葛洪在《肘後備急方》中，記述了一種叫「屍注」的病，說患這種病的人會傳染，並且千變萬化。染上這種病的人鬧不清自己到底哪兒不舒服，只覺得怕冷發燒，渾身疲乏，精神恍惚，身體一天天消瘦，時間長了還會喪命。
葛洪描述的這種病，就是現在我們所說的結核病。結核菌能使人身上的許多器官致病。肺結核、骨關節結核、腦膜結核、腸和腹膜結核等，都是結核菌引起的。葛洪也因此成為了我國最早觀察和記載結核病的科學家。
狂犬病葛洪的《肘後備急方》中還記載了一種狗咬人引起的病症，就是我們現在所說的狂犬病。患上這種病的病患十分痛苦，受不得一點刺激，只要聽見一點聲音，就會抽搐痙攣，甚至聽到倒水的響聲也會抽風，所以狂犬病又被叫做「恐水病」。古時候，這種病是無藥可救的絕症。
葛洪想盡各種辦法來治療狂犬病，最後想到古人以毒攻毒的治病之法。他想，瘋狗咬人，一定是狗嘴裡有毒物，從傷口侵入人體，使人中了毒，那麼能不能用瘋狗身上的毒物來治這種病呢？他把瘋狗捕來殺死，取出腦子，敷在狂犬病人的傷口上。果然有的人沒有再發病，有人雖然發了病，症狀也會減輕。
葛洪用的方法是有科學道理的，是免疫學思想的萌芽。葛洪對狂犬病採取的預防措施，也稱得上是免疫學的先驅。歐洲的免疫學是從法國的巴斯德開始的。他用人工的方法使兔子得瘋狗病，然後把病兔的腦髓取出來製成針劑，用來預防和治療瘋狗病，在原理上與葛洪的做法基本上相似。當然，巴斯德的工作方法應該更加科學，但是比葛洪晚了一千多年。
天花葛洪在《肘後備急方》裡寫道：有一年發生了一種奇怪的流行病，病人渾身起皰瘡，起初是些小紅點，不久就變成白色的膿皰，很容易碰破。如果不好好治療，皰瘡一邊長一邊潰爛，人還要發高燒，十個有九個治不好，就算僥倖治好了，皮膚上也會留下一個個的小瘢。小瘢初起發黑，一年以後才變得和皮膚一樣顏色。
葛洪描寫的這種奇怪的流行病，正是後來所說的天花，《肘後備急方》中的記載應該是世界上關於天花的最早記錄。而西方的醫學家認為最早記載天花的是阿拉伯醫生雷撒斯，其實葛洪生活的時代，比雷撒斯早了五百多年。
恙蟲病我們現在已經知道，恙蟲病的病原體是沙虱毒，沙虱是一種比細菌還小的微生物，它充當了這種疾病的媒介。沙虱螫人吸血的時候就把病毒注入人體，使人得病發熱。沙虱生長在南方，據調查，我國只有廣東、福建一帶恙蟲病流行，其他地方極為罕見，而葛洪是通過艱苦的實踐，才得到關於這種病的知識的。
酷愛煉丹的葛洪曾在廣東的羅浮山裡住了很久，這一帶的深山草地裡就有沙虱。沙虱比小米粒還小，不仔細觀察根本發現不了。葛洪不但發現了沙虱，還研究出它是傳染疾病的媒介，並將它記載了下來。他的記載比美國醫生帕姆在1878年對「沙虱毒」的記載，早了一千五百多年。
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