由於中藥的成分複雜，化學結構難以定性，因此，在中西醫結合治療中還存在中西藥物配伍禁忌的問題。常見的中西藥配伍禁忌主要可分為如下幾類。
降低療效或增加毒副作用
中藥四季青、黃藥子對肝臟有損害作用，如配伍四環素，除降低前二者的療效外，還可增加它們的毒性;石榴皮、地榆、訶子、五味子與紅黴素聯用，易發生藥物中毒性肝炎；中藥川烏、草烏、附子以及含有這類藥物和生物鹼的中成藥，如小活絡丹、三七片、元胡止痛片、黃連素等與氨基糖甘類藥物合用，可增強對聽神經的毒性。
復方丹參注射液與抗癌藥物配伍，如環磷酰胺、氟尿嘧啶、阿糖胞甘、絲裂黴素等，配伍應用後對腫瘤細胞不僅無抑製作用，反而會促進惡性腫瘤的轉移；阿托品具有解除迷走神經對心臟的抑製作用而使心率加速，與丹參及其制劑配伍後，丹參所具有的降低血壓功效，可被阿托品所阻斷，從而使丹參的藥效降低。丹參中所含的活性成分丹參酮能拮抗雄性激素的作用，若與甲基睪丸素、丙酸睪丸素等雄性激素配伍，可以降低雄性激素的活性，影響其療效。
含乙醇的中成藥如國公酒、藿香正氣水、風濕止痛藥酒、人參酒等與苯巴比妥、苯妥英鈉、安乃近及降血糖西藥合用，則因乙醇的藥酶誘導作用，增加對肝藥酶的活性，使上述西藥在體內的代謝加快、半衰期縮短，以致顯著降低療效。
含蛋白質及其水解產物的中成藥，如珍珠丸、清熱解毒丸、牛黃解毒丸等，不宜與黃連素同服，因所含蛋白質等成分可拮抗黃連素的抗菌作用。血余炭、艾葉炭、鍛瓦楞能吸附多種抗生素，減少其在胃腸道內的有效濃度。茵陳可拮抗氯黴素的抗感染能力。
含牛黃的中成藥，如牛黃解毒丸、安宮牛黃丸等，不宜與水合氯醛、嗎啡、苯巴比妥等西藥聯用，因為牛黃能增加水合氯醛、嗎啡、苯巴比妥的中樞神經抑製作用，可能出現急性中毒，如昏睡、呼吸中樞抑制、低血壓等。
麻仁石甘片、止咳定喘膏、防風通聖丸、哮喘沖劑、通宣理肺丸等含有麻黃的中成藥與降血壓藥同服，可因麻黃中的有效成分麻黃素的收縮動脈血管作用而致血壓升高，會抵消降壓藥的療效，甚至會升高血壓；也不宜與單胺氧化酶抑制劑痢特靈、優降寧、苯乙肼、甲基苄肼、異煙肼等合用，因單胺氧化酶抑制劑，可抑制單胺氧化酶的活性，使腎上腺素神經末梢貯存的遞質滅活受阻，而使麻黃及其制劑中的麻黃鹼升壓作用加強，有導致高血壓危象和腦出血的危險。也不宜與強心藥合用，麻黃鹼可興奮心肌β受體，加強心肌收縮力，因而可使洋地黃類強心藥的作用增強、毒性增加，易致心律失常及心衰等不良反應。
含有鈣離子的中藥，如石膏、龍骨、瓦楞子等，均不宜與強心甘類藥物合用，因為強心甘類藥物作用時通過心肌釋放鈣離子，而含大量鈣離子的中藥會加強強心甘的作用和毒性。復方甘草片與強心甘類藥物配伍，易導致心臟對強心甘敏感而引起中毒。
甘草、復方甘草合劑等甘草制劑和鹿茸、首烏及其制劑不能與阿司匹林及降血糖藥物合用。與阿司匹林合用，可增加胃腸道不良反應，甚至誘發或加重消化道潰瘍。甘草可拮抗降血糖藥如胰島素、降糖靈等的作用。
金銀花、連翹、黃芩、魚腥草等，不宜與乳酶生、整腸生、胃酶制劑等合用，因為這些中藥在抵抗病菌的同時也抑制或降低了後者的活力。
