《兩都醫案》兩卷，明代倪士奇撰。因其上下卷分載的是在北京和南京的治案，分為北卷和南卷，故爾又稱「南北醫案」。刻於明亡之前。孤本現藏於浙江圖書館。
作者倪士奇，字復貞，今江蘇鎮江南徐人。其先祖在宋室南渡時即為京口之名醫。宋元明三朝世代承傳。倪士奇在《自序》中將自家的醫業相繼與龍門司馬遷家世代執太史業相比堪。其祖父倪龍山曾遇異人傳授針灸之術，其父倪小龍行醫淮海也譽滿當地，之後定居揚州。倪士奇兄三人，兄倪士英、弟倪士彥以醫為業。倪士奇自幼習儒，曾游泮宮。但他在十二歲時的一次偶然，竟顯示出具有明醫悟性的資質。當年，乃父的友人因家中有病人前來延醫，倪士奇在父親外出的情況下，居然詢問病情後，斷為陽明經證，設大柴胡湯以濟急，病家也略通醫學，取仲景書閱之契符，遂用藥一劑而愈。經此事後，倪士奇有不為良相願為良醫之志。又特到關帝廟求卜也應合。此後以八年時間讀《素問》等醫經和百家秘典。其父仙逝後便轉歸京口行醫十九年。在天啟元年（1582），因治好大司空王公奇的病而被推薦進京，在武英殿任秘書之職十年，於崇禎三年出京南遊數處名勝之地，又在南京行醫六年，之後又回老家鎮江行醫著書。
醫案在中醫學術中具有「宣明往范，昭示來學」的價值。早在《周禮·天官·醫師》就記載了憑醫案考核醫生的醫事制度。在《左傳》和《史記》等史書中也記有醫案。西漢醫學家倉公淳於意以其「診籍」奠基了醫案之學。宋代許叔微的《傷寒九十論》是為最早的醫案專著。在倪士奇生活的明代，不僅醫案著作豐富，而且發展成為獨立的醫案學。韓懋在《韓氏醫通》中提出了「書案六要」的醫案格式；吳昆在所著《脈語》中，提出了「八書」的記案規範；張介賓在《景岳全書》中述有《十問歌》，使問診條理化、歌訣化。醫案以其憑據性、理論性、啟導性和文學性受到習醫、業醫、研醫、慕醫者的喜愛。醫者立方，先必立案。有習研者甚至認為「讀經不若讀案」，倪士奇為儒醫，在行醫中養成了記案的習慣，他的醫學思想和辨證論治的理路，也都凝結在這部《兩都醫案》之中。這部醫案能流傳下來，也是中醫學術之一幸事。
《兩都醫案》采有順敘式的寫法，病家的姓名、身份、發病和治療過程及用方用藥記載詳明，案主在用方用藥之前皆述之以理，誠如《南卷·韓序》所言：「辨證察脈明晰，立法靈清，不事冗雜，單刀直入，尚屬可師。」但其治病，絕不止於「按脈議方，按方治病」，而是「盡翻世醫之案」，卻違而不犯，和而不同，以其有膽有識，突破習見，知機妙用，疲癃可起，夭死可蘇。《兩都醫案》中《南案》三十一則，《北案》四十一則。包括傷寒、雜病、婦科、兒科、外科和針灸。從辨證識方看，案主無門派之囿，也不存在治病在北方有效到南方就失靈的問題。縱觀各案，案主重視切脈，脈理精深，脈法卓絕。如《南案》第一案，診大司空鄭公之續絃，十年不育閉經已四月，諸醫皆按癥瘕或痞證論治，案主診脈為「左手寸脈數大，右手寸脈細實；左關脈洪大，右關脈雀啄；兩尺脈俱旺」，判為「真胎脈也」。鄭公笑曰：「十年不生安得有此」，案主則斷然曰：「不但是孕，敢保弄璋（男胎）無疑」。遂用養血調氣安胎之藥，一劑胸膈寬飲食進，二劑胎氣動子母俱安。又如《南案》第五案診左公夫人飲水即吐粒米不咽者，諸醫皆雲是隔症，技窮莫措，案主憑脈斷為惡阻，作胎氣治，病癒後果生一女。