中醫藥學從原始社會產生以來，發展到秦漢時期，有了很大的變化，可以說有了質的飛躍。一些中醫藥學家在前人不斷的醫藥實踐和經驗積累的基礎上，進行了醫藥理論的總結，湧現出了一大批醫學著作。其中，最有代表性的也是最早的兩部中醫學著作是《黃帝內經》和《神農本草經》。這兩部書的出現各自具有獨特的意義，前者是中醫學理論體系初步形成的標誌，後者是我國藥物學第一次系統的總結。
1.《黃帝內經》及其影響
《黃帝內經》是中醫學最為經典的著作，主要內容是由黃帝和岐伯一問一答的形式組成的；同時，它也是我國現存的最早的醫學理論性著作，成書於戰國至秦漢時期。自從成書以來，一直指導著中醫學的發展，是後來的中醫學者不可不看的中醫經典。
《黃帝內經》全書共分為兩部分，即《素問》和《靈樞》。這兩部分都強調人體和外界的整體觀念，運用陰陽五行學說，闡明了辨證論治的原理，內容十分豐富。具體來說，《黃帝內經》包括以下內容：
(1)強闊整體。整體觀念是中醫學理論的特點之一，《黃帝內經》強調的「整體」既包括人體和外界條件的整體性，還包括人體自身的整體性。首先，人和外界條件是一個統一的整體，《黃帝內經》認為「人與天地相應」，一個地區的地理環境和四季氣候的變化會對人的身體狀況有所影響，本書還對每個季節易出現哪些病症、各地的流行疾病情況進行了說明。其次，人體自身的各個器官及組成部分也是一個整體，身體的各個部分在生理和經絡等方面都相互聯繫，如果身體的某個器官發生病變肯定會影響到別處，因而對疾病的治療也要堅持整體觀念。
(2)運用陰陽五行學說。《黃帝內經》在論治疾病時採用的是陰陽五行學說，它認為人體之所以會生病就是因為內部的陰陽兩方面失調，所以只要調整陰陽使其達到平衡，疾病就會治癒。此書還用生活中不可缺少的水、火、木、金、土五行來比喻人體的內臟和器官，認為它們之間是相互聯繫、相生相剋的。
(3)強調臟腑經絡。《黃帝內經》認為人體的五臟六腑、十二經脈和奇經八脈，對人體的生理功能和疾病變化有很大的影響，其中五臟六腑是維持人們生命的器官，每條經脈都和某一臟腑相連。
(4)重視社會和精神因素。《黃帝內經》在論述疾病發生的原因時，認為除了自身身體狀況和外邪的人侵之外，社會和精神的因素也不可小視。一個人的精神狀況和變化對身體健康有很大影晌；社會地位的大起大落，也會引起情緒上的大喜大悲，因而對身體也會造成不良影響。
(5)強調預防、反對迷信。《黃帝內經》中有很多預防疾病的理論，認為在疾病的萌芽狀態將其治癒是醫術最高超的醫生；書中還特別反對鬼神致病和鬼神治病的說法，認為這些說法全都是蠱惑大眾。
從以上可以看出此書的巨大成就，正因為此，才對後世產生了深遠的影響。我國的中醫學以前只是單純的經驗積累，並沒有發展到理論階段，可是《黃帝內經》的出現卻打破了這個局面，為中醫學理論的發展作出了非常大的貢獻。它對後世的影響之深突出表現在以後歷代的中醫名家都對它特別重視，都曾刻苦鑽研過此書，所著的醫學著作都受到了此書的影晌，而且還為這些著作提供了理論依據。不僅對國內的醫學有如此大的影響，就連世界上其他國家的醫學界也紛紛學習此書。
2.《神農本草經》的出現
《神農本草經》是我國現存最早的一部關於藥物學的著作，它成書於東漢時期，是經過很多醫學家的不斷收集資料和整理加工而成的，反映了我國古代醫學家的勤勞和智慧，對後世也有很大的影響。
全書共分為3卷，收錄和記載了365種藥物，其中大部分為植物藥物，還包括一些動物藥物和礦物藥物，並且還根據藥效對它們進行分類，論述了一些藥物學理論，另外對各種藥物主治的病症、用法也做了詳細的闡述。此書的具體內容如下：
(1)對各種藥物進行了分類。本書根據每種藥物性能和功效對藥物做出了分類，把所有的藥物分為三品，即上、中、下。一般來說，上品多是一些補養身體的藥物，這些藥物沒有毒或者毒性很小；中品是一些既可以補養身體還可以治療疾病的藥物，這些藥物有的無毒，有的有毒；下品是一些治療疾病的藥物，多是用來破積聚、除寒熱，大部分的藥物是有毒的。這是我國中醫學關於藥物的最早分類，具有非常積極的作用。
(2)記述了一些藥物學理論。此書對君、臣、佐、使，四氣五味等藥物學理論作了概括性的記述，還論述了一些方劑學理論，比如，組方用藥。它認為各種藥物之間都存在著非常複雜的關係，並不是任何藥物都可以隨意組合，我們要在特別瞭解這些藥物的情況下，並且確認它們相互配合不會發生毒性和副作用，才可以組合使用。
(3)記述了藥物的性能及其相關情況。這是在當時對藥物的記述比較全面而且特別切合實用的一本藥物學著作，不僅記述了各種藥物的性能，還對每種藥物的採集時間、藥物的質量、真假的鑒別、加工方法和產地一一做了說明。除此之外，還對每種藥物所治療的疾病以及藥物的服用之法有一些論述，書中記載的一些病症已經是比較齊全的，包括了五官、婦、內、外科等，而且其中很多藥物的功效已被現代醫學所證明。
《神農本草經》在我國的中醫學著作中佔有突出的地位，特別是在醫藥學方面的成就更是十分重大。它是我國現存的最早的一部藥物學專著，書裡面對東漢以前的一些藥物學知識進行了概括和總結。對後世的藥物學研究有著極其重大的影響。書中記載的一些關於藥物的功效、用法、製作方法以及各種藥物的組方等，在現在看來也是十分齊全的，直到今天我們還在學習和借鑒其中的一些理論和方法；後世的中醫中藥學著作都把它當作參考書，並對其中的大部分內容作了積極的肯定，這些都充分說明了《神農本草經》的價值和影響。此書的出現，幵辟了中醫中藥學的新天地，影響了以後的中醫中藥的研究和發展。
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