藥材在採集以後，經過初步的加工處理或複雜的炮製過程之後，就可以入庫或使用。在沒人使用之前的保管與養護階段是很重要的。在貯藏過程中，主要應避免蟲蛀、發霉、變色、氣味散失、枯朽、風化、融化粘連等變異現象。
一般造成藥物變質的因素主要是：
溫度：藥材在溫度方面都有一定的適應範圍。溫度過高過低都會使藥材質量發生變化。當溫度在35度以上時，含脂肪的藥物就會因受熱而使油質分離，從而少油；含揮發油多的藥物也會因受熱而使芳香氣味散失；動植物膠類和部分樹脂類藥物，受熱後又易於發軟、粘連成塊或融化。
溫度在20～35度時，由於有利於蟲害、黴菌等孽生繁殖，而使某些藥物生蟲、發霉以至變質。
濕度：濕度是指空氣中水蒸氣含量多少的程度，也就是空氣潮濕的程度。藥物本身能否保持正常的含水量，與空氣的濕度有密切關係。一般藥物的正常含水量約10~20％。如空氣中水蒸氣多，藥物大量地吸收水分而使含水量增加（受潮），就容易發生霉爛變質現象。
空氣：空氣含有多種成分，其中以氧氣最容易與藥物的某些成分發生化學變化，而影響其質量。通常所見到的丹皮、黃精等的顏色變深，就是因為它們所含的鞣質、油質及糖分等與空氣中的氧氣接觸發生變化而形成的。
日光：日光對某些藥材的色素和葉綠素有破壞作用，能使藥材變色。所以紅色和綠色的藥材，不宜在陽光下久曬。
各類藥材的保管養護工作的主要方法：
易生蟲藥材 對易生蟲的藥材，在保管過程中除了要勤檢查以外，還必須從杜絕害蟲來源、控制其傳播途徑、消除繁殖條件等方面著手，才能有效地保證其不受蟲害。因此，貯存這類藥材，如黨參、款冬花、薏苡仁、烏蛇等，首先要選擇乾燥通風的庫房。庫內地面潮濕的，應加強通風，並可在地面上鋪放生石灰、爐灰、木炭等；架底墊木高到40cm以上，在墊木上最好銷上木板蘆席或油氈紙等以便隔潮。另外，對不同藥材可以採取密封、冷藏、熏蒸、對抗等適當的養護措施，以保證藥材不蟲蛀。
易走油發霉藥材：藥材少油發霉，能夠影響藥效，特別是發霉嚴重的，霉爛變質後能完全失去療效。藥材發霉，是指在藥材上寄生和繁殖了黴菌，稱為「霉變」。對這類藥材的保管，最忌悶熱。如牛膝、天冬、白朮等保管不善，都可產生走油或霉變，故應置於通風乾燥處，嚴防潮濕。
易變色及散失氣味藥材 部分花、葉、全草及果實種子類藥材，由於所含的色素、葉綠素及揮發油等，受溫度、濕度、空氣、陽光等的影響，易失去原有的色澤和氣味，如蓮須、紅花、丁香等。在貯存保管中應根據藥材的不同性質以及具體條件，進行妥善養護。貯存場所要乾燥陰涼，嚴格控制庫的溫、濕度。貯存時間不宜過長，並要做到先進先出。最好單獨堆放，以免與其它有特殊氣味的藥材串味。
易融化、怕熱藥材：易融化、怕熱藥材主要指熔點比較低，受熱後容易粘連變形，或使結晶散發的那些藥材，如阿膠、兒茶、樟腦等。對這類藥材必須選擇能經常保持乾燥陰涼的庫房，並將藥材包裝好或裝容器裡。
易潮解、風化藥材：含有鹽類物質的結晶體藥材，在潮濕的地方或空氣中濕度大，都會受影響而逐漸融化。當開始融化時，一般稱為「返潮」或潮解，如芒硝、大青鹽等。對這類藥材應選擇陰涼、避風和避光的庫房，或在室內適宜的地方保管；包裝物以能防潮不通風為宜。
需要特殊保管的藥材：對毒劇麻藥、易燃性藥材及貴重藥類應根據各自的特殊性質進行分別保管。
１毒劇麻藥：如砒石、水銀、斑蝥、輕粉等，應專人、專庫（專櫃）、專帳保管，並且注意濕度、溫度等影響。貯存供應辦法，應按毒麻藥管理條例進行。
２易燃性藥材：如火硝、松香、硫黃等遇火或高溫易燃燒，如數量較多的應放在危險品倉庫貯存，數量少的也應單獨存放，並應遠離電源、火源，也應有專人保管。
３貴重藥材：如人參、鹿茸、羚羊角等，在貯存中，由於成分性質不同，可發生各種不同變異現象。如人參易生蟲、麝香易受潮走味等。所以對貴重藥類應專櫃、專庫、專帳、專人負責保管。一般用固定的箱、櫃、缸、壇等密閉後，貯存在乾燥、陰涼、不易受潮受熱的地方貯藏。
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