中藥桃仁、白果、杏仁與安定類等鎮靜催眠藥合用會抑制呼吸中樞、損害肝臟。抗癲癇藥與蒼耳子、雷公籐合用可加重肝臟損害。元胡止痛片、健胃片、大活絡丸等，不宜與阿托品、麻黃鹼等生物鹼類配伍，以免加重其毒副反應。
引起酸鹼度變化
含有酸性成分的山楂、五味子、烏梅、山茱萸、女貞子等中藥均可酸化尿液，影響一些西藥在腎小管內的重吸收和排泄，如碳酸氫鈉、氧化鎂、碳酸鉍等。上述中藥也不宜與口服紅黴素制劑、利福平、磺胺類、夫喃妥因配伍應用，因其可使紅黴素分解加快，可加重夫喃妥因、利福平、磺胺類的腎臟毒性。含鹼性成分的鍛龍骨、鍛牡蠣、硼砂與阿司匹林、胃蛋白酶合劑等酸性藥可發生中和反應，使二者作用互受影響。
甘草及其制劑含甘草酸，不宜與多元環鹼性較強的生物鹼如奎寧、麻黃鹼、利捨平等配伍，因其可產生沉澱使機體吸收減少而降低療效。人參、三七、遠志、桔梗等不宜與酸性較強的藥物配伍，因為在酸性環境中，皂甘易在酶的作用下水解而失效。
含醌類成分的中藥如大黃、虎杖、何首烏等不宜與鹼性藥物配伍，因為這類中藥所含蒽醌甘在鹼性溶液中易氧化而失效。
影響吸收
含鈣、鎂、鋁等礦物性成分的中藥，如石膏、海螵蛸、石決明、龍骨、龍齒、牡蠣、蛤殼、瓦楞子、明礬、磁石、代赭石、赤石脂、鐘乳石等，不宜與四環素類和諾氟沙星等抗菌藥同服，因為多價金屬離子能與其藥物分子結合，生成在腸道內難以吸收的絡合物，從而降低生物利用度，使療效降低。
丹參及含丹參的中成藥不宜與抗酸藥同服，它可與抗酸藥中的金屬離子結合成絡合物，從而降低丹參的生物利用度，影響療效。
含有槲皮素的柴胡、旋覆草、桑葉、槐花、槐角、山楂、側柏葉及含蘆丁的中藥應避免與碳酸鈣、維丁膠性鈣、硫酸鎂、硫酸亞鐵、氫氧化鋁和碳酸鉍類藥物合用，因其能形成絡合物而相互影響療效。
牛黃解毒片、麻黃丸、四季青片、清寧片等中成藥和地榆、大黃、山茱萸、石榴皮、五倍子、虎杖等中藥不宜與胰酶、澱粉酶、胃蛋白酶、洋地黃類、麻黃素、硫酸亞鐵、維生素B1等合用，因前者中所含大量鞣質與上述西藥能相互結合，生成鞣酸鹽沉澱，可引起多發性神經炎、消化不良、食慾不振等。
產生有毒物質
硃砂、磁珠丸、蘇合香丸等，不宜與有還原性的三溴片、碘化鉀等西藥同服，因硃砂中含硫化汞，在胃腸道遇碘或溴後可生成對腸道有刺激性和毒性的溴化汞和碘化汞沉澱物，從而引起藥源性腸炎。
含雄黃的中成藥，如牛黃解毒丸、六神丸、牛黃至寶丹、清熱解毒丸等，不宜與硝酸鹽、硫酸鹽同服，因雄黃主要成分為硫化砷，同服後胃液內產生少量硝酸或硫酸，使雄黃所含硫化砷氧化生成三氧化二砷，毒性增加，長期應用可引起砷中毒。
由此可見，中西藥聯合應用並不是簡單的機械疊加，應根據中西藥所含有效化學成分、理化性質、藥理作用、不良反應以及患者個體差異，以及中西藥物各方面的科學理論，合理地選用中西藥物配伍應用，以發揮中西藥物結合在防病治病中的互補作用，真正達到藥物應用的取長補短、增強療效、減少副作用的發生。
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