在《本經疏證》一書中，用不下於6000字的長文，結合張仲景在《傷寒雜病論》中對於生薑與乾薑的具體運用，深刻地剖析並闡明了二藥之異同。
姜以中夏發生，感火氣以動，感土氣以昌盛，以培充金氣，迨交燥令而氣乃全，用乃具。隨采收方法及時節之不同，而有生薑與乾薑之分，其稟性亦有異。姜貫火、土、金三者為一體，其能事為「具火性於土中，宣土用於金內」。其所針對的病機是「以中土無火，故使土用乖，而金不效其節宣之職」。所謂「土用乖」，就是指「中宮（脾胃）清氣阻遏而不至肺（則氣雍於上，胸滿，咳逆上氣之病生）；濁氣捍格而不至大腸（則氣滯於下，腸澼、下利之患作）」。
生薑與乾薑，兩味藥皆味辛，性偏於溫或熱，皆可入於肺、脾、胃經，其功效皆可溫肺與溫中，為散寒之要藥。仲景無論是治外感或治內傷，皆常使用。最著名的代表方如桂枝湯、生薑瀉心湯之用生薑，理中湯和四逆湯之用乾薑。
然而，二藥也確實有所區別。就拿《本經》對於姜藥性的記載來說，其前面一截之「味辛，溫，大熱，無毒，主胸滿，咳逆上氣，溫中，止血」是言乾薑；而後面一截之「出汗，逐風濕痺，腸澼，下痢」是屬生薑。而《別錄》對此二藥藥性的記載也有所不同，即乾薑「主治寒冷腹痛，中惡，霍亂，脹滿止唾血」，生薑則「主治傷寒頭痛，鼻塞，咳逆上氣，止嘔吐」。這說明二者的主治是有差異的。
概要言之，生薑與乾薑，不特味有厚薄，氣亦有厚薄，俗話說「嫩姜沒有老薑辣」。《陰陽應像大論》曰：「味厚則洩，薄則通。氣薄則發洩，厚則發熱。」惟其發且通（生薑），斯能走；惟其洩且熱（乾薑），斯能守。故生薑長於解表發汗止嘔，走而不守，功主橫散（以其得夏氣多），因而在上可以止逆，在下可以挽溜，在中又可定傾頹、行津液，此外還可解半夏、南星毒。凡系陰邪搏陽，當使陰橫散，陽乃暢通者，生薑皆能主之。如治「身體如風痺狀」之桂枝黃芪五物湯，因其證為「陰外裹而在內之陽不振」，故倍生薑逐在外之陰邪束縛，使腎陽外布。再如生薑半夏湯證之「胸中似嘔不嘔，似噦不噦，徹心中憒憒然無奈者」，乃系寒邪挾飲逼迫氣分，故也重用生薑以驅飲散寒。
生薑又多與大棗同用，尤能治汗後虛邪勢將入裡者。二藥並用，不僅取其辛甘發散，更重要的是取大棗能「助十二經，補少氣少津液，身中不足」（《本經》語），有崇正以驅邪之意。「《傷寒論》用生薑方凡三十有五，而協棗者至二十有九；《金匱要略》用生薑方除經見《傷寒論》者，猶三十有二，其協棗者亦一十有八，統而計之，其不同棗用者僅十之三。」如主「出汗」及調和營衛之桂枝湯，「逐風濕痺」之桂枝附子湯、白朮附子湯、桂枝芍葯知母湯、桂枝黃芪五物湯，以及治「出汗」、往來寒熱之小柴胡湯等方中皆生薑與大棗並用。
乾薑，其「辛，溫、大熱」之性過於生薑，除為脾肺藥外，尚可兼入心、腎經，為理中、補虛、驅寒之要藥。在理中湯證（既吐且利，寒多不欲飲水，或胸痺，心中痞，留氣結在胸，胸滿，脅下逆搶心）之所以用之者，就在於其病機為「中無所守」，「蓋惟中虛，是以客氣得入；惟中寒，是以不能逐而使出，故理中補虛，即其製出之權；其驅寒，即其制入之威」，從而使中氣得守。在理中湯基礎上加減變化而成的桂枝人參湯、乾薑人參半夏丸、薯蕷丸和旋覆代赫石湯等方，都無不「恃姜為卻寒散滿之長城」，即使是對待以寒涼，而治中焦寒熱不和之半夏瀉心湯證、黃連湯證等，也都恃乾薑之作用不淺。
乾薑所治為在中之水飲，非在上之痰。故小青龍湯、真武湯中用之。由於乾薑受氣足，足則上達肺，下通大腸，外及皮毛，中鎮沸逆。而生薑則受氣微，微則僅能由中及上，故止散外感、止嘔吐耳。又因乾薑得秋氣多，故功兼收斂，長於溫中回陽而在四逆湯中用之。尤其是通脈四逆湯證，以病既植根中氣之虛而中寒，所以方中要倍用乾薑。乾薑能溫經止血，故仲景在柏葉湯、桃花湯等虛寒性之出血證方中用之，但須泡過後用。炮姜有黑與不黑之殊，不黑者（僅用砂燙至鼓起，表面呈棕褐色）治血分虛寒而無熱，如產後血虛發熱之類；黑者則治中氣虛而化熱以傷血者，如唾血、利血之類。治化熱傷血者，乾薑最好以童便炮製為宜。至於上虛不能制下之甘草乾薑湯證，因用乾薑尚嫌其橫溢而肺益虛，故亦需炮用，炮過後，可以自肺及脾及腎也。
總之，乾薑味辛氣溫，能令外不敢入；性守不走，能令內不敢出，重在一個「守」字。生薑功在橫散，長於發汗解表止嘔，散陰以暢陽，故《本經》言其「久服去臭氣，通神明」，現代治中風方劑中亦多用生薑取汁。乾薑可代生薑，生薑不可代乾薑。嘔者多用生薑，間亦用乾薑。咳則必用乾薑，不得用生薑。調中可混用生薑與乾薑，但解外不可混用。乾薑之治嘔為兼及他證，而用生薑則專治嘔。
另外，四逆湯有附無姜，「難取堅壁不動之效」；「乾薑既得附子，一主其中，一主其下，一主守，一主走，若輕車，若熟路，風行雷動，所當必摧，所擊必敗，陰散斯陽歸，陽歸斯病已」。所以，乾薑與附子合用，可以稱為回陽救逆之絕配，或稱最佳組合。
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