半個多世紀以來特別是近二十年來，我國中西醫結合的蓬勃開展極大豐富了臨床治療學內容，取得了一大批重要的研究成果。更為重要的是，中西醫結合的實踐過程深刻地影響了人們的就醫觀念，運用中西醫結合的方法治療多種疾病已成為絕大多數患者的首選。
在肯定中西醫結合成績和貢獻的同時，我們也應該清醒地看到，我國中西醫結合仍有諸多困擾和難題需要我們用智慧、學識和經驗去進行逐一化解。當前中西醫結合臨床研究的困擾與難題主要有以下三個方面。
專業隊伍「一頭偏」
中西醫結合是中醫和西醫兩種醫學體系的結合，從專業隊伍結構和人員組成而言，自然也應當由中學西人員組成的中醫專業隊伍和西學中人員組成的西醫專業隊伍去共同完成。但是，多年來，中西醫臨床研究專業人員和專業隊伍組成存在嚴重的「一頭偏」現象，是單向的，即中西醫結合臨床研究基本上是在中醫和中西醫結合機構內進行的，專業隊伍也主要由中醫從業者組成，鮮有西醫人員主動學習中醫並進行中西醫結合臨床研究者。這一現象產生的根源主要由於當前中醫治療的針對目標已經由傳統的中醫病證全面轉換到乙型肝炎、糖尿病、高血壓、冠心病等現代醫學疾病，這種治療目標的轉換就要求中醫專業人員在運用中醫理論和方法治療西醫疾病時必須吸納現代醫學研究成果，也就是說必須有一個「中學西」的過程，這是必然的，也是普遍的。從這種意義上說，當前幾乎每一位中醫臨床工作者其實都是中西醫結合專業隊伍中的一員，中西醫結合的任務也就主要由他們承擔起來。
由於與現代醫學相比，中醫教學、科研、醫療機構數量少，規模小，使中西醫專業隊伍形成嚴重的不對等態勢。雖然中醫學術界也不乏學養深厚、識見廣博、經驗豐富、學貫中西的睿智之士，但由於總體人數偏少，難以形成與西醫對等的學術群體，因此，他們的聲音是微弱的，很難有效地影響中西醫結合的宏觀走勢。
專業隊伍「一頭偏」現象使中西醫結合臨床研究局限在一定的範圍和領域之內，在研究的廣度和深度方面都受到很大限制。更為重要的是學習了西醫的中醫人與學習了中醫的西醫人，由於二者教育背景不同，在學術視野、思維方式等方面都有很大差別，而正是這種有著巨大差別的中西醫學者之間的學術交融與對接，才有可能碰撞出中西醫結合臨床研究的科學火花，也只有在中西醫互以全新的視角審視對方時才會有新的發現，而專業隊伍一頭偏現象使中西醫失去了對等的學術溝通與銜接，從而在某種程度上窒息了學術研究的活躍與靈動，滯緩了中西醫結合臨床研究的科學步伐。
這一現象不禁使我們想起上世紀五十年代，毛澤東主席在發出「中西醫結合」號召時指出：「我看如能在 1958年每個省市、自治區各辦一個70～80人的西醫離職學習班，以兩年為期，則在1960年冬或1961年春，我們就有大約2000名這樣的中西醫結合的高級醫生，其中可能出幾個高明的理論家。」據統計，1960年全國有西醫離職學習中醫班37個，學員2300人，還有在職學習中醫的3.6萬人，這些人日後大多成為我國各專業中西醫結合的技術骨幹和學科帶頭人，在他們各自的研究領域都取得了一大批重要的科研成果，有力地證明了毛澤東主席偉大的科學預見性。正是這一強有力的行政措施助推了中西醫結合這一科學工程的實施與發展，反觀當前中西醫結合臨床研究所缺少的也正是這樣一支西學中的專業隊伍。
理論支撐點未建立
