中醫理論的兩個重要特點是整體觀念和辨證施治。這兩個特點也體現在氣功治療中。精神與形體同練，以及氣功對形體的作用也不是單純地體現在身體的一個部分、一個內臟、一個系統，而是對全身各系統組織都有影響，這些是我們所熟知的氣功對人體的整體作用。在氣功整體作用的基礎上，也存在某一功法和某一方式練功對某種病變更適應的情況。根據患者體質、病情等因素選擇合適的功法或不同練功方式的作法被稱為辯證選功。其常用的方法有：
1、根據病情選擇不同的練功手段為主的方法：
(1)調息為主的功法：有些病變發生在肺，引起呼吸系統的功能低下，例如矽肺、肺結核、哮喘等。對這些病變，選擇以吐吶調息為主要鍛煉手段的氣功功法，例如吐吶功、六字訣等。
(2)調身為主的功法：有些患者病情不重，但是體質稍差，筋骨肌肉薄弱。對此可選擇調身為主的形體功。這類功法多為動功，所謂「外練筋骨皮」即指此而言。此外動功的姿勢不斷變換還可增加趣味性，尤其對性格活躍、難以靜下來的初學者，更宜先學動功。
(3)調神為主的功法：調神功也稱為意守功，具有調整神經興奮性，緩解心理緊張等重要作用。由於這類功法更加強調意念的運用，講求「意氣相隨」，被稱為「內練一口氣」。病變不同，意守的部位也需有所變動。例如一般病變，可意守中丹田；高血壓病需意守下丹田或腳心。而脫肛、慢性腸炎、胃下垂等中醫診為中氣下陷的病變，需要意守上丹田。
2、根據體質病情選擇不同體勢功法：
(1)病重體虛者：可選擇臥位靜功
(2)體弱患者：可選擇半臥位、靠坐位、或坐位的靜功。
(3)病輕體壯者：可選擇站樁，或行走功法。
3、根據氣質性格差別選擇靜、動功法：
(1)對於青年人，尤其是思想活躍，注意力不易集中，難以入靜的人，可先選擇動功鍛煉，待注意力能容易地集中到各種動作所要求的意念中後，再過渡到靜功鍛煉上。
(2)對於思想沉靜、注意力易於集中的人，可先選擇靜功，待很快達到入靜狀態後，再過渡到動功鍛煉上來。
4、根據四時季節所主內臟選擇功法：
春季多練調肝的功法，夏季多練調心的功法，夏秋之交多練調脾的功法，秋季多練調肺的功法，冬季多練調腎的功法。
5、根據五臟配五行的關係選擇功法：
五禽戲、六字訣等功法的每一節都與一個臟腑相連，可根據不同臟腑病變選擇相應的節段功法加強鍛煉。
6、根據子午流注理論選擇功法：
子午流注中的每一時辰都與一個臟腑相連，可根據病變臟腑的主時，在相應時辰裡加強練功。
辨證練氣功是相對的靈活的，可依一種方法來選功，也可依多種方法結合來選功。要取得良好的效果，在辨證選擇氣功的基礎上，更要理解和掌握好練氣功要領。
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