，淤滯而雜，故其民貪戾罔而好事。」均提出地理不同則可導致地區的多發病。至於其原因，古人認為地理不同，發病病邪特性有別，正如《素問·陰陽應像大論》云：「東方生風」、「南方生熱」、「西方生燥」、「北方生寒」、「中央生濕」等。不僅如此，古人進一步提出了地理不同，居民體質特點有異，會直接影響人的壽命，正如《素問·五常政大論》所說：「陰精所奉其人壽，陽精所降其人夭」，「高者其氣壽，下者其氣夭。」
因時制宜
《內經》認為人生活在自然界之中，自然界所存在的一些規律性的變化，如晝夜交換、寒暑交替、四季轉換規律等，直接影響著人體，導致人也產生了節律性的變化，如《素問·脈要精微論》云：「萬物之外，六合之內，天地之變，陰陽之應，彼春之暖，為夏之暑，彼秋之忿，為冬之怒，四變之動，脈與之上下，以春應中規，夏應中矩，秋應中衡，冬應中權。」表明四季陰陽變化使人體產生相應的節律，表現在脈象上則有春規、夏矩、秋衡、冬權。《素問·金匱真言論》亦云：「平旦至日中，天之陽，陽中之陽也；日中至黃昏，天之陽，陽中之陰也；合夜至雞鳴，天之陰，陰中之陰也；雞鳴至平旦，天之陰，陰中之陽也。故人亦應之。」說明地球上有晝夜陰陽消長變化的規律，故人亦應該有晝寤夜寐的節律變化。由於四時陰陽變化是萬物生長收藏之本，人體生命活動的時間節律必順應自然界這個規律，因此人體臟腑經脈、氣血盛衰、陰陽消長等亦有節律可循。
由上不難看出，「三因制宜」治療思想的產生是古人長期醫療實踐的結果，是中國古人長期生活實踐觀察與整體觀念指導的結果。
內 容：因人制宜
同一種病邪侵犯人體，不同體質的人群發病與否各不相同。《素問·經脈別論》認為，當不同體質的個體遇到夜行勞倦、墮墜驚恐、渡水跌仆等情況時，「勇者氣行則已，怯者則著而為病也」。說明發病與否取決於體質強弱，心理素質勇怯等因素。而《靈樞·五變》進一步以匠人伐木類比人之體質與發病的關係，認為體質不同是「同時得病，其病各異」的根本原因，「夫一木之中，堅脆不同，堅者則剛，脆者易傷，況其材木之不同，皮之厚薄，汁之多少，而各異耶」。不僅如此，而且認為體質不同，患病的部位也多有不同，如云：「木之所傷也，皆傷其枝。枝之剛脆而堅，未成傷也。人之有常病也，亦因其骨節皮膚腠理之不堅固者，邪之所捨也，故常為病也。」而感受邪氣後出現何種性質的疾病，也由體質決定，如《靈樞·五變》舉例云：「肉不堅，腠理疏，則善病風」，「五臟皆柔弱者，善病消癉」，「小骨弱肉者，善病寒熱」，「粗理而肉不堅者，善病痺」，「皮膚薄而不澤，肉不堅而淖澤，如此則腸胃惡，惡則邪氣留止，積聚乃傷脾胃之間，寒溫不次，邪氣稍至。蓄積留止，大聚乃起。」《素問·痺論》亦提到同樣感受風寒濕之邪而致痺證，「陽氣少，陰氣多」的體質者，表現為肢體骨節寒冷、疼痛劇烈的痛痺；「陽氣多，陰氣少」的體質者，表現為骨節紅腫熱痛、發熱、口乾、舌紅的熱痺。正是由於人體質不同所導致的病證不同，因而治療各異。
因地制宜
《內經》詳細地論述了不同地域、地勢與地理對人體生理、病理的影響，為因地制宜治則提供了理論依據。正如張志聰所云：「治病之法，各有異同。五方之民，居處衣食，受病治療，各有所宜。」《素問·異法方宜論》從東方、南方、西方、北方、中央五方不同地區、不同飲食習慣的人體質不同出發，提出在治療上必須因地制宜，各有所異。因而總結出砭石、九針、毒藥、灸爇、導引等不同的治療方法，各有它所適宜的不同病情。地區不同，物產不同，人們的飲食習慣亦有差異。不同地區的飲食習慣差異是導致地方多發病的原因。如果長期進食某種食物，往往會使臟腑機能發生不同的功能紊亂，產生不同的病變，如《素問·異法方宜論》云：「東方之域……其民食魚而嗜鹹……故其民皆黑色疏理，其病皆為癰瘍。」居於東方者，多食魚、偏嗜鹹味，居民多熱積於中，易外發瘡瘍癰疽。「西方者……其民陵居而多風，水土剛強，其民不衣而褐薦，其民華食而脂肥，故邪不能傷其形體，其病生於內。」居於西方者，食物多為酥酪膏肉之類，形體強壯，其病多由飲食不節、七情內傷等所致。「北方者……其民樂野處而乳食，髒寒生滿病。」居於北方者，多食用牛羊乳等，因氣候寒冷故人體多髒寒，發生脹滿一類的疾病。「南方者……其民嗜酸而食胕，故其民皆致理而赤色，其病攣痺。」居於南方者，多食酸味或酵化過之物，其病多為筋脈拘攣、筋骨疼痛之類。「中央者……其民食雜而不勞，故其病多痿厥寒熱。」居於中央地域者，食物品種繁雜，勞動較少，其病多為痿躄、厥逆、寒熱之類。正是由於中醫學因地制宜治療思想的運用，也才逐漸形成了我國因地域不同的眾多流派，如嶺南、新安醫學流派等。
因時制宜
在自然界四時陰陽消長節律的影響下，疾病在春夏季節因陽長而易於熱化，於秋冬因陰長而易於寒化，為了防止其熱寒之變，保證用藥療效，《素問·六元正紀大論》曰：「用寒遠寒，用涼遠涼，用溫遠溫，用熱遠熱，食宜同法。有假者反常，反是者病，所謂時也。故曰：無失天信，無逆氣宜，無翼其勝，無贊其復，是謂至治。」即在秋冬陰氣旺盛之時應佐用溫熱之品，或者運用寒藥治療疾病時注意避免用寒藥太過；在春夏陽氣旺盛之時應佐用寒冷之品，或者運用熱藥治療疾病時注意避免用熱藥太過等。
「無逆氣宜」，與《素問·五常政大論》所說「時不可違」精神是一致的，即不要違背六氣主時之宜，是強調針刺、藥物、飲食要遵循因時制宜的治療法則。因季節不同施治可以從以下三個方面理解：其一，一年四季的氣溫，有溫熱涼寒的變化，其主氣不同，主氣淫盛之邪不同，導致的疾病也不同，即所謂的四時多發病，如春季的風溫、春溫，夏季的暑溫，長夏濕溫，秋多燥病，冬多傷寒等，用藥當然不同。其二，季節不同，自然界陰陽之氣的消長盛衰有異，人體陰陽氣血浮沉狀態也有變化，因而用藥時，要做到藥性與季節之寒熱溫涼相避，以防太過傷人，故根據時令的不同，採取不同的治療方法。其三，季節不同，氣候特點有春生、夏長、秋收、冬藏的不同，不論養生還是治療疾病也應考慮順應所處季節本身之氣，尤其對於虛弱之體應予補益者。如冬病夏治，即借助夏季陽氣強盛之勢來快速促進人體陽氣恢復，從而治療陽氣不足之證。
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