《北案》之第十七案是張相國如夫人停經六個月發熱，被認為是妊娠，案主切脈：「兩寸脈浮數，兩尺脈沉微，右關浮弱，左關浮芤」，案主據芤脈主積血，況在藏血之肝經，肝為血海。斷為此非胎脈，乃《素問·陰陽別論》「二陽之病發心脾，有不得隱曲，女子不月」之證，先行氣活血通經，後滋陰養血治之而愈。書中有數案以辨證精確力挽沉痾。如《北案》第七案，何相國芝翁，脾氣素弱，偶感風寒且痢，日下三十餘次，頭腹痛身發熱，諸醫議論紛紛：如急欲解表而腹病不可緩；欲先利腹而體弱不易下。案主診脈，見人迎氣口皆盛極，認為應先開鬼門，之後去菀陳莝，必須先解外邪，否則風寒傳入體虛日傷元氣，則導致解之不能下之不敢，非佳候也。遂力主先汗後下。眾醫聞聽，驚疑半之。案主先投葛根羌活柴胡升麻等解肌之品，後用大黃為君，當歸白芍為臣的導氣湯一劑，滯氣盡下而痢止。又如《北案》第二十九案，太學蔣麓亭病，諸家以為是傷寒，治療罔效，已備好衣棺，延請案主診治，按六脈尚有根但虛弱，病者角弓反張，搐搦，面垢不言，望而知之非傷寒乃暑風。即令疾者臥地，洞開戶牖，先進六一散，以新汲井水和下，再以黃連香薷飲一劑投之而全愈。案中，案主或以對理論的精湛把握而獲效，或用方得宜而收功，也有家傳秘方和絕技而起死回生者。如《北案》第十四案，是多年復發舌下泡起之病，諸家以犀角地黃湯瀉心火為治不效，案主據脈判為命門真火，以《難經》瀉南補北之法，滋腎清脾補坎水，坎水上升，離火自降，而愈。又如《北案》第十六案，以羌活柴胡升麻等劑開鬼門，治小兒高熱驚厥已十四日者，一劑見愈。《北案》的三十三案，以甘溫除熱治產後發熱，第三十六案以二陳湯治癃閉。案主在《北案》第二十三案以開胃補命門治陽痿，第二十八案提出因氣有餘便是火，故妊娠下血不宜補氣。等等。案主用家傳秘方甚多，《北案》第二案有千金化痞膏，治痞證履驗。第八案的琥珀丹治痰滯諸痛。第十三案的催生散秘方，治難產使產婦母子平安。用火針治內癰是案主的家傳絕技。腹腔內之膿腫，包括肝癰、腸癰等，統稱內癰，危重而常致患者死亡。《北案》第三十九、四十、四十一案，即是運用火針治此急危證的案例。其中也顯現了古代中醫治療急腹症的智慧。
縱觀《兩都醫案》，可見案主倪士奇的學養和醫術，其文筆通明流暢典雅，他的醫案簡直是一篇篇散文，無需註釋，體現了醫內功夫和醫外功夫，他的友人將他與宋代龐安時相比，其醫術精湛絕倫，正如《吳光儀序》中所言：「儔急而緩，儔緩而急，用奇而奇，用平而奇。蓋非學術之獨優，抑其膽其識有以，大膽人之心焉耳。」案主托於醫以自行其志。他以儒醫通天地人自況，其醫案南北兩集共七十二則，應天文之數七十二，合於術數。頗為有趣的是，他把當年在關帝廟求時的籤詞也記於本案。詩曰：「一紙官書火急催，扁舟速下浪如雷，雖然目下多驚險，保汝平安去復回。」倪士奇認為，他的先人令他學醫和傳授他火針，都是與先聖「通靈入化」，故以此作為醫案之殿。然而從他的經歷和展現的學術看，雖非「醫術神授」，但也確實具有傳奇性，在他成為名醫的諸多因素中，家學的承傳當是第一位的，其人其術都已經達到相當高的境界了。
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