從專業學術研究的角度而言，中西醫結合不是中醫方法和西醫方法或藥物的簡單相加，是需要有堅實的理論支撐的，理論是臨床實踐的指導，實現中西醫理論的有機互融就成為中西醫結合臨床研究的主要目標和關鍵所在。而完整的中西醫結合的理論體系是由眾多的中西醫理論互融點組成的，如中西醫對人體生理學認識的一致性或相近性；中西醫對疾病主要病因的對應性；發病學規律的趨同性；中西醫診療在方法學上的互補性；中醫病證與西醫疾病的相關性和背離性等最基本的理論問題，只有將這些基本理論問題認識清楚、闡述透徹，才能為中西醫結合臨床研究建立起強有力的理論支撐，也才能有效地指導臨床。離開了正確的理論指導，一切所謂的結合，都將成為無源之水，許多臨床實踐問題自然也都難以得到真正解決。惜目前因缺乏對中醫理論的深層次挖掘和系統的中西醫對比研究，許多疾病的中西醫結合理論支撐點至今尚未建立，一些基本的理論問題也還沒有得到很好的解決。這一狀況使中西醫結合的學術研究缺乏系統性與完整性，是零散的，各專業各病種之間在研究的廣度、深度及普遍性方面都存在著嚴重的不均衡現象，系統完整的中西醫結合的理論體系也還沒有形成，這對我國中西醫結合學術發展的阻礙當然是巨大的。
實現中西醫理論互融，目的不是要否認中西醫兩種醫學理論體系的差異，而是更深入地探索和發現兩者在生理、病理學等方面的廣泛的內在聯繫，從理論與實踐的不同角度進行反覆印證，充分挖掘中醫理論的科學內涵，在系統深入的中西醫對比研究的基礎上，進行中西醫理論的溝通、銜接和交融，真正找到和建立起每一種疾病中西醫結合的理論支撐點，從而使中西醫結合臨床研究的許多理論和實踐問題得到根本解決。
臨床切入點不明確
中西醫結合臨床研究作為一項複雜的實踐過程，本應由中西醫互融滲透、借鑒吸納、優選重組等具體步驟來完成，最終形成針對某些疾病的中西醫雙診雙治的診療體系，在這一體系中既有西醫病的診斷，又有中醫證的分析。根據不同疾病及疾病的不同階段、不同環節的治療需要或以中為主、以西為輔，或以西為主、以中為輔，或中西並重；或先西後中、或先中後西，或中西同用，最大限度地發揮增效減毒、糾偏的作用，而主次先後及介入的時間節點均依中西醫各自的作用定位和療效特點及不同疾病的實際需要而定，而選准中西醫結合的臨床切入點就成為關鍵中的關鍵，但由於目前中西醫各自所本有的局限與不足，使臨床切入點的選擇遇到巨大的理論和方法學瓶頸。主要如中醫「證」的生物學本質至今尚未認知與闡明，中醫藥治療某些疾病的具體療程尚未確定，中藥復方特別是水煎湯劑的量效關係尚不明確，藥物與劑量調整尚無統一標準和指征等；而某些西醫治療的適應症限制、生物應答不全、病原微生物變異及耐藥等問題也都遠未解決，某些治療的確切療程亦未確定；西醫對諸多生活方式病的治療在方法學上所存在的局限性甚至治療乏術等等。這些缺陷與不足在為中西醫結合提供巨大空間的同時，也在理論與實踐兩個層面增加了中西醫結合與溝通的難度，使臨床切入點難以確定，使中西醫結合診療帶有很大的隨意性，有時甚至是盲目的，這一現狀不但使科學合理的臨床路徑難以建立，距循證醫學的宗旨和要求更是差之甚遠。
化解上述困擾與難題，消除中西醫結合臨床研究的理論障礙是我們每一位醫學界同仁的神聖職責，我們要胸襟博大，目光高遠，清醒地認識到中西醫結合是兩種醫學體系並存所作出的必然選擇；認識到中西醫理論體繫在科學本質上的趨同性和方法學上的互補性；認識到只有中西醫兩種科學元素的匯聚與交融才有可能催生出原創性研究成果，也才能使我國醫學科學真正領先世界成為可能。
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